Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 MRPL43-208ENST00000370242 884 ntTSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 CST3-202ENST00000398409 832 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.07■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 SEC61G-203ENST00000415949 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 TSPY12P-201ENST00000421279 868 ntBASIC21.07■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 AL611929.1-201ENST00000457340 449 ntTSL 3 BASIC21.07■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 PTGIR-204ENST00000596260 1009 ntTSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 AL136038.4-201ENST00000603606 1261 ntBASIC21.07■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 CADM1-222ENST00000616271 1246 ntTSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 NME4-212ENST00000621774 904 ntTSL 3 BASIC21.07■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 AL157888.1-201ENST00000631930 593 ntBASIC21.07■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 COQ10A-201ENST00000308197 1652 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 DNAAF3-202ENST00000455045 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 PIGQ-204ENST00000409527 1915 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 AC020907.5-201ENST00000624372 1936 ntBASIC21.07■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 TUBA8-201ENST00000316027 1518 ntTSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 AC002310.5-201ENST00000569360 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 AL391807.1-203ENST00000604392 2365 ntBASIC21.07■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 CFP-201ENST00000247153 1713 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 SYTL1-201ENST00000318074 1900 ntTSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 CYP2D7-201ENST00000358097 1655 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 SPSB3-201ENST00000301717 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 IRF3-202ENST00000377135 1442 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 LYN-202ENST00000519728 2297 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 TSR2-201ENST00000375151 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 CCDC134-201ENST00000255784 1270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 CD1E-209ENST00000368164 869 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 AL049795.1-201ENST00000373604 642 ntTSL 3 BASIC21.06■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 MED4-202ENST00000378586 931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 CT47A4-201ENST00000415858 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 CT47A9-201ENST00000417256 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 CT47A6-201ENST00000419194 1298 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 CT47A10-201ENST00000430448 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 CT47A5-201ENST00000439466 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 CT47A3-201ENST00000441330 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 CT47A8-201ENST00000457977 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 CT47A2-201ENST00000458218 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 AC079848.1-202ENST00000507924 444 ntTSL 3 BASIC21.06■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 PENK-208ENST00000523051 772 ntTSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 C10orf142-202ENST00000623589 1010 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 CLEC4G-201ENST00000328853 1360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 JAKMIP1-203ENST00000409371 2420 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 GSX2-201ENST00000326902 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 CBWD3-201ENST00000360171 2165 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 INPPL1-201ENST00000298229 4733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 ANKS6-201ENST00000353234 7164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 LMNB1-202ENST00000395354 1572 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 NAA60-235ENST00000576916 1567 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 SETD3-201ENST00000329331 1330 ntTSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 ME3-202ENST00000393324 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 CLDND1-202ENST00000394180 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 PLIN2-201ENST00000276914 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 TMEM14A-201ENST00000211314 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 ATP5J-201ENST00000284971 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 VAMP5-201ENST00000306384 689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 TPM1-203ENST00000317516 738 ntTSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 CKLF-202ENST00000345436 571 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 CRELD2-202ENST00000403427 1242 ntTSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 PMS2P1-201ENST00000431037 1228 ntBASIC21.05■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 AL137026.1-202ENST00000452578 1089 ntTSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 TPM1-218ENST00000559281 851 ntTSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 AL353801.3-201ENST00000609898 542 ntBASIC21.05■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 CLN3-259ENST00000637551 1083 ntTSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 MAP3K7CL-206ENST00000399928 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 AC036111.1-201ENST00000533973 1582 ntBASIC21.05■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 FNDC11-204ENST00000615526 2954 ntAPPRIS P1 BASIC21.05■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 CD7-206ENST00000583376 1659 ntTSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 ACOT2-201ENST00000238651 1774 ntTSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 PAOX-201ENST00000278060 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 ASAP2-201ENST00000281419 5712 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 LSM14A-202ENST00000540746 2152 ntTSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 BID-215ENST00000622694 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 RSRC1-211ENST00000480820 1410 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.04■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 PTPRK-218ENST00000525459 1722 ntTSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 KRTAP5-6-201ENST00000382160 561 ntAPPRIS P1 BASIC21.04■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 TSPY8-203ENST00000383005 435 ntTSL 5 BASIC21.04■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 RAB24-204ENST00000393611 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 RPP21-221ENST00000428040 594 ntTSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 RPP21-224ENST00000442966 525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 AP003555.3-201ENST00000534086 432 ntTSL 4 BASIC21.04■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 AL512343.2-201ENST00000609423 490 ntTSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 CCDC74B-202ENST00000392984 1353 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.04■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 AKR1A1-214ENST00000621846 1360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.04■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 PDLIM2-205ENST00000397761 1491 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.04■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 GMPPA-213ENST00000622191 1473 ntTSL 5 BASIC21.04■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 PPM1L-204ENST00000497343 1589 ntTSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 GYG1-202ENST00000345003 2052 ntTSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 KCNQ5-205ENST00000370398 6345 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 DNAJC11-201ENST00000294401 2210 ntTSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 TAX1BP3-202ENST00000611779 1302 ntTSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 ANKLE2-201ENST00000357997 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 STEAP2-204ENST00000394626 2456 ntTSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 SARDH-203ENST00000371868 2266 ntTSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 CAMK2B-216ENST00000440254 2097 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 KCNK4-202ENST00000422670 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 SRP9-203ENST00000366839 1596 ntTSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 ST7-OT4-201ENST00000397750 1576 ntTSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 IDI1-201ENST00000381344 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 SMN2-202ENST00000380742 1388 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.03■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 CARHSP1-201ENST00000311052 746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
COL6A1P12109 ATP6V0C-201ENST00000330398 1175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.9 ms