Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 PLPP5-214ENST00000531823 875 ntTSL 3 BASIC25.42■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 TPM1-218ENST00000559281 851 ntTSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 AC243773.2-203ENST00000612281 640 ntTSL 3 BASIC25.42■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 AC079602.3-201ENST00000623931 403 ntBASIC25.42■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 CRYBB2P1-202ENST00000382734 1364 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 IRF5-202ENST00000357234 1680 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 FGF16-201ENST00000439435 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 AGMAT-201ENST00000375826 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 TNFRSF19-202ENST00000382258 1625 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 P2RX5-201ENST00000225328 2309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 MGAT5B-209ENST00000569840 4492 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 C6orf203-202ENST00000405204 1420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 ISG15-201ENST00000379389 711 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 AC104819.1-201ENST00000504587 486 ntBASIC25.41■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 AC010226.1-202ENST00000508517 539 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 AP003555.3-201ENST00000534086 432 ntTSL 4 BASIC25.41■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 AC092865.5-201ENST00000545435 363 ntBASIC25.41■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 EFCAB11-211ENST00000556609 568 ntTSL 3 BASIC25.41■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 RPL27-206ENST00000589913 697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 TRAPPC5-204ENST00000596148 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 SSBP2-218ENST00000514493 1790 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 CIZ1-206ENST00000372954 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 SKIDA1-201ENST00000444772 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 TGFBR1-202ENST00000374994 6516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 CRTC3-208ENST00000560098 1421 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 MIR574-201ENST00000385209 96 ntBASIC25.4■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 C7orf50-203ENST00000397100 1264 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC25.4■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 LINC01770-202ENST00000430109 510 ntTSL 3 BASIC25.4■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 SAXO2-206ENST00000566205 340 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 AC243773.1-201ENST00000614759 544 ntTSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 DNAJB6-218ENST00000634080 1005 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 PER3-203ENST00000377541 1524 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 AC140125.2-201ENST00000502515 1517 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 CXXC4-201ENST00000394767 5565 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 MSLN-201ENST00000382862 2116 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 CNNM1-201ENST00000356713 5959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 RPS6KB2-201ENST00000312629 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 ETV7-202ENST00000340181 1719 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 BCS1L-201ENST00000359273 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 AC007225.1-201ENST00000566331 1836 ntBASIC25.4■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 CDH5-202ENST00000539168 1672 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 RAP1B-204ENST00000393436 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 TNFAIP3-207ENST00000614035 1430 ntTSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 DBNL-220ENST00000494774 2117 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 NDUFB9-201ENST00000276689 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 MIR1233-2-201ENST00000408138 82 ntBASIC25.39■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 MIR1233-1-201ENST00000408722 82 ntBASIC25.39■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 AC080013.1-203ENST00000468242 720 ntTSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 AC080013.1-201ENST00000495318 566 ntTSL 4 BASIC25.39■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 AC139887.2-202ENST00000507446 534 ntTSL 4 BASIC25.39■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 AC079031.1-201ENST00000542627 1035 ntTSL 3 BASIC25.39■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 AL353801.3-201ENST00000609898 542 ntBASIC25.39■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 BRD9-202ENST00000467963 2156 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 TMEM237-213ENST00000621467 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 ULK2-202ENST00000395544 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 AC079834.2-201ENST00000609776 1949 ntBASIC25.39■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 SPSB3-201ENST00000301717 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 SLC35F5-203ENST00000409342 2284 ntTSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 DAPK3-202ENST00000545797 2257 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 ABHD14A-ACY1-202ENST00000463937 1705 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 ATP5J-201ENST00000284971 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 CST3-202ENST00000398409 832 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.38■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 C2orf82-202ENST00000409230 663 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC25.38■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 AC092183.1-201ENST00000469884 875 ntBASIC25.38■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 AL512343.2-201ENST00000609423 490 ntTSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 CD81-AS1-201ENST00000413483 1460 ntTSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 GPR137-204ENST00000438980 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 PRKCD-202ENST00000394729 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 DBNDD1-201ENST00000002501 2079 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 SPAG16-202ENST00000331683 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 MTCL1-201ENST00000306329 5718 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 GNB3-201ENST00000229264 1923 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 PCED1A-202ENST00000360652 2016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 LPCAT4-201ENST00000314891 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 FBXO27-207ENST00000600828 1557 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 VSTM2B-201ENST00000335523 1488 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 HDDC3-201ENST00000330334 1047 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 NFIB-201ENST00000380921 1274 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 SLC2A1-204ENST00000460369 541 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 C12orf43-206ENST00000537817 1270 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 IDI1-201ENST00000381344 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 ADAMTS2-202ENST00000274609 2044 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 UCHL5-202ENST00000367449 1507 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 SYT8-202ENST00000381968 1424 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 SETD3-201ENST00000329331 1330 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 TAX1BP3-202ENST00000611779 1302 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 MIR4300HG-201ENST00000500502 1397 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 KRTAP5-6-201ENST00000382160 561 ntAPPRIS P1 BASIC25.36■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 MSRB1-202ENST00000399753 847 ntTSL 3 BASIC25.36■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 PCAT7-201ENST00000452148 1164 ntTSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 AC034213.1-201ENST00000507681 806 ntTSL 3 BASIC25.36■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 AC074051.2-201ENST00000565115 352 ntBASIC25.36■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 RNF126P1-202ENST00000569893 925 ntBASIC25.36■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 AL162497.1-201ENST00000615635 518 ntTSL 4 BASIC25.36■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 PEX16-210ENST00000532681 1639 ntTSL 3 BASIC25.36■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 AGAP2-AS1-201ENST00000542466 1500 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 BID-203ENST00000399765 1879 ntTSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 ZNF707-222ENST00000532158 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 SRRM2-AS1-203ENST00000571305 1344 ntTSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
CCDC9Q9Y3X0 ACBD4-215ENST00000592162 1684 ntTSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 153.4 ms