Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 ST3GAL4-203ENST00000392669 1724 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 AC007383.3-201ENST00000453039 1411 ntTSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 C10orf76-201ENST00000311122 724 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 CT47A12-201ENST00000419982 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 TNIK-208ENST00000465393 750 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 AL121906.2-201ENST00000621597 723 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 MAF1-201ENST00000322428 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 ZNF395-211ENST00000523202 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 PLK3-201ENST00000372201 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 ALKBH6-213ENST00000486389 1525 ntTSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 BCL7A-203ENST00000538010 6247 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 KLHL40-201ENST00000287777 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 FZD10-202ENST00000539839 3282 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 ANKRD6-202ENST00000369408 5258 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 TUBGCP3-202ENST00000375669 2723 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 KATNAL2-208ENST00000592005 1348 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 ATP2A2-201ENST00000308664 4453 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 FDFT1-209ENST00000525900 1596 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 PAK4-201ENST00000321944 2555 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 RAP1GAP-204ENST00000374761 3318 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 DACT2-201ENST00000366795 2942 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 PNPLA2-201ENST00000336615 2428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 NUMBL-202ENST00000540131 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 KCNK4-201ENST00000394525 1673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 SNCA-203ENST00000394986 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 SMIM4-203ENST00000477703 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 AC068473.1-201ENST00000317008 1111 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 MPV17L-202ENST00000396385 1037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 ZNF295-AS1-201ENST00000412906 952 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 STPG4-207ENST00000445927 891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 APTR-205ENST00000447009 902 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 AC008443.1-203ENST00000505151 886 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 COX4I1-202ENST00000561569 716 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 EML2-AS1-202ENST00000591087 838 ntTSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 AC008687.6-201ENST00000596318 630 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 ANAPC11-223ENST00000612413 964 ntTSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 TMEM191B-201ENST00000612978 1220 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 TRAF3-203ENST00000392745 2459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC39Q9UFE4 NR1H2-201ENST00000253727 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 PYURF-201ENST00000273968 1361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 TRMU-202ENST00000381019 1381 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 DAG1-221ENST00000541308 5676 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 IFFO1-204ENST00000396840 2677 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 R3HCC1-210ENST00000625275 1489 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 GAS2L1P2-202ENST00000442849 2262 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 TRA2A-211ENST00000538367 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 TBC1D10A-204ENST00000403477 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 THAP12-201ENST00000260045 3300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 RBM7-201ENST00000375490 2064 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 WNT5B-201ENST00000310594 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 FAM160B1-201ENST00000369246 666 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 KLF13-207ENST00000560473 489 ntTSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 NAT14-204ENST00000591590 1011 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 TIMM50-213ENST00000599794 786 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 PGAM1-201ENST00000334828 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 CHD1L-204ENST00000431239 2907 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 ZBTB7B-201ENST00000292176 2129 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 MCUR1-201ENST00000379170 5471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 AC073107.1-201ENST00000633579 1962 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 MOXD1-203ENST00000392401 2191 ntTSL 4 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 RBFOX1-215ENST00000553186 2196 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 GPR139-202ENST00000570682 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 TMEM230-207ENST00000379286 1735 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 CCND3-204ENST00000414200 1724 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 AGO4-201ENST00000373210 7116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 RRN3-205ENST00000563559 2128 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 SDK1-202ENST00000404826 10397 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 SPTBN4-202ENST00000352632 8676 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 EGFL7-202ENST00000371698 1282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 AC114730.1-201ENST00000400768 472 ntTSL 4 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 SLC47A1P1-201ENST00000420951 500 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 IGFBP6-203ENST00000548547 1177 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 EMC9-206ENST00000560403 872 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 FFAR3-202ENST00000594310 1182 ntAPPRIS P1 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 C19orf48-202ENST00000391812 1666 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 SMPD3-203ENST00000563226 2093 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 TACSTD2-201ENST00000371225 2351 ntAPPRIS P1 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 RIN1-205ENST00000530056 2122 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 ZBTB8A-201ENST00000316459 1943 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 FAM217A-208ENST00000639338 1929 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 MUTYH-203ENST00000372098 1839 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 MUTYH-204ENST00000372104 1823 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 MUTYH-205ENST00000372110 1809 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 ABI3-202ENST00000419580 1718 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 SLC38A8-201ENST00000299709 1308 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 CCDC120-204ENST00000597275 2752 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 TEPSIN-201ENST00000300714 2287 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 PLEKHB1-203ENST00000398492 2275 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 UBE2K-203ENST00000445950 2175 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 ANKRD65-201ENST00000427211 1976 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 ACVR1B-201ENST00000257963 4563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 AP005717.1-201ENST00000500705 1899 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 MAPKAP1-205ENST00000373503 3045 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 SLC52A2-209ENST00000530047 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 TACO1-201ENST00000258975 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 CELF6-205ENST00000567083 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 CDK5R1-201ENST00000313401 4325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 TRAPPC2L-201ENST00000301021 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 HOXA6-201ENST00000222728 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC39Q9UFE4 CKLF-201ENST00000264001 669 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.2 ms