Protein–RNA interactions for Protein: Q68DE3

USF3, Basic helix-loop-helix domain-containing protein USF3, humanhuman

Predictions only

Length 2,245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF3Q68DE3 DNAJC11-201ENST00000294401 2210 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 HNRNPLL-206ENST00000410076 1687 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 COPE-203ENST00000351079 907 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 TNFSF13-208ENST00000483039 959 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 AC091153.3-201ENST00000497885 472 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 SPINK2-207ENST00000631082 392 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 AC005906.2-206ENST00000638180 1029 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 NEU4-201ENST00000325935 2288 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 STMN3-201ENST00000370053 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 MTX1-201ENST00000316721 1441 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 AC092338.2-201ENST00000568827 1415 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 NAPA-210ENST00000595227 1460 ntTSL 3 BASIC16.42■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 NLRP6-201ENST00000312165 2679 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 BCKDK-203ENST00000394950 1997 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 RAC1-201ENST00000348035 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 SGO1-208ENST00000437051 1187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 RPL39L-203ENST00000455270 653 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 AC004080.2-201ENST00000523331 556 ntTSL 4 BASIC16.41■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 AP000550.4-202ENST00000639755 178 ntBASIC16.41■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 PNKP-214ENST00000600573 1602 ntTSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 MINOS1-NBL1-204ENST00000602662 1623 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 DLGAP4-206ENST00000475894 3110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 GDF7-201ENST00000272224 9749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 MFSD1-219ENST00000622669 2361 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 DOK1-201ENST00000233668 2555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 PAQR4-203ENST00000572687 2251 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 ELP5-204ENST00000396628 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 DENND4B-201ENST00000361217 5706 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 INSL3-202ENST00000379695 899 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 TSPY5P-201ENST00000426936 936 ntBASIC16.41■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 PTPA-216ENST00000432651 857 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 CYB561-214ENST00000582034 1193 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 AC010653.2-201ENST00000623505 997 ntBASIC16.41■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 KLHDC4-203ENST00000347925 1821 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 BEST4-201ENST00000372207 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 ARFRP1-208ENST00000612256 2974 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 LEFTY2-202ENST00000420304 2085 ntTSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 HAGHL-203ENST00000389703 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 RNF170-205ENST00000526349 1338 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 ASCL4-201ENST00000342331 2260 ntAPPRIS P1 BASIC16.4■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 TMEM175-220ENST00000515740 1514 ntTSL 3 BASIC16.4■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 ISM2-207ENST00000493585 1739 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 KRT16P3-203ENST00000580621 1939 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 NOL3-211ENST00000568146 1351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 PCDHB11-202ENST00000624887 1973 ntTSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 ACBD4-204ENST00000431281 2026 ntTSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 SMAD7-201ENST00000262158 3087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 FUZ-201ENST00000313777 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 FAM76B-204ENST00000536839 2546 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 UTP4-201ENST00000314423 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 MAFF-202ENST00000407965 2325 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 TMA7-201ENST00000438607 561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 CCR12P-201ENST00000446203 998 ntBASIC16.4■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 COX11P1-201ENST00000489116 835 ntBASIC16.4■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 NMU-205ENST00000511469 756 ntTSL 3 BASIC16.4■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 METRN-205ENST00000568415 612 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.4■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 RNF187-203ENST00000639044 708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 PFDN6-206ENST00000463584 1915 ntTSL 3 BASIC16.4■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 EP300-201ENST00000263253 9587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 CLDN14-202ENST00000399135 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 DALRD3-205ENST00000440857 2014 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 AC008105.1-201ENST00000587534 2003 ntTSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 BX119927.1-201ENST00000636596 1552 ntBASIC16.4■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 AGAP5-203ENST00000581191 2779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 SLC36A1-209ENST00000521925 1621 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 C1orf198-201ENST00000366663 3858 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 FFAR3-201ENST00000327809 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 DUSP5P1-201ENST00000441325 1139 ntBASIC16.39■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 TSPY17P-201ENST00000450329 467 ntBASIC16.39■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 KLHL21-204ENST00000467612 1056 ntTSL 3 BASIC16.39■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 LY6E-210ENST00000521182 1079 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 C1QTNF8-202ENST00000621771 897 ntTSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.22
USF3Q68DE3 CEP78-202ENST00000376597 2618 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 EIF5A-204ENST00000416016 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 WWOX-205ENST00000539474 1670 ntTSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 HSPB6-201ENST00000004982 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 PCCB-208ENST00000468777 1877 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.39■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 DGCR6L-201ENST00000248879 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 RHEBL1-201ENST00000301068 1210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 BET1L-202ENST00000332865 533 ntTSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 KCTD7-202ENST00000443322 1160 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 KRT18P56-201ENST00000507275 550 ntBASIC16.39■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 AL359399.1-201ENST00000557610 462 ntTSL 3 BASIC16.39■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 NBPF14-202ENST00000593495 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 CYB561D2-210ENST00000607121 1004 ntTSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 PLCB2-204ENST00000557821 4517 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 PSMD6-201ENST00000295901 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 CDC42EP1-201ENST00000249014 2181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 FAM213B-204ENST00000419916 2749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 L2HGDH-203ENST00000421284 1958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 C2orf54-201ENST00000307486 2017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 AL445685.1-201ENST00000425802 762 ntTSL 3 BASIC16.38■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 AC092647.4-201ENST00000457211 535 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 AZIN1-AS1-214ENST00000522850 473 ntTSL 3 BASIC16.38■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 EEF1D-243ENST00000532400 419 ntTSL 3 BASIC16.38■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 ADGRD1-AS1-202ENST00000542980 1277 ntTSL 4 BASIC16.38■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 GPX4-207ENST00000589115 812 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 ELAVL1-202ENST00000593807 856 ntTSL 3 BASIC16.38■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 AKR7A3-201ENST00000361640 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 LGALS9C-209ENST00000581545 1378 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 63.5 ms