Protein–RNA interactions for Protein: P78317

RNF4, E3 ubiquitin-protein ligase RNF4, humanhuman

Predictions only

Length 190 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RNF4P78317 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
RNF4P78317 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
RNF4P78317 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
RNF4P78317 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
RNF4P78317 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
RNF4P78317 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
RNF4P78317 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
RNF4P78317 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
RNF4P78317 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
RNF4P78317 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
RNF4P78317 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
RNF4P78317 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
RNF4P78317 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
RNF4P78317 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
RNF4P78317 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
RNF4P78317 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
RNF4P78317 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
RNF4P78317 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
RNF4P78317 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
RNF4P78317 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
RNF4P78317 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
RNF4P78317 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
RNF4P78317 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
RNF4P78317 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
RNF4P78317 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
RNF4P78317 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
RNF4P78317 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
RNF4P78317 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
RNF4P78317 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
RNF4P78317 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
RNF4P78317 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
RNF4P78317 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
RNF4P78317 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
RNF4P78317 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
RNF4P78317 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC23.53■■□□□ 1.36
RNF4P78317 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
RNF4P78317 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
RNF4P78317 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
RNF4P78317 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
RNF4P78317 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
RNF4P78317 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
RNF4P78317 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
RNF4P78317 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
RNF4P78317 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.35
RNF4P78317 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
RNF4P78317 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
RNF4P78317 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
RNF4P78317 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
RNF4P78317 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
RNF4P78317 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
RNF4P78317 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC23.51■■□□□ 1.35
RNF4P78317 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
RNF4P78317 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
RNF4P78317 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
RNF4P78317 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
RNF4P78317 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
RNF4P78317 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
RNF4P78317 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
RNF4P78317 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
RNF4P78317 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
RNF4P78317 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
RNF4P78317 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
RNF4P78317 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
RNF4P78317 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
RNF4P78317 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC23.47■■□□□ 1.35
RNF4P78317 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
RNF4P78317 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
RNF4P78317 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
RNF4P78317 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
RNF4P78317 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC23.45■■□□□ 1.34
RNF4P78317 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.45■■□□□ 1.34
RNF4P78317 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
RNF4P78317 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
RNF4P78317 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
RNF4P78317 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.43■■□□□ 1.34
RNF4P78317 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
RNF4P78317 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
RNF4P78317 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
RNF4P78317 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
RNF4P78317 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
RNF4P78317 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
RNF4P78317 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
RNF4P78317 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
RNF4P78317 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC23.41■■□□□ 1.34
RNF4P78317 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
RNF4P78317 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
RNF4P78317 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
RNF4P78317 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
RNF4P78317 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.41■■□□□ 1.34
RNF4P78317 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
RNF4P78317 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
RNF4P78317 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
RNF4P78317 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
RNF4P78317 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
RNF4P78317 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
RNF4P78317 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
RNF4P78317 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
RNF4P78317 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
RNF4P78317 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
RNF4P78317 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.1 ms