Protein–RNA interactions for Protein: P48436

SOX9, Transcription factor SOX-9, humanhuman

Predictions only

Length 509 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SOX9P48436 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
SOX9P48436 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.2■■□□□ 1.78
SOX9P48436 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC26.2■■□□□ 1.78
SOX9P48436 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC26.2■■□□□ 1.78
SOX9P48436 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.2■■□□□ 1.78
SOX9P48436 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
SOX9P48436 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.19■■□□□ 1.78
SOX9P48436 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC26.19■■□□□ 1.78
SOX9P48436 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
SOX9P48436 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
SOX9P48436 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC26.18■■□□□ 1.78
SOX9P48436 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC26.18■■□□□ 1.78
SOX9P48436 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
SOX9P48436 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
SOX9P48436 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
SOX9P48436 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
SOX9P48436 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC26.17■■□□□ 1.78
SOX9P48436 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
SOX9P48436 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
SOX9P48436 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC26.16■■□□□ 1.78
SOX9P48436 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
SOX9P48436 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
SOX9P48436 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
SOX9P48436 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
SOX9P48436 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
SOX9P48436 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC26.14■■□□□ 1.78
SOX9P48436 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
SOX9P48436 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
SOX9P48436 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC26.13■■□□□ 1.77
SOX9P48436 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
SOX9P48436 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
SOX9P48436 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC26.12■■□□□ 1.77
SOX9P48436 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
SOX9P48436 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
SOX9P48436 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
SOX9P48436 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC26.12■■□□□ 1.77
SOX9P48436 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
SOX9P48436 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC26.11■■□□□ 1.77
SOX9P48436 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC26.11■■□□□ 1.77
SOX9P48436 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
SOX9P48436 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.11■■□□□ 1.77
SOX9P48436 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.11■■□□□ 1.77
SOX9P48436 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
SOX9P48436 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC26.1■■□□□ 1.77
SOX9P48436 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
SOX9P48436 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.09■■□□□ 1.77
SOX9P48436 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
SOX9P48436 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC26.09■■□□□ 1.77
SOX9P48436 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
SOX9P48436 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
SOX9P48436 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
SOX9P48436 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
SOX9P48436 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
SOX9P48436 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC26.08■■□□□ 1.77
SOX9P48436 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
SOX9P48436 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC26.08■■□□□ 1.77
SOX9P48436 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.76
SOX9P48436 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC26.07■■□□□ 1.76
SOX9P48436 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
SOX9P48436 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.07■■□□□ 1.76
SOX9P48436 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
SOX9P48436 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.06■■□□□ 1.76
SOX9P48436 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
SOX9P48436 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC26.06■■□□□ 1.76
SOX9P48436 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
SOX9P48436 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
SOX9P48436 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC26.05■■□□□ 1.76
SOX9P48436 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.05■■□□□ 1.76
SOX9P48436 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
SOX9P48436 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC26.04■■□□□ 1.76
SOX9P48436 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
SOX9P48436 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
SOX9P48436 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC26.04■■□□□ 1.76
SOX9P48436 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
SOX9P48436 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
SOX9P48436 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
SOX9P48436 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.02■■□□□ 1.76
SOX9P48436 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC26.02■■□□□ 1.76
SOX9P48436 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC26.02■■□□□ 1.76
SOX9P48436 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
SOX9P48436 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC26.01■■□□□ 1.75
SOX9P48436 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC26■■□□□ 1.75
SOX9P48436 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
SOX9P48436 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC26■■□□□ 1.75
SOX9P48436 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC26■■□□□ 1.75
SOX9P48436 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC26■■□□□ 1.75
SOX9P48436 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26■■□□□ 1.75
SOX9P48436 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC26■■□□□ 1.75
SOX9P48436 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26■■□□□ 1.75
SOX9P48436 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.99■■□□□ 1.75
SOX9P48436 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.99■■□□□ 1.75
SOX9P48436 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC25.98■■□□□ 1.75
SOX9P48436 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
SOX9P48436 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
SOX9P48436 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
SOX9P48436 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC25.98■■□□□ 1.75
SOX9P48436 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC25.97■■□□□ 1.75
SOX9P48436 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
SOX9P48436 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
SOX9P48436 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.97■■□□□ 1.75
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 113.5 ms