Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 FP236240.3-201ENST00000623061 327 ntBASIC5.58□□□□□ -1.52
USP4Q13107 U2.22-201ENST00000636441 106 ntBASIC5.58□□□□□ -1.52
USP4Q13107 AL050331.3-201ENST00000448740 2081 ntTSL 2 BASIC5.58□□□□□ -1.52
USP4Q13107 OR5A2-203ENST00000641673 9444 ntAPPRIS P1 BASIC5.58□□□□□ -1.52
USP4Q13107 VCAM1-202ENST00000347652 2812 ntTSL 1 (best) BASIC5.58□□□□□ -1.52
USP4Q13107 ZMYND11-209ENST00000402736 3950 ntTSL 5 BASIC5.58□□□□□ -1.52
USP4Q13107 LIMA1-212ENST00000552491 2652 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC5.58□□□□□ -1.52
USP4Q13107 ATF2-201ENST00000264110 4176 ntTSL 1 (best) BASIC5.58□□□□□ -1.52
USP4Q13107 SLC1A3-202ENST00000381918 3652 ntTSL 1 (best) BASIC5.58□□□□□ -1.52
USP4Q13107 TIPARP-207ENST00000542783 3681 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.58□□□□□ -1.52
USP4Q13107 AC083843.3-201ENST00000623679 2186 ntBASIC5.57□□□□□ -1.52
USP4Q13107 AKAP6-212ENST00000557272 4601 ntTSL 5 BASIC5.57□□□□□ -1.52
USP4Q13107 PPARGC1A-201ENST00000264867 6318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.57□□□□□ -1.52
USP4Q13107 PTPRD-202ENST00000356435 9472 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC5.57□□□□□ -1.52
USP4Q13107 DDHD2-202ENST00000517385 4113 ntTSL 2 BASIC5.57□□□□□ -1.52
USP4Q13107 PEAK1-201ENST00000312493 11512 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC5.57□□□□□ -1.52
USP4Q13107 SNORA17.1-201ENST00000362945 126 ntBASIC5.57□□□□□ -1.52
USP4Q13107 Y_RNA.324-201ENST00000365165 102 ntBASIC5.57□□□□□ -1.52
USP4Q13107 RNU6-933P-201ENST00000384424 107 ntBASIC5.57□□□□□ -1.52
USP4Q13107 AL109941.1-201ENST00000401925 229 ntBASIC5.57□□□□□ -1.52
USP4Q13107 U3.35-201ENST00000408405 208 ntBASIC5.57□□□□□ -1.52
USP4Q13107 U3.36-201ENST00000408418 213 ntBASIC5.57□□□□□ -1.52
USP4Q13107 Z86062.2-201ENST00000411442 380 ntTSL 5 BASIC5.57□□□□□ -1.52
USP4Q13107 LIMS1-AS1-201ENST00000411710 477 ntTSL 3 BASIC5.57□□□□□ -1.52
USP4Q13107 CYCSP33-201ENST00000414485 327 ntBASIC5.57□□□□□ -1.52
USP4Q13107 CEACAMP7-201ENST00000444105 496 ntBASIC5.57□□□□□ -1.52
USP4Q13107 LINC02210-201ENST00000444561 288 ntBASIC5.57□□□□□ -1.52
USP4Q13107 LINC01768-201ENST00000453347 476 ntTSL 3 BASIC5.57□□□□□ -1.52
USP4Q13107 LINC01399-202ENST00000458450 244 ntBASIC5.57□□□□□ -1.52
USP4Q13107 RPL23AP2-201ENST00000471227 466 ntBASIC5.57□□□□□ -1.52
USP4Q13107 TRBVB-201ENST00000477100 408 ntBASIC5.57□□□□□ -1.52
USP4Q13107 RPS15AP34-201ENST00000487776 387 ntBASIC5.57□□□□□ -1.52
USP4Q13107 AC110792.1-201ENST00000491826 472 ntBASIC5.57□□□□□ -1.52
USP4Q13107 AC016651.1-201ENST00000502680 822 ntTSL 3 BASIC5.57□□□□□ -1.52
USP4Q13107 GMPSP1-201ENST00000514075 579 ntBASIC5.57□□□□□ -1.52
USP4Q13107 AL671862.1-201ENST00000515851 349 ntBASIC5.57□□□□□ -1.52
USP4Q13107 RNU6-406P-201ENST00000516470 107 ntBASIC5.57□□□□□ -1.52
USP4Q13107 RNU6-182P-201ENST00000516970 105 ntBASIC5.57□□□□□ -1.52
USP4Q13107 AF233439.1-201ENST00000526235 401 ntTSL 3 BASIC5.57□□□□□ -1.52
USP4Q13107 AL390123.1-201ENST00000603216 237 ntBASIC5.57□□□□□ -1.52
USP4Q13107 AC243829.4-201ENST00000620056 701 ntTSL 5 BASIC5.57□□□□□ -1.52
USP4Q13107 PFKFB2-201ENST00000367079 3494 ntTSL 1 (best) BASIC5.57□□□□□ -1.52
USP4Q13107 OR2L3-202ENST00000641161 2830 ntAPPRIS P1 BASIC5.57□□□□□ -1.52
USP4Q13107 OR2L3-203ENST00000641649 2846 ntAPPRIS P1 BASIC5.57□□□□□ -1.52
USP4Q13107 AC006206.1-201ENST00000544842 3387 ntBASIC5.57□□□□□ -1.52
USP4Q13107 ZNF83-202ENST00000536937 2726 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC5.57□□□□□ -1.52
USP4Q13107 PPP1R9A-206ENST00000433360 5369 ntTSL 1 (best) BASIC5.57□□□□□ -1.52
USP4Q13107 CDKL3-209ENST00000523054 1775 ntTSL 2 BASIC5.57□□□□□ -1.52
USP4Q13107 MTX3-204ENST00000617335 6155 ntTSL 2 BASIC5.57□□□□□ -1.52
USP4Q13107 AC090510.1-202ENST00000500850 2017 ntTSL 1 (best) BASIC5.57□□□□□ -1.52
USP4Q13107 OMG-201ENST00000247271 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.56□□□□□ -1.52
USP4Q13107 ELF2-203ENST00000379550 3278 ntTSL 5 BASIC5.56□□□□□ -1.52
USP4Q13107 AC027228.2-201ENST00000567141 2154 ntBASIC5.56□□□□□ -1.52
USP4Q13107 GOLPH3L-201ENST00000271732 2999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.56□□□□□ -1.52
USP4Q13107 ATF7IP2-202ENST00000356427 3463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.56□□□□□ -1.52
USP4Q13107 OR5K1-202ENST00000642057 3466 ntAPPRIS P1 BASIC5.56□□□□□ -1.52
USP4Q13107 DSPP-201ENST00000282478 4281 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC5.56□□□□□ -1.52
USP4Q13107 ZNF383-201ENST00000352998 6760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.56□□□□□ -1.52
USP4Q13107 RNU4-44P-201ENST00000363050 141 ntBASIC5.56□□□□□ -1.52
USP4Q13107 AL645733.1-201ENST00000402250 217 ntBASIC5.56□□□□□ -1.52
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USP4Q13107 GPS2P1-201ENST00000411761 986 ntBASIC5.56□□□□□ -1.52
USP4Q13107 MTCO3P19-201ENST00000415864 321 ntBASIC5.56□□□□□ -1.52
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USP4Q13107 AC007349.1-201ENST00000419326 587 ntTSL 4 BASIC5.56□□□□□ -1.52
USP4Q13107 PIGPP3-201ENST00000425307 415 ntBASIC5.56□□□□□ -1.52
USP4Q13107 KCND3-IT1-201ENST00000439736 376 ntTSL 3 BASIC5.56□□□□□ -1.52
USP4Q13107 AC073850.1-201ENST00000449243 255 ntBASIC5.56□□□□□ -1.52
USP4Q13107 CEACAMP6-201ENST00000452007 574 ntBASIC5.56□□□□□ -1.52
USP4Q13107 AC068489.1-201ENST00000453706 261 ntTSL 5 BASIC5.56□□□□□ -1.52
USP4Q13107 CREM-226ENST00000469949 721 ntTSL 3 BASIC5.56□□□□□ -1.52
USP4Q13107 HMGN2P13-201ENST00000476476 274 ntBASIC5.56□□□□□ -1.52
USP4Q13107 RNA5SP228-201ENST00000516232 133 ntBASIC5.56□□□□□ -1.52
USP4Q13107 RNA5SP373-201ENST00000517271 95 ntBASIC5.56□□□□□ -1.52
USP4Q13107 AC024940.3-201ENST00000538551 316 ntBASIC5.56□□□□□ -1.52
USP4Q13107 SNHG1-210ENST00000539303 240 ntTSL 3 BASIC5.56□□□□□ -1.52
USP4Q13107 AC008149.1-201ENST00000551844 525 ntTSL 4 BASIC5.56□□□□□ -1.52
USP4Q13107 TRAV32-201ENST00000553993 340 ntBASIC5.56□□□□□ -1.52
USP4Q13107 AC012181.3-201ENST00000565861 601 ntTSL 4 BASIC5.56□□□□□ -1.52
USP4Q13107 LINC02137-203ENST00000567448 930 ntTSL 5 BASIC5.56□□□□□ -1.52
USP4Q13107 AC004584.2-201ENST00000570407 410 ntBASIC5.56□□□□□ -1.52
USP4Q13107 AC005951.2-201ENST00000576282 495 ntBASIC5.56□□□□□ -1.52
USP4Q13107 MIR4700-201ENST00000578311 74 ntBASIC5.56□□□□□ -1.52
USP4Q13107 RN7SL356P-201ENST00000582228 248 ntBASIC5.56□□□□□ -1.52
USP4Q13107 HMGB2P1-201ENST00000591146 634 ntBASIC5.56□□□□□ -1.52
USP4Q13107 AC006023.2-201ENST00000609916 167 ntBASIC5.56□□□□□ -1.52
USP4Q13107 CYP3A43-217ENST00000631161 328 ntTSL 5 BASIC5.56□□□□□ -1.52
USP4Q13107 AL512643.1-201ENST00000635735 524 ntBASIC5.56□□□□□ -1.52
USP4Q13107 CENPI-202ENST00000372927 3262 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC5.56□□□□□ -1.52
USP4Q13107 MYO5A-201ENST00000356338 11971 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC5.56□□□□□ -1.52
USP4Q13107 SRPK2-201ENST00000357311 3700 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC5.56□□□□□ -1.52
USP4Q13107 VPS13D-214ENST00000620676 16320 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC5.56□□□□□ -1.52
USP4Q13107 LRRC37A-203ENST00000496930 3860 ntTSL 2 BASIC5.56□□□□□ -1.52
USP4Q13107 AC114947.2-201ENST00000565748 2125 ntBASIC5.56□□□□□ -1.52
USP4Q13107 UGP2-229ENST00000613823 1858 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC5.56□□□□□ -1.52
USP4Q13107 ZNF83-203ENST00000541777 3743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.56□□□□□ -1.52
USP4Q13107 CARF-208ENST00000428585 2513 ntTSL 2 BASIC5.55□□□□□ -1.52
USP4Q13107 MAP3K7-203ENST00000369327 4558 ntTSL 1 (best) BASIC5.55□□□□□ -1.52
USP4Q13107 ZNF571-203ENST00000451802 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.55□□□□□ -1.52
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