Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 SLC9A6-202ENST00000370698 4631 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
CHMP3Q9Y3E7 DCBLD2-201ENST00000326840 6122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
CHMP3Q9Y3E7 HMGB3P22-201ENST00000442010 597 ntTSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
CHMP3Q9Y3E7 CCR12P-201ENST00000446203 998 ntBASIC23.92■■□□□ 1.42
CHMP3Q9Y3E7 CDKN3-209ENST00000556102 938 ntTSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
CHMP3Q9Y3E7 CKBP1-201ENST00000565489 1086 ntBASIC23.92■■□□□ 1.42
CHMP3Q9Y3E7 CASP9-210ENST00000546424 4463 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
CHMP3Q9Y3E7 KLC1-208ENST00000452929 2453 ntTSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
CHMP3Q9Y3E7 CELF6-202ENST00000395258 1741 ntTSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
CHMP3Q9Y3E7 KRAS-203ENST00000556131 1696 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
CHMP3Q9Y3E7 KRT8P11-201ENST00000409686 1436 ntBASIC23.92■■□□□ 1.42
CHMP3Q9Y3E7 JAKMIP1-201ENST00000282924 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
CHMP3Q9Y3E7 IL17RE-206ENST00000454190 2757 ntTSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
CHMP3Q9Y3E7 TMEM132A-202ENST00000453848 3346 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
CHMP3Q9Y3E7 POMZP3-201ENST00000275569 1259 ntTSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
CHMP3Q9Y3E7 ERICH4-201ENST00000378187 946 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
CHMP3Q9Y3E7 MCF2L-207ENST00000397024 490 ntTSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
CHMP3Q9Y3E7 AC103564.1-201ENST00000437330 562 ntTSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
CHMP3Q9Y3E7 AC134772.1-201ENST00000438872 885 ntTSL 3 BASIC23.91■■□□□ 1.42
CHMP3Q9Y3E7 BNIP3L-206ENST00000523515 915 ntTSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
CHMP3Q9Y3E7 ETS1-207ENST00000531611 2134 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
CHMP3Q9Y3E7 DHRS7-201ENST00000216500 2322 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
CHMP3Q9Y3E7 PTAR1-205ENST00000472967 1689 ntTSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
CHMP3Q9Y3E7 ACTL6A-201ENST00000392662 1899 ntTSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
CHMP3Q9Y3E7 MRM1-204ENST00000614766 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
CHMP3Q9Y3E7 MMP11-201ENST00000215743 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
CHMP3Q9Y3E7 ARHGAP11A-205ENST00000563864 2279 ntTSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
CHMP3Q9Y3E7 YTHDF3-214ENST00000621890 2296 ntTSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
CHMP3Q9Y3E7 ADAMTS19-205ENST00000638972 5089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
CHMP3Q9Y3E7 CHP2-201ENST00000300113 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
CHMP3Q9Y3E7 AC008691.1-203ENST00000515337 1580 ntTSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
CHMP3Q9Y3E7 MOK-201ENST00000361847 1940 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
CHMP3Q9Y3E7 DEDD2-204ENST00000595337 1894 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC23.9■■□□□ 1.42
CHMP3Q9Y3E7 AC126773.2-201ENST00000562172 1682 ntTSL 3 BASIC23.9■■□□□ 1.42
CHMP3Q9Y3E7 FGFR2-204ENST00000356226 3547 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
CHMP3Q9Y3E7 GPR6-201ENST00000275169 1089 ntAPPRIS P1 BASIC23.9■■□□□ 1.42
CHMP3Q9Y3E7 KRT17P2-202ENST00000326333 1174 ntTSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
CHMP3Q9Y3E7 TNNT3-206ENST00000381579 1042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
CHMP3Q9Y3E7 TRPT1-203ENST00000394547 865 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
CHMP3Q9Y3E7 SELENOF-203ENST00000401030 727 ntTSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
CHMP3Q9Y3E7 CT47A1-201ENST00000433030 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
CHMP3Q9Y3E7 AC005056.1-201ENST00000435932 532 ntTSL 4 BASIC23.9■■□□□ 1.42
CHMP3Q9Y3E7 C11orf49-201ENST00000278460 1645 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
CHMP3Q9Y3E7 KANK4-202ENST00000354381 2103 ntTSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
CHMP3Q9Y3E7 MMP28-201ENST00000605424 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
CHMP3Q9Y3E7 AP000679.1-202ENST00000319763 2081 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
CHMP3Q9Y3E7 LGALS9-202ENST00000313648 1378 ntTSL 3 BASIC23.9■■□□□ 1.42
CHMP3Q9Y3E7 ACAA1-201ENST00000301810 1540 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
CHMP3Q9Y3E7 SLC22A18-202ENST00000347936 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
CHMP3Q9Y3E7 AC125437.2-201ENST00000625180 2167 ntBASIC23.89■■□□□ 1.42
CHMP3Q9Y3E7 GPT-205ENST00000528431 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
CHMP3Q9Y3E7 CAB39-203ENST00000410084 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
CHMP3Q9Y3E7 PNMA8B-202ENST00000599531 5308 ntAPPRIS P1 BASIC23.89■■□□□ 1.42
CHMP3Q9Y3E7 MARCH8-201ENST00000319836 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 CD2AP-201ENST00000359314 5412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 PTCRA-201ENST00000304672 1080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 TMEM53-201ENST00000372235 890 ntTSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 AIF1L-203ENST00000372298 849 ntTSL 3 BASIC23.89■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 RTBDN-202ENST00000393233 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.89■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 SHBG-203ENST00000416273 1042 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.89■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 SLC25A1P2-201ENST00000430693 912 ntBASIC23.89■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 PTCRA-202ENST00000441198 1005 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 PTCRA-203ENST00000446507 759 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 AL049597.2-201ENST00000565575 961 ntBASIC23.89■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 SHBG-215ENST00000575903 1196 ntTSL 3 BASIC23.89■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 RAB11B-AS1-201ENST00000593581 1013 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 AC073508.3-201ENST00000619697 1419 ntBASIC23.89■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 MLF2-202ENST00000435120 1379 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 UBE2E1-201ENST00000306627 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 IQCJ-SCHIP1-204ENST00000485419 2445 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 TBC1D4-201ENST00000377625 6182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 ZIM2-206ENST00000599935 2226 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 CPEB1-214ENST00000617522 2220 ntTSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 HDAC2-201ENST00000368632 2084 ntTSL 2 BASIC23.88■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 CSPG5-203ENST00000456150 2089 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 TRMU-201ENST00000290846 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 WDR90-201ENST00000293879 5488 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 RIIAD1-201ENST00000326413 1772 ntTSL 2 BASIC23.88■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 NAT6-204ENST00000443094 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 NAT8L-201ENST00000331662 5571 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 WEE1-202ENST00000450114 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 TMEM88B-201ENST00000378821 492 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.88■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 UBE2F-205ENST00000414443 2100 ntTSL 2 BASIC23.88■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 AC007663.1-201ENST00000438948 1240 ntBASIC23.88■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 ROPN1L-202ENST00000503804 1291 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.88■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 TMEM64-204ENST00000519519 873 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 IKBKG-207ENST00000611071 2103 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 AL390860.1-201ENST00000449298 1541 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 AP001922.1-201ENST00000499390 1504 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 YIPF2-201ENST00000253031 2087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 FAM117B-201ENST00000392238 5763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 FBXL18-203ENST00000453700 1932 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 ARMC9-201ENST00000349938 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 SHCBP1L-201ENST00000367547 2317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 MTX1-202ENST00000368376 1632 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 BYSL-201ENST00000230340 2029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 SORCS3-201ENST00000369699 5530 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 CASKIN1-201ENST00000343516 5759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 IFNLR1-202ENST00000327575 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 NDUFA10-214ENST00000620965 1489 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.3 ms