Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 P4HB-223ENST00000576390 439 ntTSL 4 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 FP565260.3-205ENST00000620481 816 ntTSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 SLC25A24-204ENST00000569674 2357 ntBASIC24.44■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 HDAC2-201ENST00000368632 2084 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 PAQR4-201ENST00000293978 2644 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 NARS2-201ENST00000281038 2519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 STARD3-209ENST00000544210 1666 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 AVL9-209ENST00000640103 1367 ntTSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 CDV3-201ENST00000264993 3307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 CHCHD6-201ENST00000290913 1006 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 TRPT1-202ENST00000394546 1058 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 PHB2-202ENST00000440277 996 ntTSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 HMGB3P22-201ENST00000442010 597 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 BNIP3L-206ENST00000523515 915 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 TRPT1-210ENST00000541278 941 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 AC079385.1-202ENST00000549203 569 ntTSL 4 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 DEDD2-209ENST00000598727 1037 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 L34079.3-201ENST00000600242 546 ntTSL 4 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 EEF1A2-201ENST00000217182 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 BIRC2-206ENST00000530675 1927 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 IGFALS-201ENST00000215539 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 DOC2A-201ENST00000350119 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 ACD-214ENST00000620338 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 RELB-202ENST00000505236 2219 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 LRRC23-202ENST00000323702 1208 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 ICAM4-201ENST00000340992 1176 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 AKAP8L-201ENST00000397410 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 AC008105.2-201ENST00000420431 579 ntTSL 4 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 AP002433.1-201ENST00000525548 964 ntTSL 3 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 FAM87A-204ENST00000613235 858 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 SHCBP1L-201ENST00000367547 2317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 EBF4-202ENST00000380648 2910 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 TMEM110-MUSTN1-202ENST00000504329 1405 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 GPR42-201ENST00000454971 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 C2orf54-201ENST00000307486 2017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 CPEB1-214ENST00000617522 2220 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 NRG2-204ENST00000358522 2559 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 SHISA7-201ENST00000376325 6033 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 KLHL29-203ENST00000486442 5287 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 FAM214B-203ENST00000378561 5771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 SHB-201ENST00000377707 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 KRTAP5-3-201ENST00000399685 899 ntAPPRIS P1 BASIC24.41■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 ECEL1P2-202ENST00000465689 757 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 FAM53A-202ENST00000461064 2159 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 CTCF-202ENST00000401394 2978 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 GPR137-204ENST00000438980 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 UBE2E3-209ENST00000602710 1556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 HDAC4-201ENST00000345617 8976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 SHANK1-203ENST00000391813 4785 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 FBXL16-203ENST00000562563 2257 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 DLGAP4-201ENST00000339266 5016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 APPL2-201ENST00000258530 3239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 MBD1-216ENST00000587605 1945 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 PRRT4-207ENST00000535159 2897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 ATP5G1P1-201ENST00000448724 379 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 NDUFS3-213ENST00000534716 1263 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 FAM181A-203ENST00000556222 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 RNF165-206ENST00000590330 1049 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 TOM1L1-202ENST00000445275 2228 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 DUSP7-202ENST00000495880 3340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 TRIP13-201ENST00000166345 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 SLC25A22-228ENST00000628067 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 HEXDC-201ENST00000327949 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 POLI-202ENST00000406285 2030 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 EBF1-202ENST00000380654 2345 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 RREB1-203ENST00000379933 5826 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 NEK3-208ENST00000618534 2414 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 AGAP1-205ENST00000409538 6138 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 PCMT1-203ENST00000367384 1938 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 ALDH7A1-215ENST00000553117 1935 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 MIXL1-201ENST00000366810 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 TH-203ENST00000352909 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 TCP11-204ENST00000373979 1882 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 CYP2F1-201ENST00000331105 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 CYP2D7-203ENST00000433992 1740 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 CYP2D7-207ENST00000612115 1734 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 CHST1-201ENST00000308064 2718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 BCR-202ENST00000359540 4708 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 KRT8P3-201ENST00000519669 1449 ntBASIC24.39■■□□□ 1.5
CHMP4AQ9BY43 AIF1L-203ENST00000372298 849 ntTSL 3 BASIC24.39■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 MRPL53-202ENST00000409710 386 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 AL445685.1-201ENST00000425802 762 ntTSL 3 BASIC24.39■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 AC002094.1-201ENST00000591482 1050 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 PLIN2-201ENST00000276914 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 MRGPRG-AS1-201ENST00000420873 1818 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 ACBD4-215ENST00000592162 1684 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 PER3-203ENST00000377541 1524 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 ACADVL-203ENST00000356839 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 FFAR3-201ENST00000327809 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 FYN-204ENST00000368678 2573 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 FBLN1-204ENST00000402984 2355 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 STXBP6-203ENST00000419632 1970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 LMNB1-202ENST00000395354 1572 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 ZNF385C-201ENST00000436535 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 KCNS2-201ENST00000287042 5219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 GOLGA6L5P-202ENST00000515341 1828 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 EXOC3L2-202ENST00000413988 2964 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 CHMP6-201ENST00000325167 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 FBXL18-203ENST00000453700 1932 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 CCK-201ENST00000334681 830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.8 ms