Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 AC027307.1-201ENST00000590252 457 ntTSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 AC020922.1-201ENST00000591954 3058 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 TMEM53-202ENST00000372237 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 TSPAN4-204ENST00000397404 1462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 NAA60-235ENST00000576916 1567 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 TM7SF3-201ENST00000343028 2709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 CACNA1A-240ENST00000637432 7809 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 CACNA1A-258ENST00000638029 7814 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 DMWD-201ENST00000270223 3305 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 MTFR1L-202ENST00000374301 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 FPGS-203ENST00000373247 2279 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 PGR-201ENST00000263463 2496 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 BRAF-201ENST00000288602 2480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 GAS6-201ENST00000327773 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 HOXB9-201ENST00000311177 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 NAAA-206ENST00000507956 1300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 PNCK-201ENST00000340888 1508 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 NTMT1-210ENST00000613644 1501 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 MCEMP1-201ENST00000333598 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 OSR2-202ENST00000435298 1736 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 KLHDC4-203ENST00000347925 1821 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 RTN4-201ENST00000317610 2333 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 ZNF84-201ENST00000327668 7162 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 EMX2-201ENST00000442245 2710 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 GAREM2-202ENST00000407684 5138 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 CACNA1A-238ENST00000637276 7135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 HERPUD2-201ENST00000311350 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 ZNF692-204ENST00000451251 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 PLCXD1-202ENST00000381663 1863 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 HAGLROS-201ENST00000426615 1121 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 AC026427.1-201ENST00000508993 555 ntTSL 3 BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 PNN-205ENST00000556530 601 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 PAQR4-205ENST00000576565 842 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 MMP25-204ENST00000612971 1017 ntTSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 AC133041.1-202ENST00000642053 222 ntBASIC16.7■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 SEPT8-201ENST00000296873 4394 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 TMEM235-201ENST00000374946 2409 ntTSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 FBXO41-204ENST00000520530 3293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 HEXDC-201ENST00000327949 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 TUBA8-201ENST00000316027 1518 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 SLC22A18-202ENST00000347936 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 DBNL-207ENST00000440166 1415 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 PCDHB14-202ENST00000624896 2367 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 KRT9-201ENST00000246662 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 STMN4-202ENST00000350889 2288 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 FBXL16-203ENST00000562563 2257 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 TRABD-203ENST00000395827 2172 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 AL161938.1-201ENST00000569833 2180 ntBASIC16.7■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 NUDT15-201ENST00000258662 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 TFDP2-202ENST00000467072 1853 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 BACE2-202ENST00000330333 2993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 CACNA2D2-201ENST00000266039 5476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 LINC01168-201ENST00000461291 5254 ntTSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 PDLIM2-207ENST00000409417 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 ULK3-217ENST00000568667 1470 ntTSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 TLK2-202ENST00000343388 3227 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 WNK1-203ENST00000447667 1902 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 AC124283.5-201ENST00000624661 1809 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 MRPS24-201ENST00000317534 707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 MRPS26-201ENST00000380325 1127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 TRNT1-207ENST00000420393 854 ntTSL 3 BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 SLC29A4P2-201ENST00000504749 1089 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 CES1P1-204ENST00000574030 877 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 AC003102.1-201ENST00000588279 569 ntTSL 4 BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 LINC01819-201ENST00000422351 2156 ntTSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 FST-201ENST00000256759 2519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 REPS1-203ENST00000409812 2511 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 SLC12A5-210ENST00000616202 2445 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 SLC27A3-214ENST00000624995 2413 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 LDHD-202ENST00000450168 1966 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 SNCA-203ENST00000394986 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 MB21D2-201ENST00000392452 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 WDR34-201ENST00000372715 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 SEPT9-246ENST00000592951 1793 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 TSPAN15-201ENST00000373290 1698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 ACOT4-201ENST00000326303 2362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 FIGNL2-202ENST00000618634 4812 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 TPD52-211ENST00000519303 1594 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 SPRYD7-204ENST00000613924 2285 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 NAT6-204ENST00000443094 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 SLC25A47-201ENST00000361529 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 CCND3-204ENST00000414200 1724 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 IL15-208ENST00000529613 1355 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 FP475955.4-201ENST00000623131 1990 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 ADORA2A-201ENST00000337539 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 ROCK2-209ENST00000616279 6401 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 DHX33-201ENST00000225296 5618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 ANKRD39-201ENST00000393537 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 MAP1LC3A-203ENST00000397709 698 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 PIGP-203ENST00000399098 972 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 PACRGL-206ENST00000502374 1034 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 RHOD-202ENST00000532559 538 ntTSL 3 BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 COX4I1-202ENST00000561569 716 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 AC008687.6-201ENST00000596318 630 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 NCBP2-AS2-201ENST00000602845 918 ntAPPRIS P1 BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 TRAPPC3-208ENST00000616074 1114 ntTSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 UBE2E1-201ENST00000306627 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 TAB2-209ENST00000637181 4230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 MPV17L2-204ENST00000599612 1408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 SYTL1-201ENST00000318074 1900 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.9 ms