Protein–RNA interactions for Protein: Q3V6T2

CCDC88A, Girdin, humanhuman

Predictions only

Length 1,871 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC88AQ3V6T2 ABHD5-205ENST00000458276 1690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 REM2-201ENST00000267396 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 STXBP2-203ENST00000441779 1914 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 BRD4-202ENST00000360016 3240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 DBX2-201ENST00000332700 2806 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 CPNE2-201ENST00000290776 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 C17orf62-204ENST00000437807 2242 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 PDCD2-204ENST00000453163 2657 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 QPCTL-202ENST00000366382 1814 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 IDH1-205ENST00000446179 2298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 NUTF2-201ENST00000219169 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 FCN3-201ENST00000270879 1030 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 HOPX-201ENST00000317745 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 FCN3-202ENST00000354982 997 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 DUSP15-203ENST00000375966 1077 ntTSL 3 BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 ZMYM5-203ENST00000382907 1092 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 AC021739.3-201ENST00000557908 855 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 IZUMO4-213ENST00000620263 947 ntTSL 3 BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 STRADB-201ENST00000194530 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 TAX1BP3-202ENST00000611779 1302 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 PSMD8-201ENST00000215071 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 ITGBL1-206ENST00000618057 2368 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 GLIPR2-203ENST00000396613 1917 ntTSL 4 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 RAP1GDS1-201ENST00000264572 1686 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 FCMR-202ENST00000442471 1441 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 FBXW9-203ENST00000587955 1437 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 ACTG1-201ENST00000331925 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 ZNF497-202ENST00000425453 2261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 USP39-204ENST00000409766 2033 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 FAM129C-203ENST00000449408 2004 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 DNAJC7-203ENST00000457167 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 WIPF2-202ENST00000394103 2378 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 SERBP1-201ENST00000361219 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 AC069368.1-202ENST00000437723 750 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 HELT-202ENST00000505610 846 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 PNN-202ENST00000553331 656 ntTSL 3 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 HDDC3-205ENST00000559898 1024 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 PAOX-201ENST00000278060 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 ADAP1-218ENST00000617043 1946 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 MXRA8-201ENST00000309212 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 DNAAF4-201ENST00000321149 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 PAIP1-203ENST00000436644 1734 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 AC007249.2-201ENST00000553181 1737 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 IRX4-206ENST00000513692 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 SLC44A3-203ENST00000446120 2094 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 SLC52A2-209ENST00000530047 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 TSR2-201ENST00000375151 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 EMX1-202ENST00000394111 1528 ntTSL 3 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 BRICD5-201ENST00000328540 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 RELA-201ENST00000308639 2681 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 LINC02106-201ENST00000506534 606 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 ANAPC11-217ENST00000579978 575 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 AL391422.3-201ENST00000603791 2761 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 PRELID3A-201ENST00000336990 1715 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 PRELID3A-202ENST00000440960 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 SLC7A10-201ENST00000253188 1946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 PRDX3-201ENST00000298510 1591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 CYP46A1-202ENST00000380228 1597 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 ZNF773-204ENST00000598770 2019 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 AC009237.14-201ENST00000609975 1594 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 FENDRR-203ENST00000595886 3095 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 HDHD5-201ENST00000155674 1735 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 T-202ENST00000366871 2250 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 LINC02247-201ENST00000417135 743 ntTSL 3 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 TSPY19P-201ENST00000418461 509 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 TSPY18P-201ENST00000441642 509 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 AC137630.1-201ENST00000452042 782 ntTSL 4 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 MTG1-205ENST00000477902 1283 ntTSL 3 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 KCNMA1-220ENST00000481070 896 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 AC004448.5-201ENST00000579897 567 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 DNAJB6-218ENST00000634080 1005 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 RPL3-201ENST00000216146 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 GPR137-204ENST00000438980 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 MRPL3-201ENST00000264995 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 FAM57B-204ENST00000564806 1710 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 AL157384.1-201ENST00000445995 2473 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 MICU2-201ENST00000382374 1920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 PCBP3-203ENST00000400308 1911 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 MATN4-204ENST00000372756 2077 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 DUT-201ENST00000331200 2147 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 AP002469.2-201ENST00000531724 424 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 HOXB8-203ENST00000576562 743 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 AP002414.4-201ENST00000589764 1148 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 SYT8-202ENST00000381968 1424 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 GALE-201ENST00000374497 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 RHNO1-204ENST00000489288 1870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 CKMT1A-202ENST00000413453 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 HAAO-201ENST00000294973 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 RPL26L1-205ENST00000519974 695 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 NAPSB-203ENST00000531692 561 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 HLA-A-201ENST00000376802 1334 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 USF2-202ENST00000343550 1523 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 C17orf58-204ENST00000580729 2065 ntTSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 BIN1-202ENST00000316724 2693 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 SLC35A3-208ENST00000638336 2438 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 SLC39A5-209ENST00000454355 1968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 APBB1-207ENST00000529519 1442 ntTSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 GNB1L-203ENST00000405009 1076 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 NME1-207ENST00000480143 964 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC88AQ3V6T2 LINC00092-202ENST00000580908 580 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.3 ms