Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 RABL2B-205ENST00000395595 2428 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIG1P18858 GRM2-204ENST00000442933 2064 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIG1P18858 ASCC2-202ENST00000397771 2823 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIG1P18858 CFAP100-203ENST00000505024 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIG1P18858 MARK1-205ENST00000611084 5321 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIG1P18858 SEPT9-246ENST00000592951 1793 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIG1P18858 CAVIN3-201ENST00000303927 1174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIG1P18858 CABP2-202ENST00000353903 789 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIG1P18858 KLF2-202ENST00000592003 564 ntTSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIG1P18858 PPP1R36-201ENST00000298705 1405 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIG1P18858 CAV3-201ENST00000343849 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIG1P18858 AHCYL1-202ENST00000369799 4015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIG1P18858 MRM3-201ENST00000304478 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIG1P18858 CASC2-205ENST00000454781 2216 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIG1P18858 CPAMD8-202ENST00000388925 5355 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIG1P18858 WDR41-208ENST00000507029 1553 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIG1P18858 TSPAN3-210ENST00000561277 1592 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIG1P18858 RPS6KA1-204ENST00000374168 3186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIG1P18858 ABHD14A-ACY1-202ENST00000463937 1705 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIG1P18858 PEX5L-206ENST00000465751 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIG1P18858 TCTN1-223ENST00000550703 2149 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIG1P18858 GCH1-207ENST00000622544 2923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIG1P18858 ESPN-205ENST00000461727 1869 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIG1P18858 NUDT10-202ENST00000376006 2001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
LIG1P18858 SUPT4H1-202ENST00000577396 1643 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
LIG1P18858 SLC35E4-201ENST00000343605 2714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
LIG1P18858 BEGAIN-202ENST00000443071 2744 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
LIG1P18858 MTSS1L-204ENST00000616026 2241 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
LIG1P18858 MCU-202ENST00000373053 2949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
LIG1P18858 ST6GALNAC4-201ENST00000335791 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
LIG1P18858 KCNK17-201ENST00000373231 1658 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
LIG1P18858 ZNF274-212ENST00000617501 2538 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
LIG1P18858 NOP14-AS1-202ENST00000505731 1999 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
LIG1P18858 POM121L13P-201ENST00000422362 380 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
LIG1P18858 GCC2-AS1-202ENST00000440975 574 ntTSL 4 BASIC22.02■■□□□ 1.12
LIG1P18858 CCKBR-203ENST00000525462 2138 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
LIG1P18858 CHEK2P2-202ENST00000555186 864 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
LIG1P18858 AC120498.8-201ENST00000614275 531 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
LIG1P18858 ATRIP-201ENST00000320211 2590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
LIG1P18858 ATPAF2-206ENST00000474627 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
LIG1P18858 KIAA1324L-208ENST00000450689 6841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
LIG1P18858 AP1AR-202ENST00000309703 2337 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
LIG1P18858 PTGER3-203ENST00000354608 1470 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
LIG1P18858 CCDC17-202ENST00000421127 2216 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.11
LIG1P18858 CDK13-202ENST00000340829 5066 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
LIG1P18858 HIPK1-207ENST00000369561 3777 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
LIG1P18858 LINC01586-201ENST00000506090 1840 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
LIG1P18858 KCNH1-210ENST00000640044 1818 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
LIG1P18858 NAA60-235ENST00000576916 1567 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
LIG1P18858 SNCA-203ENST00000394986 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
LIG1P18858 LONRF1-208ENST00000533751 3043 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
LIG1P18858 H3F3A-204ENST00000366816 799 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
LIG1P18858 ZDHHC12-202ENST00000372667 1187 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
LIG1P18858 AL158047.1-201ENST00000445918 881 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
LIG1P18858 ABHD17AP6-201ENST00000458502 1044 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
LIG1P18858 EGFEM1P-209ENST00000502332 728 ntTSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
LIG1P18858 CDH18-AS1-201ENST00000513573 424 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
LIG1P18858 C14orf144-202ENST00000555282 854 ntTSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
LIG1P18858 FMR1-207ENST00000439526 3699 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
LIG1P18858 NPTX2-201ENST00000265634 2700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
LIG1P18858 AL031598.1-201ENST00000561511 1773 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
LIG1P18858 AC104417.2-201ENST00000562989 1793 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
LIG1P18858 AC005082.1-201ENST00000413042 2259 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
LIG1P18858 MEPCE-202ENST00000414441 2261 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
LIG1P18858 IFRD2-204ENST00000436390 2275 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
LIG1P18858 ARHGEF18-202ENST00000359920 5733 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
LIG1P18858 TM7SF2-202ENST00000345348 1490 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
LIG1P18858 R3HCC1-210ENST00000625275 1489 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
LIG1P18858 SH2B3-201ENST00000341259 5406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
LIG1P18858 SMARCC2-203ENST00000394023 4271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
LIG1P18858 ZFP92-201ENST00000338647 6105 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
LIG1P18858 DOK4-218ENST00000569548 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
LIG1P18858 RNPEPL1-201ENST00000270357 5658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
LIG1P18858 AC026471.1-201ENST00000564629 3026 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
LIG1P18858 KLHL40-201ENST00000287777 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
LIG1P18858 ENOPH1-201ENST00000273920 2025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
LIG1P18858 KRT24-201ENST00000264651 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
LIG1P18858 PRODH-215ENST00000610940 2405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
LIG1P18858 KCNS2-201ENST00000287042 5219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
LIG1P18858 SOX11-201ENST00000322002 8719 ntAPPRIS P1 BASIC22■■□□□ 1.11
LIG1P18858 USP39-202ENST00000409025 1946 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
LIG1P18858 SGCE-207ENST00000447873 1597 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
LIG1P18858 SEC14L2-215ENST00000617837 2632 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
LIG1P18858 DEF8-211ENST00000563795 1767 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
LIG1P18858 CBSL-210ENST00000624934 1992 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
LIG1P18858 NUTM2F-202ENST00000341207 2516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
LIG1P18858 NUTM2G-202ENST00000372322 2516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
LIG1P18858 COPS9-201ENST00000307266 759 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
LIG1P18858 CEACAM3-201ENST00000344550 1022 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
LIG1P18858 RAC1-202ENST00000356142 907 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
LIG1P18858 YWHAZ-209ENST00000419477 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22■■□□□ 1.11
LIG1P18858 MAGI2-AS3-211ENST00000451809 707 ntTSL 3 BASIC22■■□□□ 1.11
LIG1P18858 DEDD2-205ENST00000596251 1183 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
LIG1P18858 MMD2-204ENST00000612910 778 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
LIG1P18858 FER1L4-211ENST00000616283 1818 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
LIG1P18858 DUSP1-201ENST00000239223 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
LIG1P18858 RAP1GAP-204ENST00000374761 3318 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
LIG1P18858 CCNJL-203ENST00000393977 3320 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
LIG1P18858 FOXI3-201ENST00000428390 2804 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22■■□□□ 1.11
LIG1P18858 PLEKHB2-204ENST00000409158 2277 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.4 ms