Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 CASC2-205ENST00000454781 2216 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
SDC1P18827 ABHD14A-201ENST00000273596 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
SDC1P18827 CLTA-202ENST00000345519 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
SDC1P18827 C1orf50-201ENST00000372525 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
SDC1P18827 CD99-203ENST00000381184 918 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
SDC1P18827 GPSM1-203ENST00000392944 1111 ntTSL 3 BASIC18.25■□□□□ 0.51
SDC1P18827 LINC01786-202ENST00000453732 389 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
SDC1P18827 AP000282.1-201ENST00000454622 682 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
SDC1P18827 NREP-209ENST00000455559 698 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.25■□□□□ 0.51
SDC1P18827 KCTD10-211ENST00000540411 866 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
SDC1P18827 AL359399.1-201ENST00000557610 462 ntTSL 3 BASIC18.25■□□□□ 0.51
SDC1P18827 CLN6-207ENST00000566347 981 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
SDC1P18827 AC233263.1-201ENST00000578059 224 ntBASIC18.25■□□□□ 0.51
SDC1P18827 MTDHP1-201ENST00000605323 784 ntBASIC18.25■□□□□ 0.51
SDC1P18827 IL15RA-222ENST00000622442 1160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
SDC1P18827 EFS-201ENST00000216733 3118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
SDC1P18827 ADAMTS9-202ENST00000459780 2871 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
SDC1P18827 HSPB8-201ENST00000281938 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
SDC1P18827 LRRC20-205ENST00000395010 2959 ntTSL 3 BASIC18.25■□□□□ 0.51
SDC1P18827 GRB10-205ENST00000401949 2627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
SDC1P18827 AC010173.1-201ENST00000549023 1453 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
SDC1P18827 IL6R-208ENST00000622330 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
SDC1P18827 SLC22A17-204ENST00000397267 2455 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
SDC1P18827 COQ10B-201ENST00000263960 2239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
SDC1P18827 EGFR-202ENST00000342916 2239 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
SDC1P18827 ULK1-201ENST00000321867 5310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
SDC1P18827 TMEM155-201ENST00000337677 2313 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
SDC1P18827 AC083805.3-201ENST00000619560 1315 ntTSL 3 BASIC18.24■□□□□ 0.51
SDC1P18827 UNC5D-204ENST00000420357 2966 ntTSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
SDC1P18827 NECTIN1-201ENST00000264025 5840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
SDC1P18827 TIMM13-201ENST00000215570 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
SDC1P18827 BAIAP2-204ENST00000428708 2095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
SDC1P18827 CCDC106-201ENST00000308964 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
SDC1P18827 FNIP1-204ENST00000511848 1720 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
SDC1P18827 HACE1-202ENST00000369125 3102 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
SDC1P18827 CDK11A-205ENST00000378633 2458 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
SDC1P18827 GHDC-212ENST00000593209 1827 ntTSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
SDC1P18827 WDR74-202ENST00000311713 1153 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
SDC1P18827 ANG-201ENST00000336811 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
SDC1P18827 PSEN1-203ENST00000394157 1249 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
SDC1P18827 THAP6-213ENST00000514480 1161 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
SDC1P18827 DHRS4-206ENST00000558581 1143 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
SDC1P18827 EMC9-206ENST00000560403 872 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
SDC1P18827 CMTM3-207ENST00000564060 824 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
SDC1P18827 CMTM3-211ENST00000565922 615 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
SDC1P18827 TMEM191B-201ENST00000612978 1220 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
SDC1P18827 LGALS9C-209ENST00000581545 1378 ntTSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
SDC1P18827 ADGRG2-210ENST00000379878 4803 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
SDC1P18827 DEF8-211ENST00000563795 1767 ntTSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
SDC1P18827 SMARCC2-203ENST00000394023 4271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
SDC1P18827 NDRG2-227ENST00000554143 1980 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
SDC1P18827 ZNF213-202ENST00000416391 2996 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
SDC1P18827 CEACAM3-202ENST00000357396 1316 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SDC1P18827 DDX31-206ENST00000480876 1333 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SDC1P18827 CHST2-201ENST00000309575 4582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SDC1P18827 RBPMS-210ENST00000520191 1613 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SDC1P18827 ENOPH1-201ENST00000273920 2025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SDC1P18827 SLC38A10-201ENST00000288439 2708 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SDC1P18827 PRPF39-201ENST00000355765 2868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SDC1P18827 MEN1-205ENST00000377316 2868 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
SDC1P18827 RTEL1-204ENST00000370003 2273 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
SDC1P18827 TTLL10-203ENST00000379290 2283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SDC1P18827 FBXO31-201ENST00000311635 5934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SDC1P18827 AL512353.2-201ENST00000448759 1962 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
SDC1P18827 IZUMO2-201ENST00000293405 728 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SDC1P18827 ID1-201ENST00000376105 1233 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
SDC1P18827 LCN6-203ENST00000476567 1015 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SDC1P18827 AC026366.1-201ENST00000488803 879 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
SDC1P18827 FAM163B-202ENST00000496132 811 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.23■□□□□ 0.51
SDC1P18827 BAALC-AS1-206ENST00000521383 736 ntTSL 3 BASIC18.23■□□□□ 0.51
SDC1P18827 FADS3-204ENST00000525588 1254 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
SDC1P18827 AL160286.2-201ENST00000567150 934 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
SDC1P18827 AC004264.1-201ENST00000608354 794 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
SDC1P18827 AC013268.1-201ENST00000639717 1208 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
SDC1P18827 USP49-202ENST00000373010 2446 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
SDC1P18827 CPSF3-201ENST00000238112 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SDC1P18827 PNMA8B-202ENST00000599531 5308 ntAPPRIS P1 BASIC18.23■□□□□ 0.51
SDC1P18827 EGLN2-201ENST00000303961 2102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SDC1P18827 NR1H2-210ENST00000598168 1915 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
SDC1P18827 IDH3G-202ENST00000370092 1712 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
SDC1P18827 KTI12-201ENST00000371614 1714 ntAPPRIS P1 BASIC18.23■□□□□ 0.51
SDC1P18827 TWF2-203ENST00000499914 1440 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
SDC1P18827 BCAT2-208ENST00000598162 1329 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SDC1P18827 TTC19-201ENST00000261647 3002 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SDC1P18827 SEC11C-202ENST00000509791 2054 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
SDC1P18827 PLA2G7-201ENST00000274793 1882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
SDC1P18827 NCK2-205ENST00000451463 1795 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
SDC1P18827 Z98044.1-201ENST00000632503 1764 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
SDC1P18827 TMEM230-206ENST00000379283 1660 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.22■□□□□ 0.51
SDC1P18827 RBFOX1-204ENST00000422070 1684 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
SDC1P18827 GCSH-201ENST00000315467 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
SDC1P18827 AIPL1-209ENST00000575265 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
SDC1P18827 CACNA1I-204ENST00000407673 5952 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
SDC1P18827 NTRK1-201ENST00000358660 2492 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
SDC1P18827 NRG2-202ENST00000289422 2923 ntTSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
SDC1P18827 ARHGAP9-202ENST00000393797 2912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
SDC1P18827 KRT17P3-201ENST00000420566 1262 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
SDC1P18827 ZNF580-203ENST00000545125 1025 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.22■□□□□ 0.51
SDC1P18827 LRRC75A-AS1-225ENST00000581913 1091 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
SDC1P18827 ELAC1-203ENST00000588577 694 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.7 ms