Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y2N7

HIF3A, Hypoxia-inducible factor 3-alpha, humanhuman

Predictions only

Length 669 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HIF3AQ9Y2N7 MVB12A-201ENST00000317040 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 LETM2-208ENST00000524874 1459 ntTSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 HMBS-214ENST00000542729 1469 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 TULP1-201ENST00000229771 2162 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 RREB1-201ENST00000334984 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 COMMD7-202ENST00000446419 1343 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 AC083805.3-201ENST00000619560 1315 ntTSL 3 BASIC17.32■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 AATK-AS1-203ENST00000637878 1306 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 NT5C-201ENST00000245552 954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 POMC-201ENST00000264708 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 PARL-201ENST00000311101 1240 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 C10orf91-201ENST00000321248 1257 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 PFN3-201ENST00000358571 530 ntAPPRIS P1 BASIC17.32■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 ID1-201ENST00000376105 1233 ntBASIC17.32■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 RNF135-204ENST00000443677 1261 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 APTR-205ENST00000447009 902 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 LINC00969-218ENST00000452844 583 ntTSL 3 BASIC17.32■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 LINC00969-221ENST00000457233 1279 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 SPI1-204ENST00000533968 1290 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 CLN6-207ENST00000566347 981 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 C17orf97-203ENST00000571106 736 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 LINC00654-202ENST00000589201 579 ntTSL 3 BASIC17.32■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 MAGIX-206ENST00000615626 1057 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 NOP14-202ENST00000398071 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 GOSR2-210ENST00000576910 1891 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 SPON2-203ENST00000431380 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 CHST2-201ENST00000309575 4582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 STRBP-201ENST00000348403 3337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 INAVA-202ENST00000413687 2197 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 FAM206A-201ENST00000322940 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 AKT1-211ENST00000554848 1595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 SNAPC2-201ENST00000221573 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 GPR20-201ENST00000377741 1515 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.31■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 P4HB-203ENST00000439918 1502 ntTSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 HGFAC-204ENST00000511533 2016 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 FP475955.4-201ENST00000623131 1990 ntBASIC17.31■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 CD8B-203ENST00000390655 1417 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 TNFRSF8-202ENST00000413146 2363 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 FDFT1-226ENST00000623368 2368 ntTSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 LRWD1-201ENST00000292616 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 ESPN-202ENST00000416731 1338 ntTSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 SYNDIG1L-201ENST00000331628 2607 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 HCN4-201ENST00000261917 7228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 LGALS7B-201ENST00000314980 483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 PTPMT1-202ENST00000326674 768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 CLTA-202ENST00000345519 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 DUSP23-201ENST00000368107 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 MDK-204ENST00000395569 686 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 LINC01786-202ENST00000453732 389 ntTSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 AC226101.2-201ENST00000458252 747 ntTSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 ZNF529-AS1-202ENST00000475219 1033 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 AP003097.1-201ENST00000530657 1135 ntBASIC17.31■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 C14orf28-204ENST00000557112 1097 ntTSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 EMC9-206ENST00000560403 872 ntTSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 CMTM3-207ENST00000564060 824 ntTSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 CMTM3-211ENST00000565922 615 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 NOXO1-205ENST00000566005 1144 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 KANSL1-AS1-203ENST00000572973 424 ntTSL 3 BASIC17.31■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 ZNF264-205ENST00000599653 705 ntTSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 IL15RA-222ENST00000622442 1160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 FP475955.1-201ENST00000624937 553 ntTSL 4 BASIC17.31■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 KIF1BP-201ENST00000361983 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 LARGE2-208ENST00000531526 2528 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 ST6GALNAC4-201ENST00000335791 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 AC138356.1-201ENST00000330539 2086 ntTSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 AC006333.2-201ENST00000607957 2099 ntBASIC17.31■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 DUSP1-201ENST00000239223 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 SNAP47-202ENST00000366759 2362 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 GGT2-201ENST00000401924 2366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 CROCCP3-202ENST00000420820 1947 ntBASIC17.31■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 CYHR1-202ENST00000403000 1477 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 NBPF21P-201ENST00000425093 1451 ntBASIC17.31■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 PHLDB3-201ENST00000292140 2591 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 LRCH4-201ENST00000310300 2552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 IRX1P1-201ENST00000438849 1838 ntBASIC17.31■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 UBL4A-202ENST00000369660 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 IL4I1-201ENST00000341114 2349 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 MGARP-201ENST00000398955 1339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 CDC14B-203ENST00000375242 2965 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 CD99-203ENST00000381184 918 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 LINC00708-201ENST00000428165 916 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 MCRIP1-201ENST00000455127 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 F2R-202ENST00000505600 442 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 C17orf50-201ENST00000603305 569 ntTSL 3 BASIC17.3■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 C17orf50-203ENST00000605587 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 SLC6A6-208ENST00000621751 1252 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 CIRBP-215ENST00000588030 1509 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 DOC2A-201ENST00000350119 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 AC010173.1-201ENST00000549023 1453 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 ULK3-217ENST00000568667 1470 ntTSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 LAD1-202ENST00000391967 2906 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 SENP6-202ENST00000370010 4644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 HCCS-201ENST00000321143 2277 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 KLHL2-201ENST00000226725 3134 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 OSTM1-201ENST00000193322 4467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 FAM91A1-207ENST00000521166 2706 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 MFSD10-201ENST00000329687 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 MOXD1-203ENST00000392401 2191 ntTSL 4 BASIC17.29■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 CEACAM3-202ENST00000357396 1316 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
HIF3AQ9Y2N7 PCDHB14-202ENST00000624896 2367 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.6 ms