Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

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Length 1,077 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 PRODH-215ENST00000610940 2405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 NR5A1-202ENST00000373588 3104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 ADAMTS19-205ENST00000638972 5089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 MEA1-201ENST00000244711 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 PFN3-201ENST00000358571 530 ntAPPRIS P1 BASIC21.95■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 MAGI2-AS3-202ENST00000422093 762 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 JOSD2-202ENST00000595669 733 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 HLA-A-209ENST00000638375 975 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 NDRG2-227ENST00000554143 1980 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 AATK-AS1-203ENST00000637878 1306 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 EPB41L4B-201ENST00000374557 4006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 EGLN2-201ENST00000303961 2102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 MAEA-208ENST00000505839 1444 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 FAM214B-203ENST00000378561 5771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 LONP1-215ENST00000593119 2918 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 NBPF21P-201ENST00000425093 1451 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 ZNF326-202ENST00000361911 1538 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 CPSF3-201ENST00000238112 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 MSLN-207ENST00000566549 2418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 C16orf58-202ENST00000430477 2471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 GAS2L1-210ENST00000621062 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 SEPT9-246ENST00000592951 1793 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 PDE8A-202ENST00000339708 2663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 AC087457.1-201ENST00000503496 2727 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 PODNL1-203ENST00000538371 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 ENOPH1-201ENST00000273920 2025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 PTGIR-201ENST00000291294 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 CASP16P-202ENST00000575497 2161 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 TMEM79-203ENST00000405535 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 TTLL10-203ENST00000379290 2283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 ANKS3-202ENST00000446014 2265 ntTSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 ABHD14A-201ENST00000273596 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 YBEY-205ENST00000397694 534 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 AC226101.2-201ENST00000458252 747 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 LINC00894-209ENST00000458274 547 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 AC035140.1-201ENST00000507957 493 ntTSL 3 BASIC21.94■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 ZNF264-205ENST00000599653 705 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 RNF146-201ENST00000309649 2624 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC21.94■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 MGARP-201ENST00000398955 1339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 ODF3L2-202ENST00000382696 1393 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 SH3BP1-201ENST00000357436 2852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 MEF2A-202ENST00000354410 5824 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 NPIPA8-201ENST00000525596 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 AC093525.10-201ENST00000625130 1569 ntBASIC21.94■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 SEMA3D-202ENST00000444867 1605 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 CNNM3-202ENST00000377060 3308 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 ACVR1B-203ENST00000426655 1782 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 TIMM13-201ENST00000215570 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 SLC3A2-202ENST00000377889 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 SNAP47-201ENST00000315781 2367 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 SHANK1-203ENST00000391813 4785 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 AC009113.1-201ENST00000570267 2443 ntBASIC21.94■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 STRN4-202ENST00000391910 3628 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 NT5C-201ENST00000245552 954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 PALM3-201ENST00000340790 2262 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 DUSP23-201ENST00000368107 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 LZTS2-202ENST00000370223 2883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 PCDH8-202ENST00000377942 5088 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 ACY1-201ENST00000404366 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 IFRD2-204ENST00000436390 2275 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 LINC00969-218ENST00000452844 583 ntTSL 3 BASIC21.93■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 AP000282.1-201ENST00000454622 682 ntTSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 LINC00969-221ENST00000457233 1279 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 ZNF529-AS1-202ENST00000475219 1033 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 TPD52-211ENST00000519303 1594 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 AC073912.1-201ENST00000546264 587 ntTSL 3 BASIC21.93■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 DEF8-211ENST00000563795 1767 ntTSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 C1QL1P1-201ENST00000568105 661 ntBASIC21.93■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 WBP2-213ENST00000590221 1745 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC21.93■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 TMEM191B-201ENST00000612978 1220 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 GLS-201ENST00000320717 4834 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 DGKI-202ENST00000424189 4163 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 ZBTB10-205ENST00000610895 2833 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 RABL2B-205ENST00000395595 2428 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 DNAJC28-204ENST00000617313 2237 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 SLC6A9-201ENST00000357730 2168 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 AIPL1-209ENST00000575265 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 SEC11C-202ENST00000509791 2054 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 AL512353.2-201ENST00000448759 1962 ntBASIC21.92■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 NR1H2-210ENST00000598168 1915 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 CTNND2-201ENST00000304623 5481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 DUSP15-209ENST00000486996 1651 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 SOBP-201ENST00000317357 5245 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 PTPMT1-202ENST00000326674 768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 LCN6-203ENST00000476567 1015 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 RNA5SP413-201ENST00000516373 109 ntBASIC21.92■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 AP003097.1-201ENST00000530657 1135 ntBASIC21.92■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 PRKY-204ENST00000533551 1019 ntBASIC21.92■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 C14orf28-204ENST00000557112 1097 ntTSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 LINC01578-208ENST00000557147 490 ntTSL 3 BASIC21.92■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 MTDHP1-201ENST00000605323 784 ntBASIC21.92■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 LRRC36-201ENST00000329956 2395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 BAIAP2-204ENST00000428708 2095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 C19orf25-203ENST00000585675 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 NCK2-205ENST00000451463 1795 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 CNIH3-201ENST00000272133 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 SBDS-201ENST00000246868 1631 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 RBPMS-210ENST00000520191 1613 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 SMARCD1-201ENST00000381513 3237 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 GPR20-201ENST00000377741 1515 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.91■■□□□ 1.1
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