Protein–RNA interactions for Protein: Q96PN7

TRERF1, Transcriptional-regulating factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRERF1Q96PN7 HIST2H2AB-201ENST00000331128 393 ntAPPRIS P1 BASIC22.23■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 AC103564.1-201ENST00000437330 562 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 AL109797.1-201ENST00000452501 835 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 PTP4A3-206ENST00000524028 963 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 RAB2A-211ENST00000531289 1058 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 RBM42-202ENST00000586618 771 ntTSL 3 BASIC22.23■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 AC099778.1-201ENST00000568593 1911 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 TAF7-201ENST00000313368 2334 ntAPPRIS P1 BASIC22.23■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 UBE2F-201ENST00000272930 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 POMGNT1-201ENST00000371984 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 FAM213B-201ENST00000378424 2765 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 ZNF280B-203ENST00000626650 5721 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 HERPUD2-201ENST00000311350 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 CERS5-203ENST00000422340 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 CHRNB1-201ENST00000306071 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 SLC16A5-201ENST00000329783 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 MSANTD1-203ENST00000507492 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 CHCHD6-201ENST00000290913 1006 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 LRRC23-202ENST00000323702 1208 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 TMEM53-201ENST00000372235 890 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 POLR2D-202ENST00000409698 806 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 AL035541.1-201ENST00000424850 823 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 LIN28AP1-201ENST00000429574 405 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 CALM3-208ENST00000596362 1203 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 FAM87A-204ENST00000613235 858 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 AL590326.2-201ENST00000625139 305 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 TMEM235-201ENST00000374946 2409 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 ADGRD2-201ENST00000334810 3244 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 HSD3B7-202ENST00000297679 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 CCM2-202ENST00000381112 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 RNF32-208ENST00000432459 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 TMEM175-220ENST00000515740 1514 ntTSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 SEMA6B-202ENST00000586965 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 AOC3-204ENST00000591562 2522 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 PIGQ-206ENST00000422307 2052 ntTSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 ZNRF1-202ENST00000335325 4620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 HDHD5-201ENST00000155674 1735 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 ISM2-207ENST00000493585 1739 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 AKAP17A-201ENST00000313871 3204 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 INSIG1-202ENST00000342407 1127 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 ATP5G1P1-201ENST00000448724 379 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 AC104076.2-201ENST00000448912 469 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 GLRB-205ENST00000512619 728 ntTSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 NDUFS3-213ENST00000534716 1263 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 AL359399.1-201ENST00000557610 462 ntTSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 AC020911.2-202ENST00000588945 593 ntTSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 FXYD3-214ENST00000605677 633 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 BPTF-201ENST00000306378 9688 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 SRCIN1-213ENST00000617146 7058 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 ARFIP2-204ENST00000445086 1300 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 RNF170-205ENST00000526349 1338 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 TUBGCP3-204ENST00000464139 2461 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 BIRC2-206ENST00000530675 1927 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 CHRM4-201ENST00000433765 1511 ntAPPRIS P1 BASIC22.21■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 SLC25A29-215ENST00000556505 1540 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 FBXO31-201ENST00000311635 5934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 RBM14-RBM4-201ENST00000412278 1566 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 UBXN11-201ENST00000314675 2254 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 P2RY6-210ENST00000542092 1674 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.15
TRERF1Q96PN7 PRELID3A-201ENST00000336990 1715 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
TRERF1Q96PN7 PRELID3A-202ENST00000440960 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
TRERF1Q96PN7 P4HB-201ENST00000331483 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
TRERF1Q96PN7 METRNL-203ENST00000571814 1900 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
TRERF1Q96PN7 FUT5-202ENST00000588525 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
TRERF1Q96PN7 MOB3C-202ENST00000319928 2822 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
TRERF1Q96PN7 SLC44A3-203ENST00000446120 2094 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
TRERF1Q96PN7 EXOC3L2-201ENST00000252482 1230 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
TRERF1Q96PN7 KRT17P2-202ENST00000326333 1174 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
TRERF1Q96PN7 AC008771.1-201ENST00000508000 1151 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
TRERF1Q96PN7 TMEM64-204ENST00000519519 873 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
TRERF1Q96PN7 LY6E-214ENST00000522971 857 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
TRERF1Q96PN7 AC008763.3-201ENST00000597959 777 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.2■■□□□ 1.14
TRERF1Q96PN7 SCPEP1-216ENST00000631024 444 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
TRERF1Q96PN7 PKMYT1-201ENST00000262300 2171 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
TRERF1Q96PN7 SMN1-209ENST00000514951 1308 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
TRERF1Q96PN7 PDZD3-201ENST00000322712 2204 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
TRERF1Q96PN7 SPG7-202ENST00000341316 2288 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
TRERF1Q96PN7 SERPINH1-212ENST00000530284 1358 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
TRERF1Q96PN7 WRNIP1-202ENST00000380769 3239 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
TRERF1Q96PN7 NKX2-1-202ENST00000498187 2338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
TRERF1Q96PN7 HOXB9-201ENST00000311177 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
TRERF1Q96PN7 SLC25A43-201ENST00000217909 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
TRERF1Q96PN7 PML-204ENST00000359928 1726 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
TRERF1Q96PN7 ARHGAP9-202ENST00000393797 2912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
TRERF1Q96PN7 ASPG-201ENST00000546892 1791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
TRERF1Q96PN7 SEPHS1-206ENST00000545675 2988 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
TRERF1Q96PN7 PTPN11-202ENST00000392597 1876 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
TRERF1Q96PN7 ADAD1-202ENST00000388724 1912 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
TRERF1Q96PN7 PFKFB3-217ENST00000626882 1965 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
TRERF1Q96PN7 AL158151.1-201ENST00000372490 2047 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
TRERF1Q96PN7 CCDC47-202ENST00000403162 2195 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
TRERF1Q96PN7 GALNT13-201ENST00000392825 5536 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
TRERF1Q96PN7 ZXDB-201ENST00000374888 5894 ntAPPRIS P1 BASIC22.19■■□□□ 1.14
TRERF1Q96PN7 MB21D2-201ENST00000392452 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
TRERF1Q96PN7 ZDHHC23-201ENST00000330212 3778 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
TRERF1Q96PN7 TPPP3-201ENST00000290942 1116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
TRERF1Q96PN7 TMEM234-201ENST00000309777 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
TRERF1Q96PN7 ARMC10P1-201ENST00000313754 855 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
TRERF1Q96PN7 TPPP3-202ENST00000393957 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
TRERF1Q96PN7 SLC25A48-202ENST00000412661 1148 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.7 ms