Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 ASB7-203ENST00000558747 2133 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 SOCS2-212ENST00000622746 2881 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.23■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 KIAA1147-202ENST00000536163 7296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 IFFO1-202ENST00000356896 2680 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 ASB6-203ENST00000450050 4535 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 SLC8A3-203ENST00000357887 5259 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 SLC8A3-204ENST00000381269 5268 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 STK11-201ENST00000326873 2611 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 ZNF419-207ENST00000442920 1857 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 RBCK1-203ENST00000382181 2208 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 TES-201ENST00000358204 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 BX322557.1-202ENST00000400362 1460 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 PGPEP1L-202ENST00000535714 1483 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 TMEM70-201ENST00000312184 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 ATP6V1D-201ENST00000216442 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 UBE2D3-201ENST00000321805 1087 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 MRPL37-201ENST00000336230 1179 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 GDNF-203ENST00000381826 778 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 SAPCD2P1-201ENST00000395413 1184 ntBASIC15.23■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 GDNF-204ENST00000427982 856 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 MIF4GD-211ENST00000580571 952 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 DM1-AS-203ENST00000590076 730 ntTSL 4 BASIC15.23■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 GSX2-205ENST00000611459 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 FOXP1-214ENST00000493089 2703 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 PTEN-201ENST00000371953 9027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 BSG-201ENST00000333511 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 INTS12-206ENST00000451321 1975 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 ZNF131-206ENST00000505606 3209 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 SAMD11-212ENST00000617307 2314 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 SLC31A2-201ENST00000259392 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 KRT78-201ENST00000304620 1778 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 GPATCH3-201ENST00000361720 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 MAFF-201ENST00000338483 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 FER1L4-210ENST00000615531 5998 ntBASIC15.23■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 PACRGL-208ENST00000503585 1582 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 PML-204ENST00000359928 1726 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 ESR1-210ENST00000456483 1368 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 ACSL4-201ENST00000340800 5333 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 LANCL3-201ENST00000378619 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 AC069431.1-201ENST00000488882 1877 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 APTR-204ENST00000440088 2029 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 PCBP3-205ENST00000400310 2168 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 NDRG2-215ENST00000553503 2162 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 RABEP2-202ENST00000358201 2821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 EEF1DP3-201ENST00000428783 1309 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 CENPS-CORT-204ENST00000602296 1326 ntTSL 3 BASIC15.22■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 KIF16B-201ENST00000354981 5261 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 TUBA3FP-202ENST00000422086 1974 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 KCNH2-203ENST00000430723 2648 ntTSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 ZNF281-201ENST00000294740 4891 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 PLSCR3-213ENST00000576362 1605 ntTSL 3 BASIC15.22■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 GSEC-201ENST00000626810 2289 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 FBXL22-202ENST00000534939 2443 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.22■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 KDF1-201ENST00000320567 1793 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 LSM4-203ENST00000593829 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 GTF2IRD2B-210ENST00000629105 1910 ntTSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 EMC7-201ENST00000256545 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 CBR1-201ENST00000290349 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 PRR25-201ENST00000301698 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 P2RX2-202ENST00000348800 1222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 P2RX2-204ENST00000351222 1140 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 PYY-201ENST00000360085 1053 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 AC097381.1-201ENST00000429019 1296 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 ALG5-202ENST00000443765 1119 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 P2RX2-207ENST00000449132 1113 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 ABHD14A-204ENST00000491470 674 ntTSL 3 BASIC15.22■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 SNAP23-214ENST00000567094 834 ntTSL 3 BASIC15.22■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 FAM222B-213ENST00000583522 556 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 MYCNOS-205ENST00000641950 531 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 GOLGA6L2-204ENST00000567107 3030 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 ATP2C1-218ENST00000510168 5067 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 SEPT1-201ENST00000321367 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 GTF2H4-201ENST00000259895 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 AL354751.1-201ENST00000412768 1863 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 ZNF394-201ENST00000337673 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 P3H4-202ENST00000393928 2601 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 PLEKHG4-205ENST00000450733 4480 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 LAD1-202ENST00000391967 2906 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 BRD2-201ENST00000374825 4894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 TUSC2-201ENST00000232496 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 ZNF768-202ENST00000562803 1999 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.22■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 PRMT2-206ENST00000397638 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 ANKRD13D-216ENST00000514166 2138 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 SLCO6A1-201ENST00000379807 2437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 GABBR1-205ENST00000377034 4527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 TXNRD3-203ENST00000524230 2950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 ZNF200-202ENST00000396870 2373 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 RUVBL2-211ENST00000601968 1641 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 ACY1-207ENST00000476854 1319 ntTSL 3 BASIC15.21■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 PTCH1-201ENST00000331920 8057 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 PTGER3-201ENST00000306666 2333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 KRT6A-201ENST00000330722 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 EMILIN3-201ENST00000332312 3796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 ENOPH1-201ENST00000273920 2025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 LRRC42-203ENST00000371370 2037 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 MCU-201ENST00000357157 2874 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 RNH1-203ENST00000397604 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 NDUFA10-203ENST00000404554 1557 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 RABL2B-205ENST00000395595 2428 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 PARP1-202ENST00000366792 553 ntTSL 3 BASIC15.21■□□□□ 0.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.7 ms