Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 UBTF-203ENST00000393606 2683 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 FBXO24-201ENST00000241071 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 SCARB1-201ENST00000261693 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 VAV1-210ENST00000602142 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 MON1A-202ENST00000417270 2527 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 KIF22-203ENST00000561482 2505 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 SLC34A3-202ENST00000538474 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 ANKRD9-201ENST00000286918 6727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 PTGES2-AS1-201ENST00000443493 2100 ntBASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 ZNRF1-202ENST00000335325 4620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 MORF4L1-201ENST00000331268 2359 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 PGM1-205ENST00000540265 2345 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 GALNT10-201ENST00000297107 5961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 TMEM230-206ENST00000379283 1660 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 RBP4-202ENST00000371467 1314 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 STX18-201ENST00000306200 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 PLK5-201ENST00000334770 2106 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 AL596275.1-201ENST00000423464 877 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 TSPY7P-201ENST00000431358 1114 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 BABAM1-202ENST00000447614 930 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 TSPY1-202ENST00000451548 1160 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 PENK-204ENST00000518770 863 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 ALKAL1-202ENST00000523939 536 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 TGIF1-219ENST00000551541 990 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 SAMD5-201ENST00000367474 6089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 GFER-201ENST00000248114 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 EIF2B1-201ENST00000424014 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 AL135905.2-201ENST00000584934 1404 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 TRMT2A-201ENST00000252136 2964 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 AC126773.2-201ENST00000562172 1682 ntTSL 3 BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 CTBP2-202ENST00000334808 2130 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 AP000974.1-201ENST00000623909 2387 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 PHLDB3-201ENST00000292140 2591 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 CAPZB-202ENST00000264203 2068 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 GLRB-207ENST00000541722 2765 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 SMIM4-203ENST00000477703 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 NDUFB10-201ENST00000268668 705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 AL390728.5-201ENST00000428687 706 ntTSL 3 BASIC23.15■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 KSR1P1-201ENST00000446298 240 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 AF131216.3-201ENST00000525867 1099 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 IMPA2-208ENST00000589238 923 ntTSL 3 BASIC23.15■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 AC011445.1-201ENST00000601911 877 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 CHMP6-201ENST00000325167 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 ACTR3B-203ENST00000397282 1692 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 SPHK1-207ENST00000590959 1851 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 LGALS12-203ENST00000394618 1618 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 UBE2Z-201ENST00000360943 3122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 TMEM235-202ENST00000421688 2490 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 ARMC6-220ENST00000546344 1814 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 LGALS9C-209ENST00000581545 1378 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 C21orf91-203ENST00000400559 1593 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 PTPRE-201ENST00000254667 5331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 CASP9-210ENST00000546424 4463 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 UMOD-203ENST00000396138 2399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 P4HB-203ENST00000439918 1502 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 LCE2B-201ENST00000368780 612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 TCEAL6-202ENST00000372774 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 CALML5-201ENST00000380332 859 ntAPPRIS P1 BASIC23.14■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 PPP1R14BP5-201ENST00000440334 435 ntBASIC23.14■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 ASH1L-AS1-202ENST00000456633 911 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 SNORA78-201ENST00000459373 127 ntBASIC23.14■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 Z85996.1-201ENST00000494644 937 ntBASIC23.14■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 CBLN3-202ENST00000555436 718 ntTSL 3 BASIC23.14■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 ARMC6-202ENST00000392335 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 PFKFB3-204ENST00000379785 2181 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 MARK2-208ENST00000508192 2924 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 FSTL1-201ENST00000295633 5943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 ZNF398-202ENST00000475153 2860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 SEPT6-202ENST00000354228 1576 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 ALDOA-212ENST00000564546 2104 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 ZNF280B-203ENST00000626650 5721 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 PCDHGB3-202ENST00000618934 2445 ntAPPRIS P1 BASIC23.13■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 ITPKB-202ENST00000366784 3146 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 SRI-203ENST00000419179 1307 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 HIKESHI-207ENST00000533986 1694 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 ZNF346-201ENST00000358149 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 PEX16-210ENST00000532681 1639 ntTSL 3 BASIC23.13■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 C7orf50-201ENST00000357429 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 DNPH1-202ENST00000393987 796 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 PRKACA-209ENST00000590853 1101 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 SYNM-202ENST00000336292 7394 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 KRT16P1-201ENST00000399124 1418 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 SYTL1-201ENST00000318074 1900 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 IRF7-203ENST00000397566 2051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 BRAF-201ENST00000288602 2480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 SPON2-203ENST00000431380 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 MAP3K11-210ENST00000532507 1812 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 ITGB7-209ENST00000550743 2138 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 SLC39A4-201ENST00000276833 2297 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 AC138696.1-201ENST00000522452 2897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 AC012414.5-201ENST00000564214 1602 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 EVL-202ENST00000402714 2353 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 B3GALNT2-201ENST00000313984 1874 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 PRELID3A-201ENST00000336990 1715 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 ASMTL-202ENST00000381333 2035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 RHOG-202ENST00000396978 1066 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 AL357874.1-201ENST00000428948 574 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 PRELID3A-202ENST00000440960 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 CDIPT-204ENST00000563415 1047 ntTSL 3 BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 AC006504.5-207ENST00000586220 487 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.9 ms