Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 PWWP2AP1-201ENST00000429776 2273 ntBASIC28.96■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 LINC01547-202ENST00000397841 2303 ntTSL 2 BASIC28.95■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 MTMR9LP-204ENST00000441044 2624 ntTSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 JADE2-204ENST00000402835 2797 ntTSL 5 BASIC28.95■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 FARSA-207ENST00000588025 2057 ntTSL 5 BASIC28.95■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 FAM129C-208ENST00000599164 2073 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.95■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 LPAR2-202ENST00000542587 2546 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.95■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 ABCC5-204ENST00000392579 1848 ntTSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 UBE2F-205ENST00000414443 2100 ntTSL 2 BASIC28.95■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 AC006001.3-204ENST00000638711 2103 ntTSL 5 BASIC28.95■■■□□ 2.23
TCOF1Q13428 AL035252.2-201ENST00000454676 3168 ntTSL 2 BASIC28.95■■■□□ 2.22
TCOF1Q13428 UNKL-202ENST00000301712 1431 ntTSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.22
TCOF1Q13428 BUB3-202ENST00000368859 667 ntTSL 3 BASIC28.95■■■□□ 2.22
TCOF1Q13428 NEURL2-201ENST00000372518 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.22
TCOF1Q13428 UBE2E1-AS1-201ENST00000426702 778 ntTSL 3 BASIC28.95■■■□□ 2.22
TCOF1Q13428 TSPY5P-201ENST00000426936 936 ntBASIC28.95■■■□□ 2.22
TCOF1Q13428 TMEM243-203ENST00000433078 1273 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.95■■■□□ 2.22
TCOF1Q13428 CR769775.1-204ENST00000439760 747 ntTSL 5 BASIC28.95■■■□□ 2.22
TCOF1Q13428 AC051649.1-201ENST00000509204 330 ntTSL 3 BASIC28.95■■■□□ 2.22
TCOF1Q13428 KCNC2-204ENST00000540018 2168 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.95■■■□□ 2.22
TCOF1Q13428 AC079385.1-202ENST00000549203 569 ntTSL 4 BASIC28.95■■■□□ 2.22
TCOF1Q13428 CMTM3-210ENST00000565666 769 ntTSL 3 BASIC28.95■■■□□ 2.22
TCOF1Q13428 CLEC4GP1-201ENST00000596555 870 ntBASIC28.95■■■□□ 2.22
TCOF1Q13428 AC083849.1-201ENST00000615227 514 ntBASIC28.95■■■□□ 2.22
TCOF1Q13428 GPR42-201ENST00000454971 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.22
TCOF1Q13428 TMEM44-203ENST00000381975 2197 ntTSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
TCOF1Q13428 TAX1BP3-201ENST00000225525 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
TCOF1Q13428 MRFAP1-201ENST00000320912 2049 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.94■■■□□ 2.22
TCOF1Q13428 SLC16A10-202ENST00000368851 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
TCOF1Q13428 RDH13-203ENST00000415061 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
TCOF1Q13428 MALT1-201ENST00000345724 2866 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
TCOF1Q13428 BTNL9-210ENST00000515271 1444 ntTSL 2 BASIC28.94■■■□□ 2.22
TCOF1Q13428 BOLA2B-201ENST00000305321 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
TCOF1Q13428 ISCU-201ENST00000311893 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
TCOF1Q13428 BOLA2-201ENST00000330978 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
TCOF1Q13428 ELK1-202ENST00000343894 736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
TCOF1Q13428 PLCB1-204ENST00000404098 1260 ntTSL 3 BASIC28.94■■■□□ 2.22
TCOF1Q13428 NAT6-202ENST00000417393 1163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
TCOF1Q13428 ZNF436-AS1-206ENST00000518821 461 ntTSL 2 BASIC28.94■■■□□ 2.22
TCOF1Q13428 LY6E-210ENST00000521182 1079 ntTSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
TCOF1Q13428 ETFA-216ENST00000560726 942 ntTSL 3 BASIC28.94■■■□□ 2.22
TCOF1Q13428 BVES-AS1-203ENST00000580511 853 ntTSL 5 BASIC28.94■■■□□ 2.22
TCOF1Q13428 PSMD8-202ENST00000585598 541 ntTSL 5 BASIC28.94■■■□□ 2.22
TCOF1Q13428 BIRC5-207ENST00000590449 568 ntTSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
TCOF1Q13428 JOSD2-204ENST00000598418 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
TCOF1Q13428 LRPPRC-202ENST00000409659 1610 ntTSL 5 BASIC28.94■■■□□ 2.22
TCOF1Q13428 JPT1-203ENST00000409753 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
TCOF1Q13428 S1PR5-201ENST00000333430 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
TCOF1Q13428 IRF7-202ENST00000348655 1801 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
TCOF1Q13428 CXCL16-201ENST00000293778 2222 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
TCOF1Q13428 COLCA2-201ENST00000398035 1414 ntTSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
TCOF1Q13428 NDOR1-204ENST00000458322 1829 ntTSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
TCOF1Q13428 CYB561D2-201ENST00000232508 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
TCOF1Q13428 PP7080-204ENST00000510714 601 ntTSL 3 BASIC28.93■■■□□ 2.22
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TCOF1Q13428 SPNS1-203ENST00000334536 2027 ntTSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
TCOF1Q13428 GPAT2P1-201ENST00000444924 1672 ntBASIC28.92■■■□□ 2.22
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TCOF1Q13428 PYDC1-201ENST00000302964 813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
TCOF1Q13428 HDAC11-204ENST00000404040 967 ntTSL 3 BASIC28.92■■■□□ 2.22
TCOF1Q13428 PCED1CP-201ENST00000419887 785 ntBASIC28.92■■■□□ 2.22
TCOF1Q13428 GRP-204ENST00000529320 824 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
TCOF1Q13428 ART1-201ENST00000250693 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
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TCOF1Q13428 PRMT5-201ENST00000216350 2271 ntTSL 2 BASIC28.92■■■□□ 2.22
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TCOF1Q13428 HDAC1-201ENST00000373548 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
TCOF1Q13428 HSD11B1L-205ENST00000422535 730 ntTSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
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TCOF1Q13428 CD81-212ENST00000526072 1172 ntTSL 5 BASIC28.91■■■□□ 2.22
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TCOF1Q13428 C10orf142-201ENST00000619243 1110 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.91■■■□□ 2.22
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TCOF1Q13428 ARHGAP8-202ENST00000356099 1584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
TCOF1Q13428 TCP11-204ENST00000373979 1882 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.91■■■□□ 2.22
TCOF1Q13428 ESR2-204ENST00000353772 2454 ntTSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
TCOF1Q13428 AC107959.1-202ENST00000502083 1945 ntTSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
TCOF1Q13428 GDF5OS-201ENST00000374375 1734 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.91■■■□□ 2.22
TCOF1Q13428 TMPO-204ENST00000393053 2374 ntTSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
TCOF1Q13428 DBNL-217ENST00000468694 2068 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.91■■■□□ 2.22
TCOF1Q13428 KRT13-208ENST00000587544 1456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
TCOF1Q13428 ATP5L-201ENST00000300688 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
TCOF1Q13428 U2AF2-202ENST00000450554 3022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
TCOF1Q13428 TFEB-211ENST00000420312 1996 ntTSL 5 BASIC28.91■■■□□ 2.22
TCOF1Q13428 SPDYE15P-201ENST00000424157 909 ntBASIC28.91■■■□□ 2.22
TCOF1Q13428 AL359075.1-203ENST00000462729 1002 ntBASIC28.91■■■□□ 2.22
TCOF1Q13428 ELAVL1-202ENST00000593807 856 ntTSL 3 BASIC28.91■■■□□ 2.22
TCOF1Q13428 TTC12-202ENST00000393020 2541 ntTSL 5 BASIC28.9■■■□□ 2.22
TCOF1Q13428 TH-203ENST00000352909 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
TCOF1Q13428 PELI3-201ENST00000320740 2740 ntTSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
TCOF1Q13428 SLC1A5-203ENST00000542575 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
TCOF1Q13428 RUBCN-206ENST00000449205 1603 ntTSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
TCOF1Q13428 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
TCOF1Q13428 RRS1-201ENST00000320270 1706 ntAPPRIS P1 BASIC28.9■■■□□ 2.22
TCOF1Q13428 TOM1L1-202ENST00000445275 2228 ntTSL 2 BASIC28.9■■■□□ 2.22
TCOF1Q13428 AGTRAP-201ENST00000314340 1107 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
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