Protein–RNA interactions for Protein: P35499

SCN4A, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,836 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN4AP35499 GPR139-202ENST00000570682 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 DMRT2-203ENST00000358146 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 PAQR6-212ENST00000540423 1729 ntTSL 3 BASIC22.75■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 PQLC2-202ENST00000375155 1805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 GPR42-201ENST00000454971 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 JPT1-206ENST00000476258 2289 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 CARHSP1-201ENST00000311052 746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 TPM1-203ENST00000317516 738 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 IGF2-202ENST00000381392 1005 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 LBX1-AS1-204ENST00000456391 421 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 GOLGA7-203ENST00000518270 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 TPM1-218ENST00000559281 851 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 SPSB3-201ENST00000301717 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 FAM212B-203ENST00000444059 1423 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 CSNK2A2-201ENST00000262506 1701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 EPS8L1-202ENST00000245618 2198 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 CD7-206ENST00000583376 1659 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 LSR-203ENST00000360798 1963 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 CPEB1-218ENST00000620182 2422 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 CD164L2-202ENST00000374027 1457 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 CHAC1-205ENST00000617961 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 ST7-201ENST00000265437 2899 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 MOSPD3-201ENST00000223054 1053 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 PARK7-201ENST00000338639 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 ISG15-201ENST00000379389 711 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 TSPY8-203ENST00000383005 435 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 CT47A4-201ENST00000415858 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 CT47A9-201ENST00000417256 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 CT47A6-201ENST00000419194 1298 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 CT47A10-201ENST00000430448 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 CT47A5-201ENST00000439466 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 CT47A3-201ENST00000441330 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 CT47A8-201ENST00000457977 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 CT47A2-201ENST00000458218 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 AF238378.1-201ENST00000526806 358 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 MIR3180-5-201ENST00000583743 153 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 AC036176.1-201ENST00000589905 785 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 Z69720.1-201ENST00000601483 472 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 AC243773.2-203ENST00000612281 640 ntTSL 3 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 LITAF-220ENST00000620789 692 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 ZNF707-222ENST00000532158 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 NSDHL-201ENST00000370274 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 FKBP8-206ENST00000596558 1756 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 ID2-202ENST00000331129 623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 CDKN1C-201ENST00000380725 1220 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 COX10-202ENST00000429152 875 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 DYNC1LI2-202ENST00000440564 1145 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 AC034213.1-201ENST00000507681 806 ntTSL 3 BASIC22.73■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 Metazoa_SRP.104-201ENST00000622099 280 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 FBXL18-203ENST00000453700 1932 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 KAT5-201ENST00000341318 2296 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 SOAT2-201ENST00000301466 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 NKX2-4-201ENST00000351817 2238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 RFC2-213ENST00000621097 1635 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 SIT1-201ENST00000259608 1231 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 AC021188.1-201ENST00000421534 740 ntTSL 3 BASIC22.73■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 BABAM1-206ENST00000595632 966 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 MAP3K7CL-206ENST00000399928 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 LMNB1-202ENST00000395354 1572 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 DAPK3-201ENST00000301264 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 SDR39U1-206ENST00000553930 1325 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 OGG1-204ENST00000339511 1815 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 PDS5A-202ENST00000503396 2685 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 RAP1B-204ENST00000393436 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 GLIPR1L1-202ENST00000378695 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 GRAMD4P1-201ENST00000435181 1110 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 DYNLL1-204ENST00000548214 616 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 ZNF688-207ENST00000567855 540 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 TEN1-204ENST00000588202 862 ntTSL 3 BASIC22.72■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 PTPN11-207ENST00000639857 801 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 ACBD4-203ENST00000398322 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 AC011511.1-201ENST00000452032 1956 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 CBWD3-201ENST00000360171 2165 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 SOX10-201ENST00000360880 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 SOX10-202ENST00000396884 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 IKBKG-206ENST00000594239 2299 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 AC008060.1-201ENST00000401499 1551 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 KCNK4-205ENST00000538767 1389 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 DFFB-203ENST00000341385 572 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 AP002770.1-201ENST00000540547 428 ntTSL 4 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 SEC23A-206ENST00000553970 574 ntTSL 4 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 BORCS8-206ENST00000585679 801 ntTSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 AC107896.1-201ENST00000593212 548 ntTSL 4 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 AC064862.7-201ENST00000604520 867 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 NDUFA6-204ENST00000617763 1183 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 BDKRB1-202ENST00000553356 1526 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 DGAT2-201ENST00000228027 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 TRIM36-202ENST00000379617 1322 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 SMG8-203ENST00000578922 2178 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 RPRD1A-201ENST00000357384 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 MFSD10-202ENST00000355443 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 NAA60-235ENST00000576916 1567 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 VIPR2-202ENST00000377633 1491 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 ZNF414-201ENST00000255616 1178 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 GPRC5C-201ENST00000342648 1273 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 FGF8-203ENST00000346714 694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 VKORC1-205ENST00000394975 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 POLR2M-203ENST00000464277 910 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 ABR-217ENST00000572441 563 ntTSL 4 BASIC22.71■■□□□ 1.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49.3 ms