Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 RTBDN-203ENST00000458671 1066 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIG1P18858 CAMLG-202ENST00000514518 895 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIG1P18858 ADORA1-202ENST00000337894 2919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIG1P18858 TMEM91-203ENST00000392002 1389 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIG1P18858 GALNT10-201ENST00000297107 5961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIG1P18858 TSPAN15-201ENST00000373290 1698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIG1P18858 TBC1D9-201ENST00000442267 5306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIG1P18858 SLC38A10-201ENST00000288439 2708 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIG1P18858 NOP14-204ENST00000502735 2723 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIG1P18858 PRR14-202ENST00000300835 2198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIG1P18858 DGKI-202ENST00000424189 4163 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIG1P18858 ICA1-206ENST00000402384 2458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIG1P18858 STRN3-202ENST00000357479 2799 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIG1P18858 ERLIN2-202ENST00000335171 1742 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIG1P18858 DCAF4-201ENST00000353777 1940 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIG1P18858 OTOP2-201ENST00000331427 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIG1P18858 FST-201ENST00000256759 2519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIG1P18858 RNF139-201ENST00000303545 2637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIG1P18858 RELA-202ENST00000406246 2700 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIG1P18858 HOXC6-202ENST00000394331 2943 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIG1P18858 ZSWIM8-220ENST00000604524 5465 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIG1P18858 PRORSD1P-201ENST00000295112 541 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
LIG1P18858 CHCHD10-201ENST00000401675 691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIG1P18858 CCDC107-206ENST00000426546 1242 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIG1P18858 LINC01881-205ENST00000456398 1235 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIG1P18858 AC022509.3-202ENST00000545819 566 ntTSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIG1P18858 SEC23A-AS1-201ENST00000557350 500 ntTSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIG1P18858 AC009093.4-201ENST00000567984 561 ntTSL 4 BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIG1P18858 AC233263.1-201ENST00000578059 224 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
LIG1P18858 PRORSD1P-203ENST00000579162 626 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIG1P18858 PTGIR-202ENST00000594275 699 ntTSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIG1P18858 PTGIR-206ENST00000598865 724 ntTSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIG1P18858 RNASET2-214ENST00000620173 1391 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIG1P18858 DCBLD2-201ENST00000326840 6122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIG1P18858 CPT2-207ENST00000636867 2643 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIG1P18858 EML3-217ENST00000531557 2509 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIG1P18858 SDHAP1-207ENST00000440850 2000 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
LIG1P18858 ZNF302-215ENST00000627982 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIG1P18858 CARHSP1-219ENST00000618335 2972 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIG1P18858 CCDC27-201ENST00000294600 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIG1P18858 PODXL2-201ENST00000342480 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIG1P18858 SIX5-203ENST00000560168 1975 ntTSL 4 BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIG1P18858 MAF1-201ENST00000322428 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIG1P18858 AP2M1-203ENST00000411763 1577 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIG1P18858 FDFT1-209ENST00000525900 1596 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIG1P18858 TGFBR1-201ENST00000374990 5720 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIG1P18858 NDUFB1-201ENST00000329559 528 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIG1P18858 CPEB2-207ENST00000507071 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIG1P18858 TMEM191C-212ENST00000536718 480 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIG1P18858 IRX5-204ENST00000560154 879 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIG1P18858 AC009065.4-203ENST00000562838 535 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIG1P18858 AC105020.4-201ENST00000569467 563 ntTSL 4 BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIG1P18858 IRX5-205ENST00000620085 881 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIG1P18858 CACTIN-201ENST00000221899 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIG1P18858 CHRNA10-201ENST00000250699 1945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIG1P18858 SNN-201ENST00000329565 3312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIG1P18858 AC008764.1-201ENST00000409035 2567 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIG1P18858 PDLIM4-201ENST00000253754 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIG1P18858 BAIAP2-204ENST00000428708 2095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIG1P18858 TPPP3-204ENST00000562206 1410 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIG1P18858 PKN1-201ENST00000242783 3069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIG1P18858 PSPC1-201ENST00000338910 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIG1P18858 TFDP2-202ENST00000467072 1853 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIG1P18858 HDAC4-215ENST00000543185 8990 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIG1P18858 SLC31A2-201ENST00000259392 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIG1P18858 CD177-203ENST00000618265 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIG1P18858 ZNF385C-201ENST00000436535 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIG1P18858 PTTG1IP-204ENST00000445724 2497 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIG1P18858 TMEM53-205ENST00000372244 1472 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIG1P18858 CAMKMT-201ENST00000378494 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIG1P18858 C3orf70-201ENST00000335012 5901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIG1P18858 GDPD1-201ENST00000284116 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIG1P18858 AC124283.5-201ENST00000624661 1809 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
LIG1P18858 RREB1-203ENST00000379933 5826 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIG1P18858 CXorf49-202ENST00000535490 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIG1P18858 CXorf49B-202ENST00000542739 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIG1P18858 TMEM109-201ENST00000227525 2413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIG1P18858 RETREG2-203ENST00000430297 4618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIG1P18858 C15orf48-201ENST00000344300 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIG1P18858 C6orf48-205ENST00000375640 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIG1P18858 PYCR3-202ENST00000377579 985 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIG1P18858 KRT17P3-201ENST00000420566 1262 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
LIG1P18858 TMEM240-202ENST00000425828 717 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIG1P18858 AC073316.3-201ENST00000437354 982 ntTSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIG1P18858 THEM4-205ENST00000489410 643 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIG1P18858 RPS23-206ENST00000510210 1058 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIG1P18858 THAP6-213ENST00000514480 1161 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIG1P18858 DDN-AS1-201ENST00000547395 858 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIG1P18858 MIR381HG-201ENST00000553692 425 ntTSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIG1P18858 AC127496.6-201ENST00000576215 338 ntTSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIG1P18858 C19orf25-213ENST00000592872 1287 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIG1P18858 AC012414.5-201ENST00000564214 1602 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIG1P18858 ANKS3-201ENST00000304283 2662 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIG1P18858 TMEM79-203ENST00000405535 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIG1P18858 HAPLN4-201ENST00000291481 3449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIG1P18858 PIP4K2A-202ENST00000376573 3802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIG1P18858 AC011944.1-201ENST00000316148 1900 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIG1P18858 C16orf59-210ENST00000569496 1911 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIG1P18858 CENPH-206ENST00000515001 1305 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIG1P18858 PNPLA2-201ENST00000336615 2428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.4 ms