Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 TK2-213ENST00000563369 882 ntTSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
CHMP3Q9Y3E7 P4HB-223ENST00000576390 439 ntTSL 4 BASIC24.02■■□□□ 1.44
CHMP3Q9Y3E7 ZNF667-AS1-208ENST00000594783 475 ntTSL 3 BASIC24.02■■□□□ 1.44
CHMP3Q9Y3E7 FFAR4-203ENST00000604414 1142 ntTSL 3 BASIC24.02■■□□□ 1.44
CHMP3Q9Y3E7 PPP1CC-201ENST00000335007 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
CHMP3Q9Y3E7 HMOX1-201ENST00000216117 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
CHMP3Q9Y3E7 AC004982.2-201ENST00000609497 1578 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
CHMP3Q9Y3E7 ST3GAL3-205ENST00000347631 1324 ntTSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
CHMP3Q9Y3E7 INTS11-208ENST00000435064 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
CHMP3Q9Y3E7 SUMF2-201ENST00000275607 1894 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
CHMP3Q9Y3E7 AC016065.1-201ENST00000500118 2413 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
CHMP3Q9Y3E7 LSR-214ENST00000621372 2274 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
CHMP3Q9Y3E7 TSC22D4-202ENST00000393991 1469 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
CHMP3Q9Y3E7 ZBTB7B-201ENST00000292176 2129 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
CHMP3Q9Y3E7 PSMD8-210ENST00000620216 1538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
CHMP3Q9Y3E7 ME2-218ENST00000640965 2476 ntTSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
CHMP3Q9Y3E7 TMEM44-203ENST00000381975 2197 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
CHMP3Q9Y3E7 ARHGAP23-222ENST00000622683 5964 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
CHMP3Q9Y3E7 CXCL16-201ENST00000293778 2222 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
CHMP3Q9Y3E7 BEX3-204ENST00000372645 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
CHMP3Q9Y3E7 AL137013.1-201ENST00000432946 1228 ntBASIC24.01■■□□□ 1.43
CHMP3Q9Y3E7 KLHL21-206ENST00000610898 1945 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
CHMP3Q9Y3E7 ARID1B-220ENST00000636930 8246 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
CHMP3Q9Y3E7 DMPK-203ENST00000354227 1982 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
CHMP3Q9Y3E7 SMN1-209ENST00000514951 1308 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
CHMP3Q9Y3E7 AC096733.2-201ENST00000609937 1394 ntBASIC24.01■■□□□ 1.43
CHMP3Q9Y3E7 CHST8-203ENST00000438847 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
CHMP3Q9Y3E7 C6orf89-203ENST00000373685 1400 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
CHMP3Q9Y3E7 PRKAR2A-206ENST00000454963 1849 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
CHMP3Q9Y3E7 RNPEPL1-201ENST00000270357 5658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
CHMP3Q9Y3E7 NGEF-202ENST00000373552 2286 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
CHMP3Q9Y3E7 SKP2-208ENST00000546211 1589 ntTSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
CHMP3Q9Y3E7 ACOT2-204ENST00000613168 1553 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
CHMP3Q9Y3E7 GRB14-201ENST00000263915 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
CHMP3Q9Y3E7 BCAM-201ENST00000270233 2402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
CHMP3Q9Y3E7 ANKRD29-201ENST00000322980 1658 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
CHMP3Q9Y3E7 HSCB-201ENST00000216027 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
CHMP3Q9Y3E7 C19orf66-201ENST00000253110 2117 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
CHMP3Q9Y3E7 TSPY14P-201ENST00000303979 915 ntBASIC24■■□□□ 1.43
CHMP3Q9Y3E7 HES7-201ENST00000317814 678 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
CHMP3Q9Y3E7 ZNF584-202ENST00000322834 1042 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
CHMP3Q9Y3E7 TLCD1-202ENST00000394933 784 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
CHMP3Q9Y3E7 AC073343.2-202ENST00000430844 532 ntTSL 4 BASIC24■■□□□ 1.43
CHMP3Q9Y3E7 EGLN1P1-201ENST00000531623 762 ntBASIC24■■□□□ 1.43
CHMP3Q9Y3E7 SLC39A2-203ENST00000554422 1259 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
CHMP3Q9Y3E7 LY6L-201ENST00000562505 988 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
CHMP3Q9Y3E7 BX005266.2-202ENST00000446626 2245 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
CHMP3Q9Y3E7 SLC35B1-201ENST00000240333 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
CHMP3Q9Y3E7 ENOPH1-203ENST00000509635 1874 ntTSL 3 BASIC24■■□□□ 1.43
CHMP3Q9Y3E7 STX18-201ENST00000306200 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
CHMP3Q9Y3E7 PEX6-201ENST00000244546 2696 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
CHMP3Q9Y3E7 ROCK2-202ENST00000315872 8292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
CHMP3Q9Y3E7 RTN4RL2-201ENST00000335099 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
CHMP3Q9Y3E7 FAM131A-204ENST00000418281 1664 ntTSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
CHMP3Q9Y3E7 PHKA1-204ENST00000373545 6173 ntTSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
CHMP3Q9Y3E7 PWWP2AP1-201ENST00000429776 2273 ntBASIC23.99■■□□□ 1.43
CHMP3Q9Y3E7 DTX2-212ENST00000446820 1770 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
CHMP3Q9Y3E7 RARA-201ENST00000254066 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
CHMP3Q9Y3E7 ANXA8L1-203ENST00000613703 1874 ntTSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
CHMP3Q9Y3E7 DGCR6-201ENST00000331444 1214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
CHMP3Q9Y3E7 CXXC5-AS1-201ENST00000514287 577 ntTSL 4 BASIC23.99■■□□□ 1.43
CHMP3Q9Y3E7 SERPINH1-212ENST00000530284 1358 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
CHMP3Q9Y3E7 DVL3-203ENST00000431765 2294 ntTSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
CHMP3Q9Y3E7 FBXO27-201ENST00000292853 2330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
CHMP3Q9Y3E7 ARHGAP22-204ENST00000417247 2340 ntTSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
CHMP3Q9Y3E7 NKX1-2-201ENST00000451024 3364 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
CHMP3Q9Y3E7 RPS6KB2-201ENST00000312629 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
CHMP3Q9Y3E7 FAM187A-202ENST00000412523 1748 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
CHMP3Q9Y3E7 RAB11FIP5-201ENST00000258098 4342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
CHMP3Q9Y3E7 PRELID3B-201ENST00000355937 2626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
CHMP3Q9Y3E7 GIT1-201ENST00000225394 3768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
CHMP3Q9Y3E7 CRLF3-201ENST00000324238 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
CHMP3Q9Y3E7 AKNA-205ENST00000374079 2138 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
CHMP3Q9Y3E7 DPH1-201ENST00000263083 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
CHMP3Q9Y3E7 FBLN1-204ENST00000402984 2355 ntTSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
CHMP3Q9Y3E7 TERF1P1-201ENST00000311003 1181 ntBASIC23.98■■□□□ 1.43
CHMP3Q9Y3E7 ZCCHC24-201ENST00000372333 906 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
CHMP3Q9Y3E7 AC128688.1-201ENST00000487626 519 ntBASIC23.98■■□□□ 1.43
CHMP3Q9Y3E7 SQSTM1-216ENST00000626660 274 ntTSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
CHMP3Q9Y3E7 AC092865.7-201ENST00000641832 219 ntBASIC23.98■■□□□ 1.43
CHMP3Q9Y3E7 GSTM4-201ENST00000326729 1321 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
CHMP3Q9Y3E7 RNF170-205ENST00000526349 1338 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
CHMP3Q9Y3E7 MARK1-205ENST00000611084 5321 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
CHMP3Q9Y3E7 CCDC62-204ENST00000392441 2936 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
CHMP3Q9Y3E7 SRMS-201ENST00000217188 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
CHMP3Q9Y3E7 CHRM4-201ENST00000433765 1511 ntAPPRIS P1 BASIC23.98■■□□□ 1.43
CHMP3Q9Y3E7 SLC25A29-215ENST00000556505 1540 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
CHMP3Q9Y3E7 ETV4-204ENST00000545089 1628 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
CHMP3Q9Y3E7 GABBR1-202ENST00000376977 1739 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
CHMP3Q9Y3E7 KCNK4-207ENST00000539216 1723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
CHMP3Q9Y3E7 LHX6-201ENST00000340587 3457 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
CHMP3Q9Y3E7 RBM45-207ENST00000616198 1788 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
CHMP3Q9Y3E7 GABRD-201ENST00000378585 1961 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
CHMP3Q9Y3E7 CYP27A1-201ENST00000258415 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
CHMP3Q9Y3E7 EBF1-202ENST00000380654 2345 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
CHMP3Q9Y3E7 HS3ST4-201ENST00000331351 3203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
CHMP3Q9Y3E7 RASEF-202ENST00000376447 5576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
CHMP3Q9Y3E7 SMPD3-201ENST00000219334 5453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
CHMP3Q9Y3E7 MDK-201ENST00000359803 985 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
CHMP3Q9Y3E7 NR6A1-202ENST00000373584 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.8 ms