Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 THOC3-208ENST00000513482 1796 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 PSAP-205ENST00000610929 1969 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 CASC2-205ENST00000454781 2216 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 WIPF1-202ENST00000359761 2003 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 NTRK1-201ENST00000358660 2492 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 SLC29A2-201ENST00000311161 2262 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 C1orf210-202ENST00000523677 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 NOXO1-205ENST00000566005 1144 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 LINC00654-202ENST00000589201 579 ntTSL 3 BASIC21.99■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 ESPN-202ENST00000416731 1338 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 COQ10B-201ENST00000263960 2239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 YY1AP1-213ENST00000405763 2011 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 ANKMY1-209ENST00000405523 1827 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 ATP9A-202ENST00000338821 8106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 TMEM155-201ENST00000337677 2313 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 CD8B-203ENST00000390655 1417 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 CHPF-203ENST00000535926 2634 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 CCDC27-201ENST00000294600 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 UMOD-202ENST00000396134 2408 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 CYHR1-202ENST00000403000 1477 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 CBSL-210ENST00000624934 1992 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 LTBP3-217ENST00000530785 2461 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 MAFF-206ENST00000538320 2458 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.98■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 AK3-202ENST00000381809 2736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 RTEL1-204ENST00000370003 2273 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 POMC-201ENST00000264708 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 MDK-204ENST00000395569 686 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 LINC00708-201ENST00000428165 916 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 CYB561-214ENST00000582034 1193 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 ABCG4-206ENST00000622721 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 SLC12A4-202ENST00000422611 4670 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 GSEC-202ENST00000629441 1572 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 CDKN2B-AS1-217ENST00000585267 1337 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 DCLK2-207ENST00000635524 2153 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 SLC38A10-201ENST00000288439 2708 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 CDK11A-205ENST00000378633 2458 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 SNX4-201ENST00000251775 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 FMR1-207ENST00000439526 3699 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 WNT6-201ENST00000233948 1703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 ADAMTS9-202ENST00000459780 2871 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 COPS7A-204ENST00000534947 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 AC104581.1-202ENST00000635932 2618 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 HMBS-214ENST00000542729 1469 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 ULK3-217ENST00000568667 1470 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 AL031598.1-201ENST00000561511 1773 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 NRN1-204ENST00000622188 1795 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 P3H1-204ENST00000397054 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 USP49-202ENST00000373010 2446 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 GHDC-212ENST00000593209 1827 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 P4HB-203ENST00000439918 1502 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 CIRBP-215ENST00000588030 1509 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 IFI6-203ENST00000362020 828 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 C6orf48-205ENST00000375640 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 C2orf82-203ENST00000409533 561 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC21.97■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 GCC2-AS1-202ENST00000440975 574 ntTSL 4 BASIC21.97■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 MAGIX-206ENST00000615626 1057 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 FP475955.1-201ENST00000624937 553 ntTSL 4 BASIC21.97■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 HUNK-201ENST00000270112 7385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 FBXL18-203ENST00000453700 1932 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 ARRB2-216ENST00000574954 1348 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 RRS1-201ENST00000320270 1706 ntAPPRIS P1 BASIC21.97■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 FEM1AP3-201ENST00000403722 1741 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 KREMEN2-206ENST00000575885 1798 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 EMX2-203ENST00000553456 2897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 MYC-205ENST00000524013 2150 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 CARD9-202ENST00000371734 1814 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 CHRNB1-201ENST00000306071 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 PLA2G7-201ENST00000274793 1882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 DKK3-202ENST00000396505 2650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 GPRC5C-205ENST00000481232 1592 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 GAS7-202ENST00000396115 929 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 UBE2I-203ENST00000397514 2976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 RNF135-204ENST00000443677 1261 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 APTR-205ENST00000447009 902 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 MCRIP1-201ENST00000455127 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 THAP6-213ENST00000514480 1161 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 CA3-AS1-201ENST00000517697 559 ntTSL 4 BASIC21.96■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 AL359399.1-201ENST00000557610 462 ntTSL 3 BASIC21.96■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 AC233263.1-201ENST00000578059 224 ntBASIC21.96■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 C17orf50-201ENST00000603305 569 ntTSL 3 BASIC21.96■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 C17orf50-203ENST00000605587 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 RASD1-201ENST00000225688 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 USP36-203ENST00000542802 6063 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 CMTM3-201ENST00000361909 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 CAPS-201ENST00000452990 1789 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 EGFR-202ENST00000342916 2239 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 IFFO1-212ENST00000619571 2724 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 MYEOV-201ENST00000308946 2287 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 DPP10-203ENST00000393147 2758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 KLHL14-201ENST00000358095 1884 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 POU5F1-201ENST00000259915 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 BCAP29-202ENST00000379117 1946 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 GJB6-204ENST00000400066 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 ASPHD2-201ENST00000215906 3357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 AC005906.2-207ENST00000639005 1580 ntTSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.11
USP28Q96RU2 VBP1-201ENST00000286428 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 CD7-206ENST00000583376 1659 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 ANKRD17-211ENST00000639793 3486 ntTSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 ZDHHC5-201ENST00000287169 4666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
USP28Q96RU2 CNNM1-201ENST00000356713 5959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22 ms