Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 PPP1R14BP5-201ENST00000440334 435 ntBASIC16.52■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 HMGB3P22-201ENST00000442010 597 ntTSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 GLRB-205ENST00000512619 728 ntTSL 3 BASIC16.52■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 AC132938.3-201ENST00000579095 357 ntTSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 ASCL4-201ENST00000342331 2260 ntAPPRIS P1 BASIC16.51■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 SETD7-202ENST00000404104 1590 ntTSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 AC004982.2-201ENST00000609497 1578 ntTSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 MAP2K2-202ENST00000394867 1471 ntTSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 PLCG1-AS1-201ENST00000454626 1462 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 CARD9-201ENST00000371732 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 SLC6A11-202ENST00000454147 2794 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 TINCR-201ENST00000448587 3733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 NOP56-201ENST00000329276 2400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 TMEM235-201ENST00000374946 2409 ntTSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 DMRT2-205ENST00000382255 2367 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 FAM212B-203ENST00000444059 1423 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 FGF17-201ENST00000359441 1714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 MEN1-206ENST00000377321 2614 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 APIP-201ENST00000395787 1366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 FGF16-201ENST00000439435 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 L2HGDH-203ENST00000421284 1958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 RELB-207ENST00000625761 2279 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 AC044802.1-201ENST00000501143 2894 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 HIC1-201ENST00000322941 3053 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 FGFR2-208ENST00000360144 3001 ntTSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 AC008060.1-201ENST00000401499 1551 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 RPUSD2-202ENST00000559271 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 ING1-202ENST00000338450 1189 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 SNAPIN-201ENST00000368685 1030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 TUBB8P6-201ENST00000436895 1288 ntBASIC16.51■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 HIGD1A-204ENST00000452906 585 ntTSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 AC087388.1-201ENST00000571370 1112 ntBASIC16.51■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 AC087498.1-201ENST00000572493 945 ntAPPRIS P1 BASIC16.51■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 SYNGR4-202ENST00000595322 533 ntTSL 3 BASIC16.51■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 PQLC2-202ENST00000375155 1805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 RNF135-205ENST00000535306 2098 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 CAPN1-226ENST00000533820 3083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 SKOR2-202ENST00000425639 3899 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 ARFRP1-208ENST00000612256 2974 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 AQP11-201ENST00000313578 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 ZNF821-221ENST00000611294 1833 ntTSL 3 BASIC16.5■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 SLC25A39-202ENST00000377095 1565 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 SELENOF-202ENST00000370554 1220 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 ASPHD1-203ENST00000483405 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.5■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 AL445675.2-201ENST00000620291 557 ntBASIC16.5■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 CR392000.1-201ENST00000624770 1228 ntBASIC16.5■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 CYP2D8P-201ENST00000433633 1490 ntBASIC16.5■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 CBR1-205ENST00000530908 1924 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 CDH5-204ENST00000563425 1932 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 AKNA-205ENST00000374079 2138 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 FGF14-IT1-202ENST00000607251 2123 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 LRRC1-202ENST00000370888 3180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 CERS5-203ENST00000422340 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 C18orf21-205ENST00000592875 1581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 ADAD1-202ENST00000388724 1912 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 IGFALS-201ENST00000215539 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 NFIL3-201ENST00000297689 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 EPHX1-201ENST00000272167 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 PRICKLE4-202ENST00000394260 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 PRICKLE4-203ENST00000394263 1155 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 FAM86C1-203ENST00000426628 952 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 ABCC5-211ENST00000446941 883 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 KRT18P16-201ENST00000510337 1294 ntBASIC16.5■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 FAM53C-211ENST00000513056 923 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 ZNF706-204ENST00000518336 501 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.5■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 SLC39A2-203ENST00000554422 1259 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 RNF165-206ENST00000590330 1049 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 NTAN1-211ENST00000622833 1049 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 NTAN1-212ENST00000624579 1115 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 AC064853.5-201ENST00000641976 258 ntAPPRIS P1 BASIC16.5■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 POLI-202ENST00000406285 2030 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 DNASE1L2-203ENST00000564065 2194 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 STIM2-204ENST00000467087 5154 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 GABRD-205ENST00000638771 1707 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.49■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 CLIP3-206ENST00000593074 2080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 RNASEH2C-203ENST00000528220 1337 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 C2orf54-201ENST00000307486 2017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 ACBD4-204ENST00000431281 2026 ntTSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 FGF8-202ENST00000344255 707 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 LCE2B-201ENST00000368780 612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 AL162231.1-203ENST00000416454 465 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 AL596442.1-201ENST00000429305 429 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 NCF1B-202ENST00000432102 930 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 NCAM1-AS1-201ENST00000526229 1081 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 AC004803.1-203ENST00000539259 501 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 AC117500.4-201ENST00000542797 617 ntTSL 3 BASIC16.49■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 TATDN2-201ENST00000287652 5342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 CHTOP-204ENST00000368694 2096 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 DHRS3-204ENST00000616661 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 LRRC42-203ENST00000371370 2037 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 CSNK1D-203ENST00000392334 2047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 KRT1-201ENST00000252244 2451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 TMPRSS6-207ENST00000442782 1695 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 VCY1B-201ENST00000250823 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 VCY-201ENST00000250825 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 NDUFB10-201ENST00000268668 705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 LRP5-201ENST00000294304 5159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 TMIGD2-201ENST00000301272 1262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 TPPP3-202ENST00000393957 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 MFSD4A-206ENST00000489709 1136 ntTSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
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