Protein–RNA interactions for Protein: P02461

COL3A1, Collagen alpha-1(III) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL3A1P02461 AC008622.2-201ENST00000617006 1229 ntBASIC25.47■■□□□ 1.67
COL3A1P02461 GNAI1-201ENST00000351004 3347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
COL3A1P02461 SAYSD1-201ENST00000229903 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
COL3A1P02461 TCP11-204ENST00000373979 1882 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
COL3A1P02461 ACTL6B-201ENST00000160382 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
COL3A1P02461 PAQR4-203ENST00000572687 2251 ntTSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
COL3A1P02461 CYP2F1-201ENST00000331105 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
COL3A1P02461 ST3GAL4-203ENST00000392669 1724 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
COL3A1P02461 FGF8-202ENST00000344255 707 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
COL3A1P02461 GGT6-202ENST00000381550 2145 ntTSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
COL3A1P02461 HMGA1P5-201ENST00000412453 271 ntBASIC25.47■■□□□ 1.67
COL3A1P02461 ICAM1-202ENST00000423829 1296 ntTSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
COL3A1P02461 AL035541.1-201ENST00000424850 823 ntTSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
COL3A1P02461 CCR12P-201ENST00000446203 998 ntBASIC25.47■■□□□ 1.67
COL3A1P02461 NDUFS3-213ENST00000534716 1263 ntTSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
COL3A1P02461 AC005363.2-201ENST00000618631 242 ntBASIC25.47■■□□□ 1.67
COL3A1P02461 CORO1B-201ENST00000341356 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
COL3A1P02461 CD151-201ENST00000322008 1548 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
COL3A1P02461 UCHL5-202ENST00000367449 1507 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
COL3A1P02461 TCP11-209ENST00000444780 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
COL3A1P02461 RASGRP2-211ENST00000394432 2304 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
COL3A1P02461 RELT-202ENST00000393580 2669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
COL3A1P02461 E4F1-204ENST00000564139 2493 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
COL3A1P02461 MYEOV-202ENST00000441339 1996 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
COL3A1P02461 ANGPTL4-201ENST00000301455 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
COL3A1P02461 DNAJC8-201ENST00000263697 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
COL3A1P02461 ZNF843-203ENST00000618063 1765 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
COL3A1P02461 JAKMIP1-208ENST00000637373 1362 ntTSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
COL3A1P02461 TIMM17B-201ENST00000376582 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
COL3A1P02461 TMPOP1-202ENST00000424642 1267 ntBASIC25.46■■□□□ 1.67
COL3A1P02461 KCTD7-202ENST00000443322 1160 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
COL3A1P02461 WAS-201ENST00000376701 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.67
COL3A1P02461 ABCC5-204ENST00000392579 1848 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.67
COL3A1P02461 TPCN2-208ENST00000637342 2856 ntTSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.67
COL3A1P02461 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC25.45■■□□□ 1.67
COL3A1P02461 HSPD1-202ENST00000388968 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.67
COL3A1P02461 TYMS-201ENST00000323224 1327 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.67
COL3A1P02461 ACBD4-215ENST00000592162 1684 ntTSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 AC141586.3-201ENST00000562166 1838 ntBASIC25.45■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 S100A16-203ENST00000368705 956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 NDUFA13-201ENST00000428459 576 ntTSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 GXYLT1P6-201ENST00000456472 1187 ntBASIC25.45■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 LY6E-214ENST00000522971 857 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 IGHMBP2-205ENST00000539224 785 ntTSL 3 BASIC25.45■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 AL138966.2-201ENST00000621997 464 ntBASIC25.45■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 PITPNB-211ENST00000634017 1017 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 CLN6-221ENST00000637494 765 ntTSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 AC116562.4-202ENST00000641738 218 ntBASIC25.45■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 SHB-201ENST00000377707 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 SLC25A51-202ENST00000377716 1691 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.44■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 EYA2-202ENST00000327619 2702 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 AC093484.2-201ENST00000580996 2166 ntBASIC25.44■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 CENPA-202ENST00000335756 1452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 ULK3-217ENST00000568667 1470 ntTSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 RAC1-201ENST00000348035 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 PLEKHG2-202ENST00000409797 2205 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 KLHL14-201ENST00000358095 1884 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 EXOC3L2-201ENST00000252482 1230 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 METTL5-201ENST00000260953 1010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 SLC6A18-201ENST00000324642 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 ILF2-202ENST00000368681 726 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 TSPY17P-201ENST00000450329 467 ntBASIC25.44■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 MUC1-212ENST00000457295 1161 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 AC128688.1-201ENST00000487626 519 ntBASIC25.44■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 CDKN3-209ENST00000556102 938 ntTSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 DHRS4-201ENST00000313250 1443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 TRIM73-205ENST00000450434 1425 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 NLRP6-201ENST00000312165 2679 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 PCCB-216ENST00000483687 1727 ntTSL 3 BASIC25.44■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 NOL7-202ENST00000451315 1184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 NRP2-206ENST00000417189 2386 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 NDUFA10-203ENST00000404554 1557 ntTSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 ATOH8-201ENST00000306279 2438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 H1FNT-201ENST00000335017 1300 ntAPPRIS P1 BASIC25.43■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 TPCN2-209ENST00000637504 2736 ntTSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 TNFRSF19-202ENST00000382258 1625 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 CERS4-201ENST00000251363 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 MYBL2-202ENST00000396863 2704 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 TSPO2-202ENST00000373161 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 KRTAP5-3-201ENST00000399685 899 ntAPPRIS P1 BASIC25.42■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 SLC25A48-202ENST00000412661 1148 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 SLC25A48-204ENST00000433282 1111 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 RPL29-202ENST00000466397 742 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 TSPO2-203ENST00000470917 699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 MVB12A-204ENST00000528515 686 ntTSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 PSMD9-208ENST00000542602 516 ntTSL 3 BASIC25.42■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 CFL2-205ENST00000555765 632 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 CENPX-206ENST00000580435 710 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 PNMA8A-203ENST00000602246 572 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC25.42■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 CEP85L-205ENST00000419517 2079 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 PDIA5-201ENST00000316218 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 RTBDN-201ENST00000322912 1328 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 FAM217A-201ENST00000274673 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 ADAP1-217ENST00000611167 2118 ntTSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 SNHG10-201ENST00000500370 1531 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 EFHC1-206ENST00000635760 2030 ntTSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 FAM171A2-201ENST00000293443 3160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 SOX2-201ENST00000325404 2513 ntAPPRIS P1 BASIC25.42■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 RASSF1-202ENST00000357043 1864 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
COL3A1P02461 HCK-206ENST00000518730 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.4 ms