Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 CHKB-201ENST00000406938 1638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 SLC2A7-201ENST00000400906 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 DDAH1-205ENST00000539042 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 CCNJ-202ENST00000403870 2830 ntTSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 ARL6IP4-204ENST00000392435 1339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 PDLIM3-201ENST00000284767 2589 ntTSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 C5orf38-201ENST00000334000 890 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 AL121761.1-202ENST00000412571 415 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 AC091799.1-201ENST00000422823 811 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 LINC02199-202ENST00000510067 1008 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 AC106820.5-201ENST00000566085 789 ntTSL 3 BASIC15.29■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 F2RL3-202ENST00000599210 613 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 CORO6-210ENST00000580212 2345 ntTSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 PHKG1-205ENST00000452681 2226 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 AC106820.2-201ENST00000563775 3264 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 NRBP1-203ENST00000379852 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 BACE1-201ENST00000313005 6326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 REEP2-201ENST00000254901 2099 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 RBM7-201ENST00000375490 2064 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 ZBTB8A-201ENST00000316459 1943 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 CDH24-201ENST00000267383 2873 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 VIPR1-201ENST00000325123 2773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 GCH1-205ENST00000536224 1805 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 CCND3-204ENST00000414200 1724 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 GNE-201ENST00000377902 2565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 HENMT1-203ENST00000402983 1696 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 NTRK2-206ENST00000376213 5560 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 RBM14-RBM4-201ENST00000412278 1566 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 ASB1-201ENST00000264607 6994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 SCRN2-201ENST00000290216 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 PARP12-201ENST00000263549 3796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 ZNF84-201ENST00000327668 7162 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 KRT8P36-201ENST00000489121 1440 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 ALG1-202ENST00000544428 1419 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 ADAMTS16-201ENST00000274181 4979 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 SPNS3-201ENST00000355530 2133 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 TRA2A-211ENST00000538367 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 CNIH2-201ENST00000311445 1356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 AC087457.1-201ENST00000503496 2727 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 FAM219B-204ENST00000563119 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 TMPRSS5-208ENST00000544476 1320 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 SUZ12-204ENST00000580398 3977 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 UCN-201ENST00000296099 795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 RTCA-202ENST00000370126 538 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 LBX2-202ENST00000377566 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 C4orf48-201ENST00000409248 433 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 C4orf48-202ENST00000409860 477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 ATPIF1-203ENST00000468425 539 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 LGR4-203ENST00000480977 492 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 AL583722.4-201ENST00000555524 716 ntTSL 3 BASIC15.28■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 GALNS-213ENST00000569433 723 ntTSL 3 BASIC15.28■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 PRDM12-201ENST00000253008 2476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 FAM111A-204ENST00000528737 6189 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 FENDRR-203ENST00000595886 3095 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 ATXN7-210ENST00000487717 3683 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 TRAF3IP1-201ENST00000373327 4279 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 ABI3-202ENST00000419580 1718 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 BTD-202ENST00000383778 2261 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 WHAMMP3-203ENST00000621139 4494 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 MINK1-202ENST00000355280 4961 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 ZBTB7C-221ENST00000590800 4947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 SCOC-208ENST00000510586 2193 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 VPS26A-202ENST00000373382 3229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 LRRC32-202ENST00000404995 2656 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 ERO1A-201ENST00000395686 5285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 SETD6-201ENST00000219315 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 AC009237.14-201ENST00000609975 1594 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 KCNB1-203ENST00000635465 4114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 LRRN4CL-201ENST00000317449 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 SLC1A4-201ENST00000234256 4561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 ZBTB10-202ENST00000426744 9878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 ZBTB4-202ENST00000380599 5866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 SATB1-201ENST00000338745 7810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 SF1-203ENST00000377387 2947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 APLP2-204ENST00000345598 1862 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 GMPPA-203ENST00000358215 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 KCNH1-210ENST00000640044 1818 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 DNM1-211ENST00000627061 2724 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 TBC1D20-201ENST00000354200 4466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 PDE9A-212ENST00000398234 1783 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 PITX1-205ENST00000506438 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 AC019069.1-201ENST00000610008 1333 ntBASIC15.27■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 SMARCB1-202ENST00000344921 1728 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 CDCP1-201ENST00000296129 6006 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 NDUFB2-201ENST00000247866 504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 ZBTB7B-201ENST00000292176 2129 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 MPC1-202ENST00000360961 962 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 MAP1LC3A-202ENST00000374837 961 ntTSL 3 BASIC15.27■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 CEP104-201ENST00000378223 1121 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 ZNRF2P3-201ENST00000424200 374 ntBASIC15.27■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 INTS11-205ENST00000429572 1104 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 AC116614.1-201ENST00000456949 539 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 AC012414.4-201ENST00000560839 1074 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 ORAI3-202ENST00000562699 628 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 AP005205.2-201ENST00000577327 491 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 FAM21FP-204ENST00000608637 956 ntBASIC15.27■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 AC060814.5-201ENST00000630916 1074 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 TTLL12-201ENST00000216129 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 SMAD3-201ENST00000327367 6247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 HNF4A-205ENST00000443598 1603 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.5 ms