Protein–RNA interactions for Protein: Q3LFD5

USP41, Putative ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 41, humanhuman

Predictions only

Length 358 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP41Q3LFD5 EFCAB11-202ENST00000538485 1870 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 ZNF316-201ENST00000382252 5392 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 SLC35A3-208ENST00000638336 2438 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 TXNDC5-201ENST00000379757 2964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 EGLN2-202ENST00000406058 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 PIGQ-206ENST00000422307 2052 ntTSL 3 BASIC20.49■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 DMPK-205ENST00000458663 2548 ntTSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 COPE-203ENST00000351079 907 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 AC005056.1-201ENST00000435932 532 ntTSL 4 BASIC20.49■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 HIGD1A-204ENST00000452906 585 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 PRKCB-209ENST00000498058 480 ntTSL 3 BASIC20.49■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 PRSS44-201ENST00000515154 1146 ntBASIC20.49■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 RBPMS-AS1-202ENST00000519753 1031 ntTSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 LY6E-210ENST00000521182 1079 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 AP003041.3-201ENST00000527151 707 ntBASIC20.49■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 KANSL1-AS1-203ENST00000572973 424 ntTSL 3 BASIC20.49■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 BVES-AS1-203ENST00000580511 853 ntTSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 AL031432.5-201ENST00000641059 760 ntBASIC20.49■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 T-202ENST00000366871 2250 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 MTMR9LP-204ENST00000441044 2624 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 GMPPA-213ENST00000622191 1473 ntTSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 SELENOF-207ENST00000611507 1785 ntTSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 SNUPN-205ENST00000564644 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 PRMT8-202ENST00000382622 2366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 MOB3C-202ENST00000319928 2822 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 ZNF746-203ENST00000461958 5051 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 TMEM109-202ENST00000536171 1959 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 AC139491.1-201ENST00000512675 1516 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 CCSAP-203ENST00000366687 5089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 TAF7-201ENST00000313368 2334 ntAPPRIS P1 BASIC20.48■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 UNKL-205ENST00000397464 2180 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 TPCN2-205ENST00000542467 2000 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 PTPN11-202ENST00000392597 1876 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 HDHD5-201ENST00000155674 1735 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 PSMD8-201ENST00000215071 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 GSTZ1-204ENST00000393734 1424 ntTSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 DNAJC11-201ENST00000294401 2210 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 S100A16-203ENST00000368705 956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 LCE3D-201ENST00000368787 613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 SPSB1-203ENST00000377399 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 NFU1-202ENST00000394305 1058 ntTSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 AC037459.1-202ENST00000430850 531 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.48■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 SAPCD2P2-201ENST00000431719 1174 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 RPL39L-203ENST00000455270 653 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 IGHMBP2-205ENST00000539224 785 ntTSL 3 BASIC20.48■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 C12orf76-204ENST00000547573 607 ntTSL 3 BASIC20.48■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 AC005606.2-201ENST00000564438 614 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 SYTL1-201ENST00000318074 1900 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 GTF3C5-201ENST00000342018 1905 ntTSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 RCN1-201ENST00000054950 2572 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 CENPA-202ENST00000335756 1452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 ETV2-203ENST00000402764 1487 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 PHLDA3-202ENST00000367311 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 DACH1-201ENST00000611519 4789 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 AL157384.1-201ENST00000445995 2473 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 LARGE2-208ENST00000531526 2528 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 DNAJC7-203ENST00000457167 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 SUMF2-202ENST00000342190 1876 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 ZGPAT-203ENST00000357119 1896 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 MAFF-204ENST00000426621 2216 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.47■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 LGALS9-202ENST00000313648 1378 ntTSL 3 BASIC20.47■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 LRR1-201ENST00000298288 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 SLC44A3-203ENST00000446120 2094 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 UBXN11-201ENST00000314675 2254 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 AC008060.1-201ENST00000401499 1551 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 IDH1-205ENST00000446179 2298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 TSGA10IP-203ENST00000532620 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 KRT8P11-201ENST00000409686 1436 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 TMEM110-MUSTN1-202ENST00000504329 1405 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 KLK14-201ENST00000156499 1060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 PIN1-201ENST00000247970 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 FGF8-202ENST00000344255 707 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 ROMO1-202ENST00000374072 350 ntTSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 PLCB1-204ENST00000404098 1260 ntTSL 3 BASIC20.47■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 MRPL53-202ENST00000409710 386 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 AL451069.1-201ENST00000455414 634 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 AC092647.4-201ENST00000457211 535 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 NDUFV2-207ENST00000497577 868 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 MED9-202ENST00000580462 565 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 AC011558.1-201ENST00000623459 338 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 WNT10B-202ENST00000403957 1817 ntTSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 TBC1D10C-201ENST00000312390 1497 ntTSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 SAXO1-202ENST00000380534 2099 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 C17orf58-204ENST00000580729 2065 ntTSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 NDUFB9-206ENST00000522532 1319 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 PCBP3-203ENST00000400308 1911 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 PRMT2-206ENST00000397638 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 KMT5B-201ENST00000304363 5837 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 PPP1R7-207ENST00000407025 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 KIRREL2-201ENST00000262625 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 UBE2F-201ENST00000272930 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 CCNC-207ENST00000518714 1426 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 RELT-202ENST00000393580 2669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 DGCR6L-201ENST00000248879 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 OCIAD2-201ENST00000273860 636 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 GGCT-202ENST00000275428 1173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 ANKRD20A18P-201ENST00000359341 492 ntBASIC20.46■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 AC012618.3-203ENST00000426044 917 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 REPIN1-210ENST00000482680 1029 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
USP41Q3LFD5 MOK-234ENST00000524370 1165 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 54.5 ms