Protein–RNA interactions for Protein: P38398

BRCA1, Breast cancer type 1 susceptibility protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,863 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRCA1P38398 IL11-204ENST00000590625 1028 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 AL136038.4-201ENST00000603606 1261 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 AL121772.3-201ENST00000610840 674 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 TST-204ENST00000622841 1105 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 AC117500.6-201ENST00000624871 588 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 VPS51-217ENST00000639871 243 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 RHBDL1-201ENST00000219551 1560 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 PTPRN2-204ENST00000404321 1374 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 PAQR6-212ENST00000540423 1729 ntTSL 3 BASIC23.54■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 RNPEP-201ENST00000295640 2427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 AL391807.1-203ENST00000604392 2365 ntBASIC23.53■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 SUMO3-201ENST00000332859 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 HYLS1-203ENST00000526028 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 TTTY14-203ENST00000447937 920 ntTSL 3 BASIC23.53■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 BET1L-206ENST00000486280 665 ntTSL 3 BASIC23.53■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 AC139887.2-202ENST00000507446 534 ntTSL 4 BASIC23.53■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 ACBD4-203ENST00000398322 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 WNT5B-203ENST00000537031 1437 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 PHACTR3-202ENST00000359926 2252 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 TSPY2-201ENST00000320701 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 TSPY2-203ENST00000429039 779 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 C7orf49-209ENST00000483029 596 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 C12orf43-206ENST00000537817 1270 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 AC007220.1-201ENST00000572466 1055 ntTSL 3 BASIC23.53■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 PAOX-201ENST00000278060 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 SLC13A3-204ENST00000413164 2008 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 CCDC74B-202ENST00000392984 1353 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 IRF5-202ENST00000357234 1680 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 UBC-206ENST00000538617 1303 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 KRTAP5-6-201ENST00000382160 561 ntAPPRIS P1 BASIC23.52■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 RPP21-221ENST00000428040 594 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 HMGN1P19-201ENST00000436976 333 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 RPP21-224ENST00000442966 525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 AC113382.1-201ENST00000500267 1253 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 AC079776.4-201ENST00000511039 504 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 RPL27-206ENST00000589913 697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 APBB1IP-201ENST00000356785 1513 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 AC010616.1-201ENST00000597630 2078 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 BRWD1-202ENST00000341322 2495 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 AC008060.1-201ENST00000401499 1551 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 BOLA1-201ENST00000369150 811 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.51■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 RWDD3-202ENST00000370202 1235 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.51■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 AL161452.1-201ENST00000415062 1117 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 SAPCD2P3-201ENST00000455031 850 ntBASIC23.51■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 SLC2A1-204ENST00000460369 541 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 AC009084.1-201ENST00000566869 317 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 AP001005.1-201ENST00000571755 1248 ntBASIC23.51■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 MIR2117HG-201ENST00000588060 506 ntTSL 4 BASIC23.51■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 MIR4300HG-201ENST00000500502 1397 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 OSR1-201ENST00000272223 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 KCNK4-202ENST00000422670 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 PCMT1-205ENST00000464889 1984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 C2orf82-202ENST00000409230 663 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC23.51■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 TEN1-204ENST00000588202 862 ntTSL 3 BASIC23.51■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 REXO1L6P-202ENST00000619970 1078 ntBASIC23.51■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 CPEB1-218ENST00000620182 2422 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 SEPT8-207ENST00000378719 2889 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 AC233702.3-201ENST00000578656 1387 ntBASIC23.51■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 EGR4-202ENST00000545030 2372 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 CYP2D7-201ENST00000358097 1655 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 FKBP8-206ENST00000596558 1756 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 JAKMIP1-203ENST00000409371 2420 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 NSDHL-201ENST00000370274 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 MIR662-201ENST00000384847 95 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 FIGNL1-207ENST00000435566 593 ntTSL 4 BASIC23.5■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 CALM3-211ENST00000598871 561 ntTSL 4 BASIC23.5■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 FAM25C-201ENST00000617224 319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 AF228730.7-201ENST00000641842 219 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 HOXD1-201ENST00000331462 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 NAB1-202ENST00000409581 2360 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 RUBCN-206ENST00000449205 1603 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 NAGPA-202ENST00000381955 2100 ntTSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 ACTR1B-201ENST00000289228 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 MYB-221ENST00000527615 2381 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 KRT13-208ENST00000587544 1456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 TRA2B-202ENST00000342294 288 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 DNASE1L2-202ENST00000382437 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 SCRN1-203ENST00000409570 535 ntTSL 4 BASIC23.49■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 FNDC5-205ENST00000496770 837 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 AC091304.2-201ENST00000564639 760 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 FAM220A-205ENST00000578372 207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 STX10-207ENST00000589083 1241 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 AC024243.1-201ENST00000609234 778 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 AL773604.1-201ENST00000617417 272 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 P2RY6-207ENST00000538328 1425 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.49■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 SMG8-203ENST00000578922 2178 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 NAA60-235ENST00000576916 1567 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 WDR4-202ENST00000398208 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 ADAMTS2-202ENST00000274609 2044 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 CRHR1-203ENST00000339069 2490 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 JAKMIP1-208ENST00000637373 1362 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 HDDC3-201ENST00000330334 1047 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 TMEM218-203ENST00000526175 972 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.49■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 PRTN3-202ENST00000544537 1036 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 DNAAF3-201ENST00000391720 2169 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 SMARCD2-201ENST00000225742 1800 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.8 ms