Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 AP006621.4-201ENST00000527021 532 ntTSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
HOXC9P31274 AP000777.3-201ENST00000538705 491 ntTSL 3 BASIC25.59■■□□□ 1.69
HOXC9P31274 DHRS2-210ENST00000611765 1287 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.59■■□□□ 1.69
HOXC9P31274 UNKL-202ENST00000301712 1431 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
HOXC9P31274 C19orf35-201ENST00000342063 2574 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.59■■□□□ 1.69
HOXC9P31274 ARFRP1-214ENST00000622789 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
HOXC9P31274 CSNK1D-203ENST00000392334 2047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
HOXC9P31274 TNFRSF19-202ENST00000382258 1625 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
HOXC9P31274 CBR1-205ENST00000530908 1924 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
HOXC9P31274 PRKAR2A-206ENST00000454963 1849 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.58■■□□□ 1.69
HOXC9P31274 RABEPK-202ENST00000373538 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
HOXC9P31274 RAB11FIP3-201ENST00000262305 4831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
HOXC9P31274 ITGBL1-206ENST00000618057 2368 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
HOXC9P31274 FAM19A3-201ENST00000361886 1056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
HOXC9P31274 ILF2-202ENST00000368681 726 ntTSL 2 BASIC25.58■■□□□ 1.69
HOXC9P31274 MADCAM1-203ENST00000382683 603 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
HOXC9P31274 STARP1-201ENST00000397973 869 ntBASIC25.58■■□□□ 1.69
HOXC9P31274 CBR1-203ENST00000439427 1024 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
HOXC9P31274 EHMT1-211ENST00000482340 691 ntTSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.69
HOXC9P31274 AC027682.5-201ENST00000567122 530 ntTSL 3 BASIC25.58■■□□□ 1.69
HOXC9P31274 METRN-205ENST00000568415 612 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.58■■□□□ 1.69
HOXC9P31274 CR769767.2-201ENST00000622735 460 ntBASIC25.58■■□□□ 1.69
HOXC9P31274 FAM129C-203ENST00000449408 2004 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.58■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 DYRK3-202ENST00000367108 2218 ntTSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 ZDHHC20-201ENST00000320220 1351 ntTSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 PPP5C-202ENST00000391919 1929 ntTSL 5 BASIC25.57■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 SKP2-208ENST00000546211 1589 ntTSL 5 BASIC25.57■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 RAB29-205ENST00000446390 1441 ntTSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 NMRK1-202ENST00000376808 1121 ntTSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 SPDYE15P-201ENST00000424157 909 ntBASIC25.57■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 LINC01293-201ENST00000453951 1266 ntTSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 MAP3K13-213ENST00000454237 526 ntTSL 3 BASIC25.57■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 TNFSF13-208ENST00000483039 959 ntTSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 AC051649.1-201ENST00000509204 330 ntTSL 3 BASIC25.57■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 TMEM218-206ENST00000527766 812 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.57■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 AC127526.4-201ENST00000527970 983 ntTSL 3 BASIC25.57■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 AL136038.3-201ENST00000561909 1096 ntBASIC25.57■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 AC064834.1-201ENST00000606986 503 ntTSL 3 BASIC25.57■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 AL807752.6-202ENST00000622933 765 ntAPPRIS P5 TSL 3 BASIC25.57■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 SDHAP1-207ENST00000440850 2000 ntBASIC25.57■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 IL6R-208ENST00000622330 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 SPHK1-203ENST00000545180 2238 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 ACBD4-215ENST00000592162 1684 ntTSL 5 BASIC25.57■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 CHTOP-204ENST00000368694 2096 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 LY6E-203ENST00000517503 1335 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.57■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 UBE2E1-201ENST00000306627 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 KRT16P3-203ENST00000580621 1939 ntTSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 LTK-202ENST00000355166 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 MRPL2-202ENST00000388752 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 HLA-G-205ENST00000428701 1578 ntAPPRIS P2 BASIC25.56■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 THTPA-202ENST00000404535 1779 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.56■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 SLC35A3-224ENST00000640732 1777 ntTSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 ACTG1-201ENST00000331925 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 TP53RK-201ENST00000372102 2012 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 ECE2-203ENST00000359140 3147 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 CARD9-201ENST00000371732 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 PDLIM7-205ENST00000393551 1226 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 PDZD7-203ENST00000470414 1057 ntTSL 2 BASIC25.56■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 AC019068.1-202ENST00000483218 768 ntTSL 3 BASIC25.56■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 DRAP1-205ENST00000527119 581 ntTSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 HIRA-201ENST00000263208 4053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 WIPF1-203ENST00000392546 2180 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 CXorf40A-208ENST00000434353 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 CYP21A1P-201ENST00000342991 1971 ntTSL 3 BASIC25.56■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 PDCD2-204ENST00000453163 2657 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 UBE2E3-209ENST00000602710 1556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 IQSEC3-201ENST00000382841 2701 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.56■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 TRPM4-213ENST00000599628 1829 ntTSL 2 BASIC25.56■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 EMD-202ENST00000369842 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 SBDS-201ENST00000246868 1631 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 SERBP1-201ENST00000361219 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 HMOX2-218ENST00000619913 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 AL390879.2-201ENST00000424306 2222 ntTSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 STRADB-201ENST00000194530 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 ZFC3H1-206ENST00000548100 1771 ntTSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 PER3-203ENST00000377541 1524 ntTSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 AANAT-202ENST00000392492 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 NPM2-204ENST00000518119 1190 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 TYROBP-209ENST00000589517 415 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 KLK7-206ENST00000597707 1054 ntTSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 GFOD2-207ENST00000602855 819 ntTSL 3 BASIC25.55■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 AC093458.2-201ENST00000623150 629 ntBASIC25.55■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 C18orf21-205ENST00000592875 1581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 FAM193B-217ENST00000514747 2913 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 OGG1-202ENST00000302008 2191 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 VSX1-202ENST00000376709 2192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 BSCL2-201ENST00000278893 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 BRICD5-201ENST00000328540 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 OGG1-217ENST00000449570 1948 ntTSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 WNT7B-204ENST00000410089 2202 ntTSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 DNAAF4-201ENST00000321149 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 SPATA6L-207ENST00000475086 1444 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 FAM187A-202ENST00000412523 1748 ntTSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 OLA1-204ENST00000409546 2071 ntTSL 5 BASIC25.54■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 IRF7-202ENST00000348655 1801 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 PHKG2-202ENST00000424889 1566 ntTSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 PTMS-201ENST00000309083 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 CD1E-210ENST00000368165 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 ELOB-202ENST00000409477 997 ntTSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 CD1E-214ENST00000452291 745 ntTSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.6 ms