Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 DGKZ-214ENST00000527911 3337 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
HOXD3P31249 FUBP3-201ENST00000319725 3124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
HOXD3P31249 MED17-221ENST00000639724 2317 ntTSL 5 BASIC14.92□□□□□ -0.02
HOXD3P31249 RTN4RL2-201ENST00000335099 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
HOXD3P31249 BCAP29-202ENST00000379117 1946 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.92□□□□□ -0.02
HOXD3P31249 MMP28-201ENST00000605424 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
HOXD3P31249 HOXD11-201ENST00000249504 1533 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.92□□□□□ -0.02
HOXD3P31249 KRT18P22-201ENST00000402024 1347 ntBASIC14.92□□□□□ -0.02
HOXD3P31249 ST3GAL3-219ENST00000372374 2170 ntTSL 5 BASIC14.91□□□□□ -0.02
HOXD3P31249 NPIPA8-201ENST00000525596 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
HOXD3P31249 KXD1-203ENST00000540691 1592 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.91□□□□□ -0.02
HOXD3P31249 APIP-201ENST00000395787 1366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
HOXD3P31249 LGALS9C-209ENST00000581545 1378 ntTSL 5 BASIC14.91□□□□□ -0.02
HOXD3P31249 METTL5-201ENST00000260953 1010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
HOXD3P31249 COX5A-201ENST00000322347 1268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
HOXD3P31249 ING1-202ENST00000338450 1189 ntTSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
HOXD3P31249 SELENOF-202ENST00000370554 1220 ntTSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
HOXD3P31249 TAPBP-236ENST00000456592 817 ntTSL 5 BASIC14.91□□□□□ -0.02
HOXD3P31249 TMA16-209ENST00000513272 803 ntTSL 2 BASIC14.91□□□□□ -0.02
HOXD3P31249 IKBKB-210ENST00000518983 447 ntTSL 2 BASIC14.91□□□□□ -0.02
HOXD3P31249 BAALC-AS1-207ENST00000522856 594 ntTSL 3 BASIC14.91□□□□□ -0.02
HOXD3P31249 KDM2B-217ENST00000543852 1188 ntTSL 5 BASIC14.91□□□□□ -0.02
HOXD3P31249 SIGLEC15-202ENST00000546268 1054 ntTSL 2 BASIC14.91□□□□□ -0.02
HOXD3P31249 SIVA1-207ENST00000556195 674 ntTSL 3 BASIC14.91□□□□□ -0.02
HOXD3P31249 FITM1-202ENST00000559294 800 ntBASIC14.91□□□□□ -0.02
HOXD3P31249 ZNF599-203ENST00000588760 948 ntTSL 2 BASIC14.91□□□□□ -0.02
HOXD3P31249 AC010422.3-201ENST00000597692 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.91□□□□□ -0.02
HOXD3P31249 AC010947.1-201ENST00000623454 693 ntBASIC14.91□□□□□ -0.02
HOXD3P31249 HLA-A-209ENST00000638375 975 ntBASIC14.91□□□□□ -0.02
HOXD3P31249 AC097662.2-201ENST00000641359 267 ntAPPRIS P1 BASIC14.91□□□□□ -0.02
HOXD3P31249 SLC7A10-201ENST00000253188 1946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
HOXD3P31249 ARHGAP26-201ENST00000274498 6862 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
HOXD3P31249 FGF17-201ENST00000359441 1714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
HOXD3P31249 NEU4-205ENST00000407683 2273 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.91□□□□□ -0.02
HOXD3P31249 SLC38A11-203ENST00000409149 1621 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC14.91□□□□□ -0.02
HOXD3P31249 DMRTA2-202ENST00000418121 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
HOXD3P31249 AP000679.1-202ENST00000319763 2081 ntTSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
HOXD3P31249 ILK-203ENST00000420936 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXD3P31249 CAMKV-205ENST00000467248 1688 ntTSL 2 BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXD3P31249 ACTR5-201ENST00000243903 2565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXD3P31249 EBF4-202ENST00000380648 2910 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXD3P31249 EPS8L1-203ENST00000540810 2360 ntTSL 2 BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXD3P31249 MORF4L1-215ENST00000559345 1468 ntTSL 2 BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXD3P31249 EPOR-201ENST00000222139 2411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXD3P31249 TERF1P1-201ENST00000311003 1181 ntBASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXD3P31249 HES7-201ENST00000317814 678 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXD3P31249 LINC01122-201ENST00000422723 675 ntTSL 3 BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXD3P31249 NME6-209ENST00000442597 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXD3P31249 AC116562.2-201ENST00000507042 360 ntBASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXD3P31249 GOLGA2P7-203ENST00000557881 896 ntTSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXD3P31249 LY6L-201ENST00000562505 988 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXD3P31249 ST20-MTHFS-203ENST00000615374 679 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXD3P31249 GOLGA2P10-205ENST00000618267 983 ntTSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXD3P31249 AC131212.4-201ENST00000623606 975 ntBASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXD3P31249 CROCCP4-202ENST00000633627 573 ntTSL 3 BASIC14.9□□□□□ -0.02
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HOXD3P31249 LGALS12-203ENST00000394618 1618 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXD3P31249 GABRD-201ENST00000378585 1961 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXD3P31249 L2HGDH-203ENST00000421284 1958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXD3P31249 NAB2-202ENST00000342556 2318 ntTSL 5 BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXD3P31249 EBF1-202ENST00000380654 2345 ntTSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXD3P31249 AC092835.1-201ENST00000425953 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXD3P31249 ADGRG2-210ENST00000379878 4803 ntTSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXD3P31249 KCTD1-202ENST00000408011 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXD3P31249 NRXN1-202ENST00000342183 3315 ntTSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXD3P31249 PCGF3-208ENST00000470161 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXD3P31249 AC107959.1-202ENST00000502083 1945 ntTSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXD3P31249 KLHL21-206ENST00000610898 1945 ntTSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXD3P31249 CERS6-201ENST00000305747 7217 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC14.9□□□□□ -0.02
HOXD3P31249 SIMC1-203ENST00000429602 2694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
HOXD3P31249 POC1A-202ENST00000394970 1999 ntTSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
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HOXD3P31249 SLC35B1-201ENST00000240333 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
HOXD3P31249 SOX15-201ENST00000250055 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
HOXD3P31249 CARD9-201ENST00000371732 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
HOXD3P31249 PRMT8-202ENST00000382622 2366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
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HOXD3P31249 LTBP4-201ENST00000204005 5032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
HOXD3P31249 SLC52A2-209ENST00000530047 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.89□□□□□ -0.03
HOXD3P31249 CACNA1A-201ENST00000360228 8627 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
HOXD3P31249 RRAS-201ENST00000246792 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
HOXD3P31249 VSIG2-202ENST00000403470 1191 ntTSL 2 BASIC14.89□□□□□ -0.03
HOXD3P31249 AC134772.1-201ENST00000438872 885 ntTSL 3 BASIC14.89□□□□□ -0.03
HOXD3P31249 SLC25A3P1-201ENST00000443844 931 ntBASIC14.89□□□□□ -0.03
HOXD3P31249 LMCD1-AS1-204ENST00000446281 932 ntTSL 5 BASIC14.89□□□□□ -0.03
HOXD3P31249 AL445645.1-201ENST00000451318 1019 ntTSL 2 BASIC14.89□□□□□ -0.03
HOXD3P31249 RNF146-204ENST00000476956 884 ntTSL 2 BASIC14.89□□□□□ -0.03
HOXD3P31249 AMN1-211ENST00000541931 880 ntTSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
HOXD3P31249 CDKN3-209ENST00000556102 938 ntTSL 5 BASIC14.89□□□□□ -0.03
HOXD3P31249 VGF-201ENST00000249330 2575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
HOXD3P31249 TSPAN15-201ENST00000373290 1698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
HOXD3P31249 HNRNPLL-206ENST00000410076 1687 ntTSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
HOXD3P31249 ANKRD9-201ENST00000286918 6727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
HOXD3P31249 DPH1-201ENST00000263083 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
HOXD3P31249 TTC12-202ENST00000393020 2541 ntTSL 5 BASIC14.89□□□□□ -0.03
HOXD3P31249 DVL3-203ENST00000431765 2294 ntTSL 5 BASIC14.89□□□□□ -0.03
HOXD3P31249 MSANTD1-203ENST00000507492 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
HOXD3P31249 CSNK1D-203ENST00000392334 2047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
HOXD3P31249 MARCH9-201ENST00000266643 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
HOXD3P31249 PCDHAC2-201ENST00000289269 5963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
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