Protein–RNA interactions for Protein: Q9H0E7

USP44, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 44, humanhuman

Predictions only

Length 712 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP44Q9H0E7 SOS2-201ENST00000216373 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
USP44Q9H0E7 PTGER2-201ENST00000245457 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
USP44Q9H0E7 MDK-201ENST00000359803 985 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
USP44Q9H0E7 ID1-202ENST00000376112 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
USP44Q9H0E7 MIR1238-201ENST00000408483 83 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
USP44Q9H0E7 KRT8P11-201ENST00000409686 1436 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
USP44Q9H0E7 AC087499.1-201ENST00000418141 1075 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
USP44Q9H0E7 KCNIP3-205ENST00000468529 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
USP44Q9H0E7 USP46-AS1-201ENST00000503051 1048 ntTSL 3 BASIC24.14■■□□□ 1.45
USP44Q9H0E7 AC097488.1-201ENST00000507834 756 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
USP44Q9H0E7 RPS20-210ENST00000523936 899 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
USP44Q9H0E7 GOSR2-210ENST00000576910 1891 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
USP44Q9H0E7 AC008649.1-201ENST00000589557 516 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
USP44Q9H0E7 CD209-209ENST00000601256 994 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
USP44Q9H0E7 NEIL3-201ENST00000264596 2408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
USP44Q9H0E7 CFAP46-201ENST00000368585 1825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
USP44Q9H0E7 ACAA1-201ENST00000301810 1540 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
USP44Q9H0E7 AC096733.2-201ENST00000609937 1394 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
USP44Q9H0E7 ASNS-206ENST00000437628 1638 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
USP44Q9H0E7 SYT15-205ENST00000503753 1331 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
USP44Q9H0E7 LGI3-202ENST00000424267 3114 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
USP44Q9H0E7 KTI12-201ENST00000371614 1714 ntAPPRIS P1 BASIC24.13■■□□□ 1.45
USP44Q9H0E7 SLC34A3-201ENST00000361134 2124 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
USP44Q9H0E7 MRM3-201ENST00000304478 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
USP44Q9H0E7 MMP23A-201ENST00000234610 1017 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
USP44Q9H0E7 AL445645.1-201ENST00000451318 1019 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
USP44Q9H0E7 DBNL-214ENST00000456905 1241 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
USP44Q9H0E7 KRT8P12-201ENST00000468527 998 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
USP44Q9H0E7 IRF3-222ENST00000599144 1117 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
USP44Q9H0E7 OAZ1-211ENST00000602676 1148 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
USP44Q9H0E7 SPINK2-206ENST00000618802 608 ntTSL 3 BASIC24.13■■□□□ 1.45
USP44Q9H0E7 ZNF579-201ENST00000325421 2899 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
USP44Q9H0E7 SMIM4-203ENST00000477703 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
USP44Q9H0E7 EARS2-210ENST00000564501 2027 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
USP44Q9H0E7 FBXL16-203ENST00000562563 2257 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
USP44Q9H0E7 PCID2-202ENST00000337344 1898 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
USP44Q9H0E7 OTOP2-201ENST00000331427 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
USP44Q9H0E7 CYP2D8P-201ENST00000433633 1490 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
USP44Q9H0E7 IL6R-208ENST00000622330 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
USP44Q9H0E7 PARD3-209ENST00000374790 5825 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
USP44Q9H0E7 CYP46A1-202ENST00000380228 1597 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
USP44Q9H0E7 RELB-207ENST00000625761 2279 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
USP44Q9H0E7 IL17C-201ENST00000244241 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
USP44Q9H0E7 AC073343.2-203ENST00000366167 564 ntTSL 4 BASIC24.12■■□□□ 1.45
USP44Q9H0E7 TMEM185A-204ENST00000507237 903 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
USP44Q9H0E7 ITGB7-209ENST00000550743 2138 ntTSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
USP44Q9H0E7 ARL16-209ENST00000573715 763 ntTSL 3 BASIC24.12■■□□□ 1.45
USP44Q9H0E7 ARL16-211ENST00000576135 694 ntTSL 3 BASIC24.12■■□□□ 1.45
USP44Q9H0E7 AP005242.2-201ENST00000580065 1175 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
USP44Q9H0E7 THOP1-202ENST00000395212 1877 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
USP44Q9H0E7 ZNF12-201ENST00000342651 2921 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
USP44Q9H0E7 HOXA11-AS-205ENST00000522863 1723 ntTSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
USP44Q9H0E7 SEC11C-202ENST00000509791 2054 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
USP44Q9H0E7 ATAD3A-202ENST00000378755 2612 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
USP44Q9H0E7 CORO1B-202ENST00000393893 1931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
USP44Q9H0E7 AC009133.6-201ENST00000609618 2252 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
USP44Q9H0E7 HGFAC-204ENST00000511533 2016 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
USP44Q9H0E7 NCK2-205ENST00000451463 1795 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
USP44Q9H0E7 KCNC3-201ENST00000376959 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
USP44Q9H0E7 SUMF2-202ENST00000342190 1876 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
USP44Q9H0E7 PSMD8-210ENST00000620216 1538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
USP44Q9H0E7 MYEOV-202ENST00000441339 1996 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
USP44Q9H0E7 CFAP77-203ENST00000393216 1638 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
USP44Q9H0E7 COX5A-201ENST00000322347 1268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
USP44Q9H0E7 ROPN1L-202ENST00000503804 1291 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
USP44Q9H0E7 TESMIN-209ENST00000544963 1235 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
USP44Q9H0E7 KANSL1-AS1-203ENST00000572973 424 ntTSL 3 BASIC24.11■■□□□ 1.45
USP44Q9H0E7 GLDC-219ENST00000640208 420 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
USP44Q9H0E7 NETO1-207ENST00000583169 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
USP44Q9H0E7 SLC25A3-201ENST00000188376 1909 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
USP44Q9H0E7 C14orf180-201ENST00000331952 1455 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
USP44Q9H0E7 ARHGAP22-210ENST00000477708 1951 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
USP44Q9H0E7 PLAUR-203ENST00000340093 1548 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
USP44Q9H0E7 SBDS-201ENST00000246868 1631 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
USP44Q9H0E7 MARC2-202ENST00000366913 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
USP44Q9H0E7 CBLN2-201ENST00000269503 2945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
USP44Q9H0E7 PTS-201ENST00000280362 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
USP44Q9H0E7 SYNE4-202ENST00000340477 1004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
USP44Q9H0E7 SPSB1-203ENST00000377399 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
USP44Q9H0E7 TLCD1-202ENST00000394933 784 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
USP44Q9H0E7 HOXD12-201ENST00000404162 841 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
USP44Q9H0E7 AC005056.1-201ENST00000435932 532 ntTSL 4 BASIC24.1■■□□□ 1.45
USP44Q9H0E7 TSPY23P-201ENST00000440136 739 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
USP44Q9H0E7 AC091153.3-201ENST00000497885 472 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
USP44Q9H0E7 SLC25A1P4-201ENST00000567977 778 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
USP44Q9H0E7 ATG4B-226ENST00000625810 370 ntTSL 4 BASIC24.1■■□□□ 1.45
USP44Q9H0E7 AC004890.2-202ENST00000463462 1494 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
USP44Q9H0E7 HSPB6-201ENST00000004982 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
USP44Q9H0E7 AKIRIN2-201ENST00000257787 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
USP44Q9H0E7 RASSF1-202ENST00000357043 1864 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
USP44Q9H0E7 CDC42EP1-201ENST00000249014 2181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
USP44Q9H0E7 SLC34A3-202ENST00000538474 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
USP44Q9H0E7 BIN2-210ENST00000615107 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
USP44Q9H0E7 KLHL11-201ENST00000319121 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
USP44Q9H0E7 MAGI2-212ENST00000626691 4599 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
USP44Q9H0E7 MAGI2-217ENST00000629359 6704 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
USP44Q9H0E7 PAXIP1-202ENST00000404141 3827 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
USP44Q9H0E7 CTBP2-202ENST00000334808 2130 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
USP44Q9H0E7 RBPMS-210ENST00000520191 1613 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
USP44Q9H0E7 RABEPK-202ENST00000373538 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.6 ms