Protein–RNA interactions for Protein: Q9BYB0

SHANK3, SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,731 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHANK3Q9BYB0 HSD17B10-201ENST00000168216 960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
SHANK3Q9BYB0 SELENOH-204ENST00000534355 818 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
SHANK3Q9BYB0 AC004263.2-201ENST00000617183 678 ntBASIC25.08■■□□□ 1.61
SHANK3Q9BYB0 TNFRSF1A-201ENST00000162749 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
SHANK3Q9BYB0 CDX4-201ENST00000373514 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 AC004982.2-201ENST00000609497 1578 ntTSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 AC104417.2-201ENST00000562989 1793 ntBASIC25.08■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 ACBD4-201ENST00000321854 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 FENDRR-203ENST00000595886 3095 ntTSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 GTF3C5-201ENST00000342018 1905 ntTSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 CIDEB-201ENST00000258807 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 MOB3C-202ENST00000319928 2822 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 MRPL20-201ENST00000344843 721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 PDLIM4-202ENST00000379018 1006 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 AP000593.1-201ENST00000393668 712 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 MPG-203ENST00000397817 1039 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 SYNGR2-202ENST00000585591 949 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 FGF14-AS2-201ENST00000606448 1074 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 AC006538.3-201ENST00000612495 578 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 CHMP4A-201ENST00000347519 1393 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 RTN1-202ENST00000342503 1703 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 FKBP8-206ENST00000596558 1756 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 TPST2-202ENST00000398110 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 MYL5-206ENST00000506838 2956 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 CCM2-202ENST00000381112 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 PRKAR2A-206ENST00000454963 1849 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 RAB28-202ENST00000330852 1715 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 RABEPK-202ENST00000373538 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 C1orf210-202ENST00000523677 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 S100A11-201ENST00000271638 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 TNFRSF10C-202ENST00000397703 1242 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 RNF216P1-205ENST00000406089 807 ntTSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 AL603832.1-201ENST00000421943 449 ntTSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 AC092597.1-201ENST00000487352 616 ntBASIC25.06■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 TYROBP-209ENST00000589517 415 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 PHACTR2-208ENST00000440869 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 SLC22A17-202ENST00000354772 2238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 C17orf62-204ENST00000437807 2242 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 KIF12-202ENST00000468460 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 UBAP1-204ENST00000625521 2029 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 CASKIN2-205ENST00000581870 1612 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 VSTM2B-201ENST00000335523 1488 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 RAPH1-210ENST00000453034 2394 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 KCNK7-202ENST00000342202 1283 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 CHTOP-202ENST00000368687 1094 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 HMGN1-203ENST00000380748 829 ntTSL 3 BASIC25.06■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 RASA4DP-201ENST00000460726 1199 ntBASIC25.06■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 LAMTOR4-205ENST00000468582 621 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 TFF3-204ENST00000518498 1109 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 CDC42EP2-201ENST00000279249 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 WIPF1-202ENST00000359761 2003 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 PHACTR2-203ENST00000367584 2490 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 GPAT2P1-201ENST00000444924 1672 ntBASIC25.05■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 GPR50-AS1-201ENST00000454196 1620 ntTSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 RBM14-RBM4-201ENST00000412278 1566 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 PHB2-203ENST00000535923 1515 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 DTNBP1-203ENST00000355917 1359 ntTSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 SMN2-202ENST00000380742 1388 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 UBE2E1-AS1-201ENST00000426702 778 ntTSL 3 BASIC25.05■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 AC005056.1-201ENST00000435932 532 ntTSL 4 BASIC25.05■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 LBX1-AS1-203ENST00000454527 740 ntTSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 AC022509.3-202ENST00000545819 566 ntTSL 3 BASIC25.05■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 IFI27L1-206ENST00000554562 571 ntTSL 3 BASIC25.05■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 IFNL4P1-201ENST00000607083 540 ntBASIC25.05■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 TBC1D9B-220ENST00000630103 303 ntTSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 AGAP3-201ENST00000335367 2675 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 ACBD4-215ENST00000592162 1684 ntTSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 NTMT1-203ENST00000372483 1315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 NUDT15-201ENST00000258662 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 ZBED3-AS1-208ENST00000512001 1668 ntTSL 3 BASIC25.04■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 SOCS2-206ENST00000549122 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 TMEM190-201ENST00000291934 593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 ZFAND2A-201ENST00000316495 860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 NME1-202ENST00000336097 986 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 S100A14-201ENST00000344616 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 NME1-203ENST00000393196 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 ZFAND2A-203ENST00000401903 968 ntTSL 3 BASIC25.04■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 SMYD3-204ENST00000403792 1209 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 AL732314.6-201ENST00000627721 484 ntTSL 4 BASIC25.04■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 AC093525.10-201ENST00000625130 1569 ntBASIC25.04■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 RNF32-208ENST00000432459 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 CCDC106-201ENST00000308964 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 AL390860.1-201ENST00000449298 1541 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 CRYBB2P1-202ENST00000382734 1364 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 AC008691.1-203ENST00000515337 1580 ntTSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 BUB3-202ENST00000368859 667 ntTSL 3 BASIC25.03■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 SYCE1L-201ENST00000378644 858 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 RPUSD3-201ENST00000383820 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 AP000721.2-201ENST00000537170 650 ntTSL 4 BASIC25.03■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 SSR1-204ENST00000474597 1808 ntTSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 FBXO17-201ENST00000292852 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 EEF1D-204ENST00000423316 2378 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 RNF113B-201ENST00000267291 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 RFC2-213ENST00000621097 1635 ntTSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 MATN4-204ENST00000372756 2077 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 PSMD8-201ENST00000215071 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 PRSS33-204ENST00000576886 1755 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 SLC22A18-202ENST00000347936 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 CHIC2-201ENST00000263921 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 MRPL24-202ENST00000368211 883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.6 ms