Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 HSD17B12-213ENST00000637401 866 ntTSL 4 BASIC19.34■□□□□ 0.69
VPS39Q96JC1 GCGR-202ENST00000570996 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.34■□□□□ 0.69
VPS39Q96JC1 COL18A1-202ENST00000355480 5924 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
VPS39Q96JC1 CPNE7-201ENST00000268720 2657 ntTSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
VPS39Q96JC1 SCARF2-202ENST00000622235 3232 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
VPS39Q96JC1 YPEL5-205ENST00000402708 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
VPS39Q96JC1 CXorf49-202ENST00000535490 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.34■□□□□ 0.69
VPS39Q96JC1 CXorf49B-202ENST00000542739 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.34■□□□□ 0.69
VPS39Q96JC1 TLE4-205ENST00000376544 4871 ntTSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
VPS39Q96JC1 EIF4E3-201ENST00000295612 2764 ntTSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.69
VPS39Q96JC1 NUTM2D-201ENST00000381697 3290 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.69
VPS39Q96JC1 TULP1-201ENST00000229771 2162 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.69
VPS39Q96JC1 LMF1-212ENST00000568897 1603 ntTSL 5 BASIC19.33■□□□□ 0.69
VPS39Q96JC1 ANGPTL4-201ENST00000301455 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.69
VPS39Q96JC1 LRRC29-209ENST00000629962 1303 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.33■□□□□ 0.69
VPS39Q96JC1 HCFC1R1-202ENST00000354679 765 ntTSL 2 BASIC19.33■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 XXYLT1-202ENST00000356740 564 ntTSL 2 BASIC19.33■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 MAP2K4P1-201ENST00000438453 1195 ntBASIC19.33■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 ABHD17AP6-201ENST00000458502 1044 ntBASIC19.33■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 SLC29A4P2-201ENST00000504749 1089 ntBASIC19.33■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 AL929601.1-201ENST00000551565 573 ntTSL 4 BASIC19.33■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 AC009065.4-203ENST00000562838 535 ntTSL 2 BASIC19.33■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 ARHGAP28-203ENST00000383472 2295 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.33■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 AL049812.1-201ENST00000432563 2267 ntBASIC19.33■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 DNAJC11-201ENST00000294401 2210 ntTSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 HCK-206ENST00000518730 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 SNCA-203ENST00000394986 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 PCDHB14-202ENST00000624896 2367 ntTSL 2 BASIC19.33■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 NAPRT-203ENST00000435154 1877 ntTSL 2 BASIC19.33■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 ATF5-201ENST00000423777 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 HTRA3-201ENST00000307358 2541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 FBXL16-203ENST00000562563 2257 ntTSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 CWH43-201ENST00000226432 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 FDFT1-209ENST00000525900 1596 ntTSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 QTRT1-201ENST00000250237 1317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 SLC1A7-201ENST00000371491 1306 ntTSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 TUBA3FP-202ENST00000422086 1974 ntTSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 UBE2E1-201ENST00000306627 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 AP006587.1-201ENST00000534129 1502 ntBASIC19.32■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 ABHD14A-ACY1-202ENST00000463937 1705 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 UPP1-201ENST00000331803 1932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 NDUFB1-201ENST00000329559 528 ntTSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 CABP2-202ENST00000353903 789 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 CUEDC2-201ENST00000369937 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 HAGH-201ENST00000397353 1257 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 AL807752.2-201ENST00000435463 301 ntTSL 3 BASIC19.32■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 YBX1P10-201ENST00000444752 975 ntBASIC19.32■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 AL161908.1-201ENST00000451449 449 ntTSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 ZNF302-209ENST00000507959 854 ntTSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 PNMA6B-201ENST00000538162 1200 ntBASIC19.32■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 DCAKD-205ENST00000588499 990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 AC060766.5-201ENST00000590539 871 ntBASIC19.32■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 COL16A1-203ENST00000373672 5736 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 DMKN-207ENST00000419602 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 CEP78-201ENST00000277082 2542 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 LARGE2-202ENST00000401752 2516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 LAD1-202ENST00000391967 2906 ntTSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 PAOX-201ENST00000278060 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 GMPPA-203ENST00000358215 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 MMP28-204ENST00000615136 2033 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 AHCYL1-202ENST00000369799 4015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 TPCN2-201ENST00000294309 2931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 ADAP1-217ENST00000611167 2118 ntTSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 ABI3-202ENST00000419580 1718 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 LAMP1-201ENST00000332556 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 CSPG5-202ENST00000383738 4161 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 FOLH1-203ENST00000343844 2258 ntTSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 NTRK1-206ENST00000524377 2432 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 LRWD1-201ENST00000292616 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 C19orf25-206ENST00000588849 1472 ntTSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 SBK2-201ENST00000344158 1056 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 SBK2-202ENST00000413299 1085 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 LINC01637-201ENST00000444039 684 ntTSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 PACRGL-206ENST00000502374 1034 ntTSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 AC098934.4-201ENST00000564127 592 ntBASIC19.31■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 NAT14-204ENST00000591590 1011 ntTSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 WRNIP1-202ENST00000380769 3239 ntTSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 CAV3-201ENST00000343849 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 SENP6-202ENST00000370010 4644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 HCCS-201ENST00000321143 2277 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 CPZ-202ENST00000360986 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 C21orf91-203ENST00000400559 1593 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 KCNA3-201ENST00000369769 2569 ntAPPRIS P1 BASIC19.31■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 RUNX2-202ENST00000371432 5487 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 SLC25A20-201ENST00000319017 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 ABCB9-202ENST00000344275 2394 ntTSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 PNCK-201ENST00000340888 1508 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 GCOM1-201ENST00000380568 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 CACNA1B-203ENST00000371355 9647 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 SLC16A3-221ENST00000617373 2048 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 SLC16A3-222ENST00000619321 2015 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 LRRC4B-202ENST00000599957 3019 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.3■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 FBXO41-205ENST00000521871 7336 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 MRM3-201ENST00000304478 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 LDHD-202ENST00000450168 1966 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 MAP2K2-202ENST00000394867 1471 ntTSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 IQGAP2-201ENST00000274364 5844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 TRPM2-202ENST00000300482 5989 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 C1orf198-201ENST00000366663 3858 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
VPS39Q96JC1 AC104417.2-201ENST00000562989 1793 ntBASIC19.3■□□□□ 0.68
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.4 ms