Protein–RNA interactions for Protein: Q70EL1

USP54, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 54, humanhuman

Predictions only

Length 1,684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54Q70EL1 NPAP1P7-201ENST00000613027 823 ntBASIC25.82■■□□□ 1.72
USP54Q70EL1 ACY1-206ENST00000476351 1409 ntTSL 3 BASIC25.82■■□□□ 1.72
USP54Q70EL1 SBDS-201ENST00000246868 1631 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
USP54Q70EL1 ANKRD13D-216ENST00000514166 2138 ntTSL 2 BASIC25.82■■□□□ 1.72
USP54Q70EL1 C17orf58-204ENST00000580729 2065 ntTSL 5 BASIC25.81■■□□□ 1.72
USP54Q70EL1 PDLIM5-205ENST00000380180 2020 ntTSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
USP54Q70EL1 MAGED2-213ENST00000627068 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.81■■□□□ 1.72
USP54Q70EL1 LGALS9C-201ENST00000328114 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
USP54Q70EL1 C21orf91-203ENST00000400559 1593 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.81■■□□□ 1.72
USP54Q70EL1 SMN2-202ENST00000380742 1388 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.81■■□□□ 1.72
USP54Q70EL1 IMMP2L-207ENST00000452895 833 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.81■■□□□ 1.72
USP54Q70EL1 MOK-234ENST00000524370 1165 ntTSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
USP54Q70EL1 C17orf67-201ENST00000397861 2013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
USP54Q70EL1 RFXANK-205ENST00000456252 1325 ntTSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
USP54Q70EL1 AP000347.1-209ENST00000437294 557 ntTSL 4 BASIC25.8■■□□□ 1.72
USP54Q70EL1 EHMT1-211ENST00000482340 691 ntTSL 5 BASIC25.8■■□□□ 1.72
USP54Q70EL1 MARK4-211ENST00000622871 1147 ntTSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
USP54Q70EL1 CLN6-214ENST00000636314 442 ntTSL 3 BASIC25.8■■□□□ 1.72
USP54Q70EL1 FAM87B-201ENST00000326734 1947 ntTSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
USP54Q70EL1 NCK2-205ENST00000451463 1795 ntTSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
USP54Q70EL1 UBE2E3-209ENST00000602710 1556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
USP54Q70EL1 NPAS3-210ENST00000551492 2817 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.8■■□□□ 1.72
USP54Q70EL1 EGLN2-202ENST00000406058 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
USP54Q70EL1 DNASE1L2-203ENST00000564065 2194 ntTSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
USP54Q70EL1 UCHL5-202ENST00000367449 1507 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
USP54Q70EL1 SYT8-202ENST00000381968 1424 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.8■■□□□ 1.72
USP54Q70EL1 CHTOP-202ENST00000368687 1094 ntTSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
USP54Q70EL1 KRT18P56-201ENST00000507275 550 ntBASIC25.8■■□□□ 1.72
USP54Q70EL1 AF186192.2-201ENST00000524514 423 ntTSL 3 BASIC25.8■■□□□ 1.72
USP54Q70EL1 FOSL1-203ENST00000531493 1200 ntTSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
USP54Q70EL1 AP000777.3-201ENST00000538705 491 ntTSL 3 BASIC25.8■■□□□ 1.72
USP54Q70EL1 AC093458.2-201ENST00000623150 629 ntBASIC25.8■■□□□ 1.72
USP54Q70EL1 SETD3-209ENST00000630307 1281 ntTSL 5 BASIC25.8■■□□□ 1.72
USP54Q70EL1 RBFOX1-215ENST00000553186 2196 ntTSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
USP54Q70EL1 GPAT2P1-201ENST00000444924 1672 ntBASIC25.8■■□□□ 1.72
USP54Q70EL1 CHTOP-204ENST00000368694 2096 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
USP54Q70EL1 KCNAB3-201ENST00000303790 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
USP54Q70EL1 SKP2-208ENST00000546211 1589 ntTSL 5 BASIC25.79■■□□□ 1.72
USP54Q70EL1 PLIN2-201ENST00000276914 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
USP54Q70EL1 PNKP-224ENST00000631020 1545 ntTSL 5 BASIC25.79■■□□□ 1.72
USP54Q70EL1 DYRK3-202ENST00000367108 2218 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
USP54Q70EL1 FKBP8-206ENST00000596558 1756 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
USP54Q70EL1 SERBP1-201ENST00000361219 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
USP54Q70EL1 DGAT2-201ENST00000228027 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
USP54Q70EL1 SPPL2B-212ENST00000618220 2459 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
USP54Q70EL1 GPX4-201ENST00000354171 919 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
USP54Q70EL1 AC004080.5-201ENST00000498652 368 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
USP54Q70EL1 AP002433.1-201ENST00000525548 964 ntTSL 3 BASIC25.79■■□□□ 1.72
USP54Q70EL1 ICA1-208ENST00000407906 1615 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
USP54Q70EL1 KRT16P3-203ENST00000580621 1939 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
USP54Q70EL1 GRAMD1A-201ENST00000317991 2695 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
USP54Q70EL1 SEMA6B-202ENST00000586965 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
USP54Q70EL1 PCBP3-203ENST00000400308 1911 ntTSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
USP54Q70EL1 WIPF1-203ENST00000392546 2180 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
USP54Q70EL1 ZNF346-209ENST00000512315 1575 ntTSL 2 BASIC25.78■■□□□ 1.72
USP54Q70EL1 BUB3-202ENST00000368859 667 ntTSL 3 BASIC25.78■■□□□ 1.72
USP54Q70EL1 INSL3-202ENST00000379695 899 ntTSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
USP54Q70EL1 HOXB-AS3-203ENST00000465846 434 ntTSL 3 BASIC25.78■■□□□ 1.72
USP54Q70EL1 RPL26L1-205ENST00000519974 695 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.78■■□□□ 1.72
USP54Q70EL1 ZBTB7B-201ENST00000292176 2129 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
USP54Q70EL1 B3GALNT2-201ENST00000313984 1874 ntTSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
USP54Q70EL1 ALG9-215ENST00000616540 2069 ntTSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
USP54Q70EL1 BEX1-201ENST00000372728 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
USP54Q70EL1 MIR1302-2HG-202ENST00000473358 712 ntTSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
USP54Q70EL1 AC140725.1-202ENST00000561145 712 ntTSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
USP54Q70EL1 TH-206ENST00000381178 1910 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
USP54Q70EL1 CAMKV-205ENST00000467248 1688 ntTSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
USP54Q70EL1 ACY1-215ENST00000636358 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
USP54Q70EL1 RHNO1-204ENST00000489288 1870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
USP54Q70EL1 TSG101-201ENST00000251968 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
USP54Q70EL1 MAFF-204ENST00000426621 2216 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC25.77■■□□□ 1.72
USP54Q70EL1 MEDAG-201ENST00000380482 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
USP54Q70EL1 HDHD5-201ENST00000155674 1735 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
USP54Q70EL1 MEIS2-207ENST00000557796 2666 ntTSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
USP54Q70EL1 IMP3-202ENST00000403490 1237 ntAPPRIS P1 BASIC25.77■■□□□ 1.72
USP54Q70EL1 TRIM73-203ENST00000437796 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
USP54Q70EL1 AC087623.2-201ENST00000528407 534 ntTSL 4 BASIC25.77■■□□□ 1.72
USP54Q70EL1 ATP5D-207ENST00000591660 637 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.77■■□□□ 1.72
USP54Q70EL1 ZFC3H1-206ENST00000548100 1771 ntTSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 PVRIG-201ENST00000317271 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 GPSM1-206ENST00000616132 2270 ntTSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 PLPP4-202ENST00000398250 1521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 PHB2-203ENST00000535923 1515 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.76■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 USP39-204ENST00000409766 2033 ntTSL 2 BASIC25.76■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 STARD4-203ENST00000502322 1467 ntTSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 KRT13-208ENST00000587544 1456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 SWI5-201ENST00000320188 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 KCNMB3-202ENST00000349697 1228 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.76■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 CD1E-210ENST00000368165 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 SH3GLB2-203ENST00000372564 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 AL645929.1-201ENST00000420084 975 ntBASIC25.76■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 ATP5G2P1-201ENST00000433580 426 ntBASIC25.76■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 CD1E-214ENST00000452291 745 ntTSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 MFGE8-203ENST00000542878 1172 ntTSL 2 BASIC25.76■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 ELAC2-212ENST00000578071 579 ntTSL 4 BASIC25.76■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 UBXN11-201ENST00000314675 2254 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.76■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 FSTL3-201ENST00000166139 2542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 TP53RK-201ENST00000372102 2012 ntTSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 TDRD10-202ENST00000368482 2331 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 NAPRT-202ENST00000426292 1654 ntTSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.9 ms