Protein–RNA interactions for Protein: Q68DE3

USF3, Basic helix-loop-helix domain-containing protein USF3, humanhuman

Predictions only

Length 2,245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF3Q68DE3 KIRREL2-202ENST00000347900 2015 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 ST6GALNAC6-215ENST00000542456 2018 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 ZFP64-206ENST00000371523 2234 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 UBXN11-201ENST00000314675 2254 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 MAP2K5-203ENST00000354498 1783 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 WT1-212ENST00000640146 1554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 TMEM234-201ENST00000309777 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 NFU1-202ENST00000394305 1058 ntTSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 ATP5G1P1-201ENST00000448724 379 ntBASIC16.58■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 AL136307.1-201ENST00000454882 411 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 TAPBP-236ENST00000456592 817 ntTSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 REPIN1-210ENST00000482680 1029 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 AL035252.2-201ENST00000454676 3168 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 ST3GAL4-203ENST00000392669 1724 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 RBPJL-203ENST00000372743 1623 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 KCNIP4-206ENST00000447367 1641 ntTSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 MYO15B-232ENST00000610510 9195 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 RNF224-201ENST00000445101 1798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.58■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 COPS7A-222ENST00000626119 1768 ntTSL 3 BASIC16.58■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 PLBD1-201ENST00000240617 2426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 KRAS-203ENST00000556131 1696 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 NPIPA8-201ENST00000525596 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 SMURF1-201ENST00000361125 5737 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 LGALS8-AS1-201ENST00000487567 1457 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 TXNRD2-202ENST00000400518 2025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 PYCR1-204ENST00000403172 1811 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 GPR6-201ENST00000275169 1089 ntAPPRIS P1 BASIC16.58■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 BOLA3-202ENST00000327428 639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 AL050404.1-201ENST00000424566 802 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 OOEP-AS1-201ENST00000445350 463 ntTSL 3 BASIC16.58■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 PFKFB3-202ENST00000360521 1964 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 ALKBH6-213ENST00000486389 1525 ntTSL 3 BASIC16.58■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 PTGER3-209ENST00000460330 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 SLC25A15-201ENST00000338625 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 RCC2P6-201ENST00000526625 1557 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 SNAP91-211ENST00000520213 2168 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 TAF7-201ENST00000313368 2334 ntAPPRIS P1 BASIC16.57■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 ZNF852-201ENST00000436261 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 NTN1-201ENST00000173229 5954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 AC092835.1-201ENST00000425953 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 TSPY14P-201ENST00000303979 915 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 KRT17P2-202ENST00000326333 1174 ntTSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 HIST1H2APS4-201ENST00000362070 348 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 EEF2KMT-206ENST00000587133 873 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.57■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 AP000692.2-201ENST00000608391 879 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 FAM87A-204ENST00000613235 858 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 AC006011.2-201ENST00000621313 1158 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 GLB1-201ENST00000307363 2616 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 PDLIM5-205ENST00000380180 2020 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 MKRN1-208ENST00000474576 1661 ntTSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 SLC16A5-202ENST00000450736 2051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 RTBDN-201ENST00000322912 1328 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 FO681492.1-203ENST00000622861 1362 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 C19orf25-202ENST00000436106 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 AC125437.2-201ENST00000625180 2167 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 PSMD8-210ENST00000620216 1538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 LENG9-203ENST00000611161 1916 ntAPPRIS P1 BASIC16.57■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 DNAJC4-201ENST00000321460 1015 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 AIF1L-203ENST00000372298 849 ntTSL 3 BASIC16.57■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 SNCB-202ENST00000393693 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 ICAM1-202ENST00000423829 1296 ntTSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 HDAC11-AS1-201ENST00000424112 515 ntTSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 NCF1B-202ENST00000432102 930 ntTSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 AC087388.1-201ENST00000571370 1112 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 WDR88-203ENST00000592765 651 ntTSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 WWOX-202ENST00000402655 1594 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 RAB11FIP5-201ENST00000258098 4342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 NDUFB9-206ENST00000522532 1319 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 ASPG-201ENST00000546892 1791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 PPP5C-202ENST00000391919 1929 ntTSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 EDA-208ENST00000524573 1381 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 AUP1-201ENST00000377526 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 ENTPD8-201ENST00000344119 2111 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 KHDC1-201ENST00000257765 1134 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 TYMSOS-201ENST00000323813 844 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 UFD1-202ENST00000399523 1007 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 AC007663.1-201ENST00000438948 1240 ntBASIC16.56■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 KHDC1-207ENST00000610435 1101 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 BCAP29-202ENST00000379117 1946 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 ANHX-202ENST00000545940 3452 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 SYT15-205ENST00000503753 1331 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 ACTR3B-203ENST00000397282 1692 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 ITPKB-202ENST00000366784 3146 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 ZNF326-202ENST00000361911 1538 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 LRRC23-207ENST00000433346 1387 ntTSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 HSPA8-202ENST00000453788 2004 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 PTGER2-201ENST00000245457 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 WNT7B-204ENST00000410089 2202 ntTSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 KRT16P6-202ENST00000425692 1426 ntBASIC16.56■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 TRIM73-205ENST00000450434 1425 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 HMGA1P5-201ENST00000412453 271 ntBASIC16.55■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 AC004951.3-201ENST00000418645 1148 ntBASIC16.55■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 SURF4-206ENST00000485435 1206 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 KRT18P16-201ENST00000510337 1294 ntBASIC16.55■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 ABHD14B-208ENST00000525795 980 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.55■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 AC008763.3-201ENST00000597959 777 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.55■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 CLN6-221ENST00000637494 765 ntTSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 ESX1-201ENST00000372588 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 EML2-220ENST00000589876 2364 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 ACTR5-201ENST00000243903 2565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.8 ms