Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 GYG1-202ENST00000345003 2052 ntTSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
USP4Q13107 HAND2-AS1-237ENST00000616485 2420 ntTSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
USP4Q13107 RNF224-201ENST00000445101 1798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.22■□□□□ 0.83
USP4Q13107 COPS7A-222ENST00000626119 1768 ntTSL 3 BASIC20.22■□□□□ 0.83
USP4Q13107 EYA2-210ENST00000611592 2612 ntTSL 5 BASIC20.22■□□□□ 0.83
USP4Q13107 CENPA-201ENST00000233505 1299 ntTSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
USP4Q13107 NT5C1A-201ENST00000235628 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
USP4Q13107 SYNE4-202ENST00000340477 1004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
USP4Q13107 FAM86C1-203ENST00000426628 952 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
USP4Q13107 CDIPT-204ENST00000563415 1047 ntTSL 3 BASIC20.22■□□□□ 0.83
USP4Q13107 PRR29-205ENST00000579184 1052 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
USP4Q13107 CYB561-214ENST00000582034 1193 ntTSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
USP4Q13107 AC008649.1-201ENST00000589557 516 ntTSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
USP4Q13107 GRAMD4P8-201ENST00000605465 1115 ntBASIC20.22■□□□□ 0.83
USP4Q13107 TRABD-201ENST00000303434 2329 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
USP4Q13107 ASCC1-205ENST00000394919 2683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
USP4Q13107 MAP2K2-202ENST00000394867 1471 ntTSL 5 BASIC20.22■□□□□ 0.83
USP4Q13107 DGKZ-203ENST00000421244 2862 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
USP4Q13107 GALNS-201ENST00000268695 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
USP4Q13107 FAM189B-201ENST00000350210 2379 ntTSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
USP4Q13107 TXNRD2-202ENST00000400518 2025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
USP4Q13107 KREMEN2-202ENST00000319500 1882 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
USP4Q13107 MRGPRF-201ENST00000309099 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
USP4Q13107 NCF1-201ENST00000289473 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
USP4Q13107 KXD1-203ENST00000540691 1592 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.21■□□□□ 0.83
USP4Q13107 CCDC71-201ENST00000321895 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
USP4Q13107 JMJD4-202ENST00000438896 2502 ntTSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
USP4Q13107 KCNA3-201ENST00000369769 2569 ntAPPRIS P1 BASIC20.21■□□□□ 0.83
USP4Q13107 EMC6-201ENST00000248378 653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
USP4Q13107 PRR31-201ENST00000371629 978 ntTSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
USP4Q13107 PTPA-216ENST00000432651 857 ntTSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
USP4Q13107 SLC25A3P1-201ENST00000443844 931 ntBASIC20.21■□□□□ 0.83
USP4Q13107 CCDC124-201ENST00000445755 938 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
USP4Q13107 ASH1L-AS1-202ENST00000456633 911 ntTSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
USP4Q13107 TARBP2-220ENST00000552857 916 ntTSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
USP4Q13107 AC018521.5-202ENST00000577279 374 ntTSL 3 BASIC20.21■□□□□ 0.83
USP4Q13107 AC018521.5-201ENST00000582787 496 ntTSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
USP4Q13107 AC002094.1-201ENST00000591482 1050 ntTSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
USP4Q13107 CCDC124-203ENST00000597436 1055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
USP4Q13107 CACNA1B-201ENST00000277549 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
USP4Q13107 CACNA1B-202ENST00000277551 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
USP4Q13107 CELF6-205ENST00000567083 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
USP4Q13107 HLX-201ENST00000366903 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
USP4Q13107 AC138696.1-201ENST00000522452 2897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
USP4Q13107 NEURL4-203ENST00000570460 4890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
USP4Q13107 AC099778.1-201ENST00000568593 1911 ntBASIC20.21■□□□□ 0.83
USP4Q13107 GNS-208ENST00000543646 2164 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
USP4Q13107 PTPN12-201ENST00000248594 3406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
USP4Q13107 ACBD4-203ENST00000398322 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
USP4Q13107 KIAA1456-201ENST00000400069 1982 ntTSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
USP4Q13107 SSBP2-218ENST00000514493 1790 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
USP4Q13107 RBM45-207ENST00000616198 1788 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
USP4Q13107 RCC2P6-201ENST00000526625 1557 ntBASIC20.21■□□□□ 0.83
USP4Q13107 AP001271.2-201ENST00000624018 1556 ntBASIC20.21■□□□□ 0.83
USP4Q13107 LGALS9C-209ENST00000581545 1378 ntTSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
USP4Q13107 HYLS1-203ENST00000526028 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
USP4Q13107 AC007743.1-203ENST00000447423 1623 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
USP4Q13107 AL445686.2-201ENST00000577528 1445 ntTSL 3 BASIC20.2■□□□□ 0.82
USP4Q13107 KLHDC4-201ENST00000270583 1886 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
USP4Q13107 MOK-225ENST00000522867 1883 ntTSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
USP4Q13107 NFKBIE-204ENST00000619360 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
USP4Q13107 BICRA-204ENST00000614245 5697 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
USP4Q13107 DMKN-207ENST00000419602 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
USP4Q13107 PRDX5-201ENST00000265462 893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
USP4Q13107 TERF1P1-201ENST00000311003 1181 ntBASIC20.2■□□□□ 0.82
USP4Q13107 DHRS4L2-202ENST00000397071 1117 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
USP4Q13107 SELENOF-203ENST00000401030 727 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
USP4Q13107 IKBKB-210ENST00000518983 447 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
USP4Q13107 SLC39A2-203ENST00000554422 1259 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
USP4Q13107 C2orf69P3-201ENST00000565542 1120 ntBASIC20.2■□□□□ 0.82
USP4Q13107 TPGS2-221ENST00000614939 1268 ntTSL 4 BASIC20.2■□□□□ 0.82
USP4Q13107 AC103746.1-201ENST00000617440 1133 ntTSL 3 BASIC20.2■□□□□ 0.82
USP4Q13107 IMMP2L-202ENST00000405709 1522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
USP4Q13107 TUBA4A-202ENST00000392088 2499 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
USP4Q13107 CNEP1R1-203ENST00000458059 2965 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
USP4Q13107 SEMA6B-202ENST00000586965 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
USP4Q13107 UBAP1-204ENST00000625521 2029 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
USP4Q13107 GPAA1-201ENST00000355091 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
USP4Q13107 KLHDC2-201ENST00000298307 5514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
USP4Q13107 BAZ1B-202ENST00000404251 5428 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
USP4Q13107 CYP21A2-222ENST00000435122 1914 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
USP4Q13107 PNKP-207ENST00000596014 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
USP4Q13107 TRAK2-202ENST00000430254 1436 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
USP4Q13107 MAPK15-201ENST00000338033 1961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
USP4Q13107 AMDHD2-201ENST00000293971 1459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
USP4Q13107 RGS11-204ENST00000397770 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
USP4Q13107 CFAP46-201ENST00000368585 1825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
USP4Q13107 PMVK-201ENST00000368467 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
USP4Q13107 FAM182B-202ENST00000376404 456 ntAPPRIS ALT2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
USP4Q13107 KRT18P57-201ENST00000443599 1254 ntBASIC20.19■□□□□ 0.82
USP4Q13107 TMA16-209ENST00000513272 803 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
USP4Q13107 NEIL3-201ENST00000264596 2408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
USP4Q13107 CDO1-201ENST00000250535 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
USP4Q13107 SLC36A1-209ENST00000521925 1621 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
USP4Q13107 PDZD3-201ENST00000322712 2204 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
USP4Q13107 CRMP1-201ENST00000324989 3146 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
USP4Q13107 SMURF1-202ENST00000361368 5581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
USP4Q13107 LRCH4-201ENST00000310300 2552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
USP4Q13107 HDHD5-201ENST00000155674 1735 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
USP4Q13107 KRT87P-201ENST00000529785 1700 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
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