Protein–RNA interactions for Protein: P39060

COL18A1, Collagen alpha-1(XVIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,754 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL18A1P39060 IFT27-205ENST00000433985 1095 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 LINC01063-201ENST00000441644 348 ntTSL 3 BASIC25.59■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 AC010655.4-201ENST00000462662 707 ntTSL 4 BASIC25.59■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 RPL26L1-205ENST00000519974 695 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.59■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 LINC00599-204ENST00000521242 716 ntTSL 3 BASIC25.59■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 C6orf203-202ENST00000405204 1420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.59■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 ASCL5-202ENST00000458416 1420 ntAPPRIS P1 BASIC25.59■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 DUSP15-201ENST00000278979 1732 ntTSL 2 BASIC25.59■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 CCM2-202ENST00000381112 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.59■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 DNAJC11-201ENST00000294401 2210 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 C1orf210-202ENST00000523677 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 ME3-212ENST00000543262 2311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 LINC00565-201ENST00000562710 2331 ntBASIC25.58■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 CD70-201ENST00000245903 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 SLC46A3-202ENST00000380814 2121 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 UBE2J2-205ENST00000400930 1021 ntTSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 FDX1P1-201ENST00000449115 551 ntBASIC25.58■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 ACY1-210ENST00000494103 1298 ntTSL 3 BASIC25.58■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 ATP5D-207ENST00000591660 637 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.58■■□□□ 1.69
COL18A1P39060 AC104417.2-201ENST00000562989 1793 ntBASIC25.58■■□□□ 1.68
COL18A1P39060 ANKRD18DP-204ENST00000455355 1975 ntBASIC25.57■■□□□ 1.68
COL18A1P39060 ACBD4-215ENST00000592162 1684 ntTSL 5 BASIC25.57■■□□□ 1.68
COL18A1P39060 TMEM190-201ENST00000291934 593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
COL18A1P39060 KCNK7-202ENST00000342202 1283 ntTSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
COL18A1P39060 EFCAB2-203ENST00000366523 1233 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.57■■□□□ 1.68
COL18A1P39060 SDHD-206ENST00000528182 754 ntTSL 3 BASIC25.57■■□□□ 1.68
COL18A1P39060 RN7SL510P-201ENST00000581311 263 ntBASIC25.57■■□□□ 1.68
COL18A1P39060 ASCL5-201ENST00000449188 2026 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.57■■□□□ 1.68
COL18A1P39060 GPR50-AS1-201ENST00000454196 1620 ntTSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
COL18A1P39060 AC073314.1-201ENST00000568729 2216 ntBASIC25.57■■□□□ 1.68
COL18A1P39060 SKIDA1-201ENST00000444772 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.57■■□□□ 1.68
COL18A1P39060 GTF3C5-201ENST00000342018 1905 ntTSL 5 BASIC25.57■■□□□ 1.68
COL18A1P39060 RUNDC3B-207ENST00000493037 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
COL18A1P39060 MCTP2-205ENST00000543482 1422 ntTSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
COL18A1P39060 ASPG-201ENST00000546892 1791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
COL18A1P39060 RABEPK-202ENST00000373538 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
COL18A1P39060 RFC2-213ENST00000621097 1635 ntTSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
COL18A1P39060 C20orf196-201ENST00000303142 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
COL18A1P39060 YPEL3-204ENST00000563788 730 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.56■■□□□ 1.68
COL18A1P39060 ZSCAN1-203ENST00000601162 813 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
COL18A1P39060 AC092119.3-201ENST00000612618 583 ntBASIC25.56■■□□□ 1.68
COL18A1P39060 CHMP4A-201ENST00000347519 1393 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
COL18A1P39060 AL390860.1-201ENST00000449298 1541 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
COL18A1P39060 SOCS2-206ENST00000549122 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
COL18A1P39060 WDSUB1-202ENST00000359774 1912 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
COL18A1P39060 NDUFS7-201ENST00000233627 1039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
COL18A1P39060 AP002383.4-201ENST00000442518 975 ntBASIC25.56■■□□□ 1.68
COL18A1P39060 VCX3B-203ENST00000444481 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
COL18A1P39060 VCX3A-203ENST00000612369 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
COL18A1P39060 PLEKHB1-204ENST00000398494 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
COL18A1P39060 AGAP2-AS1-201ENST00000542466 1500 ntTSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
COL18A1P39060 WIPF1-202ENST00000359761 2003 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
COL18A1P39060 ACADVL-202ENST00000350303 2191 ntTSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
COL18A1P39060 SLC52A2-209ENST00000530047 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
COL18A1P39060 PHKG2-202ENST00000424889 1566 ntTSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
COL18A1P39060 LGALS1-201ENST00000215909 560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
COL18A1P39060 AL603832.1-201ENST00000421943 449 ntTSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
COL18A1P39060 AC079385.1-201ENST00000551505 570 ntTSL 4 BASIC25.55■■□□□ 1.68
COL18A1P39060 SYNGR2-202ENST00000585591 949 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
COL18A1P39060 MOB3C-202ENST00000319928 2822 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
COL18A1P39060 UBAP1-204ENST00000625521 2029 ntTSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
COL18A1P39060 UBXN6-201ENST00000301281 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
COL18A1P39060 SLC22A18-202ENST00000347936 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
COL18A1P39060 KRT8P10-201ENST00000450021 1447 ntBASIC25.55■■□□□ 1.68
COL18A1P39060 KCNQ1-202ENST00000335475 2159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
COL18A1P39060 MAN1B1-AS1-201ENST00000596585 1872 ntBASIC25.55■■□□□ 1.68
COL18A1P39060 GPAT2P1-201ENST00000444924 1672 ntBASIC25.55■■□□□ 1.68
COL18A1P39060 AC004982.2-201ENST00000609497 1578 ntTSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
COL18A1P39060 AC093525.10-201ENST00000625130 1569 ntBASIC25.54■■□□□ 1.68
COL18A1P39060 TMEM200B-201ENST00000420504 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
COL18A1P39060 SMN2-202ENST00000380742 1388 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.54■■□□□ 1.68
COL18A1P39060 RASGRP2-208ENST00000394428 444 ntTSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
COL18A1P39060 CCNG1-208ENST00000510664 994 ntTSL 5 BASIC25.54■■□□□ 1.68
COL18A1P39060 ANKRD34C-AS1-201ENST00000557790 594 ntTSL 3 BASIC25.54■■□□□ 1.68
COL18A1P39060 MAG-201ENST00000361922 2426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
COL18A1P39060 ACOT2-201ENST00000238651 1774 ntTSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
COL18A1P39060 BTBD9-205ENST00000419706 2034 ntTSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
COL18A1P39060 PRDX3-201ENST00000298510 1591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
COL18A1P39060 RBM14-RBM4-201ENST00000412278 1566 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
COL18A1P39060 BID-215ENST00000622694 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
COL18A1P39060 NAT6-204ENST00000443094 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
COL18A1P39060 TPST2-202ENST00000398110 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
COL18A1P39060 AURKAIP1-202ENST00000338338 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
COL18A1P39060 DBNDD2-202ENST00000360981 1078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
COL18A1P39060 IFNL4P1-201ENST00000607083 540 ntBASIC25.54■■□□□ 1.68
COL18A1P39060 AL691432.3-201ENST00000621860 400 ntBASIC25.54■■□□□ 1.68
COL18A1P39060 C6orf136-203ENST00000376473 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
COL18A1P39060 FBXW9-203ENST00000587955 1437 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
COL18A1P39060 P2RY6-210ENST00000542092 1674 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
COL18A1P39060 PSMD8-201ENST00000215071 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
COL18A1P39060 YPEL3-202ENST00000398841 1588 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
COL18A1P39060 ZACN-201ENST00000334586 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
COL18A1P39060 TRAPPC3-209ENST00000616395 1336 ntTSL 3 BASIC25.53■■□□□ 1.68
COL18A1P39060 ZNF668-207ENST00000535577 2396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.53■■□□□ 1.68
COL18A1P39060 AL512408.1-201ENST00000569378 2000 ntBASIC25.53■■□□□ 1.68
COL18A1P39060 AGPAT2-205ENST00000538402 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
COL18A1P39060 KIF12-202ENST00000468460 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.53■■□□□ 1.68
COL18A1P39060 MYL5-206ENST00000506838 2956 ntTSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
COL18A1P39060 UCHL5-202ENST00000367449 1507 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
COL18A1P39060 PLPP4-202ENST00000398250 1521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.9 ms