Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 AC004803.1-203ENST00000539259 501 ntTSL 2 BASIC17.49■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 TARBP2-220ENST00000552857 916 ntTSL 5 BASIC17.49■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 MCRIP1-206ENST00000573478 1123 ntTSL 2 BASIC17.49■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 GOLPH3-201ENST00000265070 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 CDK11B-207ENST00000626918 2457 ntTSL 5 BASIC17.49■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 LRRC23-207ENST00000433346 1387 ntTSL 5 BASIC17.49■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 P3H4-201ENST00000355468 2791 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.49■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 RLBP1-201ENST00000268125 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 GPR35-202ENST00000403859 2032 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.48■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 CDX1-202ENST00000616154 1343 ntTSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 ASB16-201ENST00000293414 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 ZNF331-214ENST00000511154 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 ARSE-205ENST00000540563 1990 ntTSL 2 BASIC17.48■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 SLC35E4-202ENST00000406566 2081 ntTSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 LGALS12-203ENST00000394618 1618 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 ARID1B-220ENST00000636930 8246 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.48■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 SPATA22-210ENST00000573128 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 RNF38-204ENST00000357058 5254 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.48■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 FAM217A-201ENST00000274673 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 COX5A-201ENST00000322347 1268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 SYNE4-202ENST00000340477 1004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 TAPBP-236ENST00000456592 817 ntTSL 5 BASIC17.48■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 AC015712.4-203ENST00000559673 630 ntTSL 3 BASIC17.48■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 P4HB-223ENST00000576390 439 ntTSL 4 BASIC17.48■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 AP005242.2-201ENST00000580065 1175 ntBASIC17.48■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 ZNF561-AS1-202ENST00000586614 568 ntTSL 5 BASIC17.48■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 AC006942.1-201ENST00000600669 520 ntTSL 2 BASIC17.48■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 AL158152.2-201ENST00000602703 235 ntTSL 3 BASIC17.48■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 PKP3-201ENST00000331563 2809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 SUMO3-201ENST00000332859 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 ST3GAL4-217ENST00000534083 1919 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.48■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 LINC01568-207ENST00000641790 1380 ntBASIC17.48■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 TMED4-203ENST00000457408 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 ST3GAL3-239ENST00000545417 1667 ntTSL 5 BASIC17.48■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 CDO1-201ENST00000250535 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 PDE4DIP-214ENST00000479408 2746 ntTSL 5 BASIC17.48■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 CAMKK2-206ENST00000402834 2051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 EPOR-208ENST00000592375 2086 ntTSL 2 BASIC17.48■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 NAT6-201ENST00000354862 1330 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 NFKBIL1-201ENST00000376145 1401 ntTSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 TWF2-203ENST00000499914 1440 ntTSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 BSCL2-207ENST00000407022 1516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 HUNK-201ENST00000270112 7385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 BRSK2-215ENST00000544817 1842 ntTSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 SMC5-AS1-201ENST00000594708 1818 ntTSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 RNF212-202ENST00000382968 2335 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 ZNF584-202ENST00000322834 1042 ntTSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 C9orf129-201ENST00000375419 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 AL365259.1-203ENST00000451660 707 ntTSL 3 BASIC17.47■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 SELENOS-203ENST00000526049 1188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 C2orf69P3-201ENST00000565542 1120 ntBASIC17.47■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 CIRBP-217ENST00000588230 1013 ntTSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 AC008735.6-201ENST00000635964 1292 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 LHX8-202ENST00000356261 1764 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 ST3GAL3-206ENST00000351035 2377 ntTSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 NGLY1-207ENST00000428257 2534 ntTSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 LSM12-201ENST00000293406 2308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 SNUPN-205ENST00000564644 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 INTS11-202ENST00000411962 1832 ntTSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 IL11RA-201ENST00000318041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 RNH1-203ENST00000397604 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 HOXA11-AS-205ENST00000522863 1723 ntTSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 DDX55-205ENST00000538744 1735 ntTSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 HOXD11-201ENST00000249504 1533 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.47■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 AC044802.1-201ENST00000501143 2894 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 CSK-201ENST00000220003 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 TNKS2-201ENST00000371627 6157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 ESYT2-201ENST00000251527 5960 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 SDHA-201ENST00000264932 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 NUDT11-201ENST00000375992 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 AKAP17A-201ENST00000313871 3204 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 SMYD2-201ENST00000366957 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 PSPC1-201ENST00000338910 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 CSF1-203ENST00000369801 1364 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 C19orf66-201ENST00000253110 2117 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 AL954642.1-201ENST00000428088 538 ntTSL 3 BASIC17.46■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 NME1-207ENST00000480143 964 ntTSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 ASPHD1-203ENST00000483405 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.46■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 CHAC1-203ENST00000487220 853 ntTSL 3 BASIC17.46■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 AP003501.2-201ENST00000524433 477 ntTSL 4 BASIC17.46■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 TXNRD3-204ENST00000640433 1932 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 CSPG5-201ENST00000264723 4080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 TMEM151A-201ENST00000327259 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 GIPR-202ENST00000304207 1432 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
HOXD4P09016 ATPIF1-202ENST00000465645 1855 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.38
HOXD4P09016 AP001271.2-201ENST00000624018 1556 ntBASIC17.45■□□□□ 0.38
HOXD4P09016 CREB3-201ENST00000353704 1832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
HOXD4P09016 CLN8-208ENST00000635751 1807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.45■□□□□ 0.38
HOXD4P09016 AQP11-201ENST00000313578 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
HOXD4P09016 PRSS50-202ENST00000315170 1372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
HOXD4P09016 FAM182B-202ENST00000376404 456 ntAPPRIS ALT2 BASIC17.45■□□□□ 0.38
HOXD4P09016 AC005521.1-201ENST00000393351 872 ntBASIC17.45■□□□□ 0.38
HOXD4P09016 CRAT-202ENST00000393384 973 ntTSL 2 BASIC17.45■□□□□ 0.38
HOXD4P09016 AL731557.1-201ENST00000425264 744 ntTSL 3 BASIC17.45■□□□□ 0.38
HOXD4P09016 AC004980.1-204ENST00000429707 299 ntBASIC17.45■□□□□ 0.38
HOXD4P09016 B3GAT3P1-201ENST00000471720 806 ntBASIC17.45■□□□□ 0.38
HOXD4P09016 HRASLS5-205ENST00000539221 1167 ntTSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
HOXD4P09016 DYNLL1-205ENST00000548342 662 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.45■□□□□ 0.38
HOXD4P09016 RMI2-205ENST00000576027 818 ntTSL 2 BASIC17.45■□□□□ 0.38
HOXD4P09016 CAMK4-210ENST00000512453 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.5 ms