Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBQ0

VPS29, Vacuolar protein sorting-associated protein 29, humanhuman

Predictions only

Length 182 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS29Q9UBQ0 CEACAM3-201ENST00000344550 1022 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS29Q9UBQ0 GLI4-202ENST00000344692 1012 ntTSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS29Q9UBQ0 PITX2-203ENST00000355080 2100 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS29Q9UBQ0 MDK-204ENST00000395569 686 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS29Q9UBQ0 GAS7-202ENST00000396115 929 ntTSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS29Q9UBQ0 MAGI2-AS3-202ENST00000422093 762 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS29Q9UBQ0 PRKY-204ENST00000533551 1019 ntBASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS29Q9UBQ0 EMC9-206ENST00000560403 872 ntTSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS29Q9UBQ0 AC127496.6-201ENST00000576215 338 ntTSL 3 BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS29Q9UBQ0 FXYD1-204ENST00000588081 645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS29Q9UBQ0 SMAGP-206ENST00000604188 433 ntTSL 3 BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS29Q9UBQ0 TMEM191B-201ENST00000612978 1220 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS29Q9UBQ0 AC005225.2-202ENST00000617980 408 ntTSL 4 BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS29Q9UBQ0 TBXA2R-201ENST00000375190 2608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS29Q9UBQ0 YBX3-201ENST00000228251 1796 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS29Q9UBQ0 KRT9-201ENST00000246662 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS29Q9UBQ0 AGAP5-203ENST00000581191 2779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS29Q9UBQ0 PDCD10-201ENST00000392750 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS29Q9UBQ0 AC008691.1-203ENST00000515337 1580 ntTSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS29Q9UBQ0 RPP25-201ENST00000322177 3049 ntAPPRIS P1 BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS29Q9UBQ0 ANGPTL4-201ENST00000301455 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS29Q9UBQ0 GCOM1-201ENST00000380568 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS29Q9UBQ0 PPM1B-201ENST00000282412 2606 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS29Q9UBQ0 MRM3-201ENST00000304478 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS29Q9UBQ0 HOXB9-201ENST00000311177 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS29Q9UBQ0 ARRB2-216ENST00000574954 1348 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS29Q9UBQ0 UPP1-201ENST00000331803 1932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS29Q9UBQ0 MTFR1L-202ENST00000374301 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS29Q9UBQ0 C10orf91-201ENST00000321248 1257 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS29Q9UBQ0 PTPMT1-202ENST00000326674 768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS29Q9UBQ0 DUSP23-201ENST00000368107 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS29Q9UBQ0 HES2-203ENST00000377837 1222 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS29Q9UBQ0 LINC01881-205ENST00000456398 1235 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS29Q9UBQ0 AC035140.1-201ENST00000507957 493 ntTSL 3 BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS29Q9UBQ0 RNA5SP413-201ENST00000516373 109 ntBASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS29Q9UBQ0 SPI1-204ENST00000533968 1290 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS29Q9UBQ0 C14orf28-204ENST00000557112 1097 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS29Q9UBQ0 ACBD4-207ENST00000586346 1579 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS29Q9UBQ0 SYNGR4-202ENST00000595322 533 ntTSL 3 BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS29Q9UBQ0 AC008403.3-201ENST00000598924 454 ntBASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS29Q9UBQ0 ZNF264-205ENST00000599653 705 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS29Q9UBQ0 MAGIX-206ENST00000615626 1057 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS29Q9UBQ0 CNOT6-201ENST00000261951 6176 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS29Q9UBQ0 SORCS3-201ENST00000369699 5530 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS29Q9UBQ0 TRIM7-205ENST00000422067 1954 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS29Q9UBQ0 FMN2-201ENST00000319653 6434 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS29Q9UBQ0 ZNF598-204ENST00000563630 3371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS29Q9UBQ0 MB21D1-202ENST00000370318 1917 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS29Q9UBQ0 FAM83A-205ENST00000522648 1604 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
VPS29Q9UBQ0 TMEM53-202ENST00000372237 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
VPS29Q9UBQ0 SDHAP1-207ENST00000440850 2000 ntBASIC18.52■□□□□ 0.56
VPS29Q9UBQ0 RPL7-202ENST00000396465 1308 ntTSL 3 BASIC18.52■□□□□ 0.56
VPS29Q9UBQ0 KLHL2-201ENST00000226725 3134 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
VPS29Q9UBQ0 YPEL5-205ENST00000402708 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
VPS29Q9UBQ0 CD82-201ENST00000227155 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
VPS29Q9UBQ0 TREX2-203ENST00000338525 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
VPS29Q9UBQ0 NOL3-204ENST00000564053 1592 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
VPS29Q9UBQ0 MPV17L-202ENST00000396385 1037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
VPS29Q9UBQ0 MAP1LC3A-203ENST00000397709 698 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.52■□□□□ 0.56
VPS29Q9UBQ0 AP003097.1-201ENST00000530657 1135 ntBASIC18.52■□□□□ 0.56
VPS29Q9UBQ0 CAPN5-206ENST00000531028 534 ntTSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
VPS29Q9UBQ0 RHOD-202ENST00000532559 538 ntTSL 3 BASIC18.52■□□□□ 0.56
VPS29Q9UBQ0 CLN6-207ENST00000566347 981 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
VPS29Q9UBQ0 IKBKG-214ENST00000618670 2069 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
VPS29Q9UBQ0 TJP1-208ENST00000495972 2890 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
VPS29Q9UBQ0 TP53BP2-202ENST00000391878 4741 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
VPS29Q9UBQ0 ERCC2-203ENST00000391944 2334 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
VPS29Q9UBQ0 GTF3C5-201ENST00000342018 1905 ntTSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
VPS29Q9UBQ0 NRXN1-208ENST00000405472 5724 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 AC013268.5-201ENST00000454928 1959 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 ZNF385C-201ENST00000436535 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 LIPG-203ENST00000577628 2323 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 UBTF-202ENST00000343638 4684 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 SYTL1-201ENST00000318074 1900 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 MAEA-208ENST00000505839 1444 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 LYSMD4-202ENST00000344791 2885 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 AUTS2-201ENST00000342771 6173 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 CHST2-201ENST00000309575 4582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 SEPT8-216ENST00000620483 4335 ntTSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 POMC-201ENST00000264708 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 IFI6-203ENST00000362020 828 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 LINC00894-209ENST00000458274 547 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 EXOSC4-202ENST00000525936 606 ntTSL 3 BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 LINC00654-202ENST00000589201 579 ntTSL 3 BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 DEDD2-205ENST00000596251 1183 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 ADAP1-217ENST00000611167 2118 ntTSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 IL15RA-222ENST00000622442 1160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 NFIB-208ENST00000397581 3318 ntTSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 TCIRG1-213ENST00000532635 2457 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 AC007192.1-201ENST00000593731 5142 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 PLPBP-201ENST00000328195 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 IL15-208ENST00000529613 1355 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 P3H4-201ENST00000355468 2791 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 AP003356.1-202ENST00000517910 2770 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 LINC01356-201ENST00000401018 1819 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 AL161938.1-201ENST00000569833 2180 ntBASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 KSR1-205ENST00000509603 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 OGFOD2-201ENST00000228922 1780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 ANKDD1B-204ENST00000601380 2569 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS29Q9UBQ0 RAB7A-201ENST00000265062 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.7 ms