Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 AC007249.2-201ENST00000553181 1737 ntTSL 5 BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 CLK3-202ENST00000395066 2621 ntTSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 GUCY1A3-210ENST00000513574 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 MOK-225ENST00000522867 1883 ntTSL 5 BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 WWC3-201ENST00000380861 6647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 SLC16A5-201ENST00000329783 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 GLIPR2-203ENST00000396613 1917 ntTSL 4 BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 LINC01521-201ENST00000504184 1943 ntBASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 UBE2F-201ENST00000272930 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 ASCL5-201ENST00000449188 2026 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 NTRK3-206ENST00000540489 2145 ntTSL 5 BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 OBSL1-203ENST00000373876 5503 ntTSL 5 BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 SYNM-202ENST00000336292 7394 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 EXOC3L2-201ENST00000252482 1230 ntTSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 IZUMO2-201ENST00000293405 728 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 HMGB3P22-201ENST00000442010 597 ntTSL 2 BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 LY6E-214ENST00000522971 857 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 ALKAL1-202ENST00000523939 536 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 AC084032.1-201ENST00000552324 578 ntTSL 4 BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 CYGB-204ENST00000589342 815 ntTSL 3 BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 AP000692.2-201ENST00000608391 879 ntBASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 ISOC2-201ENST00000085068 1122 ntTSL 2 BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 SOX15-201ENST00000250055 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 PPM1D-204ENST00000629650 1525 ntTSL 5 BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 CAMK4-210ENST00000512453 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 PHOSPHO1-202ENST00000413580 2173 ntTSL 2 BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 NDRG2-215ENST00000553503 2162 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 TRPV6-209ENST00000638686 2298 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 CDK13-201ENST00000181839 7298 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 CENPA-201ENST00000233505 1299 ntTSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 KRT16-201ENST00000301653 1644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 HRAS-201ENST00000311189 894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 P4HB-201ENST00000331483 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 DYRK3-202ENST00000367108 2218 ntTSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 SLC27A4-202ENST00000372870 1557 ntTSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 C6orf48-206ENST00000375641 602 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 MTUS2-202ENST00000380808 1793 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 MAP2K2-202ENST00000394867 1471 ntTSL 5 BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 EGLN2-202ENST00000406058 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 ACHE-203ENST00000411582 2179 ntTSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 SUMO3-204ENST00000411651 1921 ntTSL 2 BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 NUDT4-202ENST00000415493 4839 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 MTMR9LP-204ENST00000441044 2624 ntTSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 NYAP1-202ENST00000454988 2777 ntTSL 5 BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 AL139246.2-201ENST00000456687 1297 ntTSL 5 BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 PTGER3-209ENST00000460330 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 CEBPA-201ENST00000498907 2631 ntAPPRIS P1 BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 SELENOS-203ENST00000526049 1188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 GOLGA2P7-203ENST00000557881 896 ntTSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 MINOS1-NBL1-204ENST00000602662 1623 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 GOLGA2P10-205ENST00000618267 983 ntTSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 SCPEP1-216ENST00000631024 444 ntTSL 5 BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 MYH7B-201ENST00000262873 6293 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 MAN1A1-201ENST00000368468 5014 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 HABP4-201ENST00000375249 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 COMT-202ENST00000361682 2437 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 JAKMIP1-203ENST00000409371 2420 ntTSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 DNAJC7-203ENST00000457167 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 ZNF773-204ENST00000598770 2019 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.86■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 ACBD4-203ENST00000398322 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 MAN1B1-AS1-201ENST00000596585 1872 ntBASIC18.86■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 HYLS1-203ENST00000526028 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.86■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 BRSK2-215ENST00000544817 1842 ntTSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 AR-204ENST00000504326 3615 ntTSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 LINC01558-202ENST00000495520 1652 ntTSL 2 BASIC18.86■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 TMEM179-206ENST00000616017 1645 ntBASIC18.86■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 AMDHD2-201ENST00000293971 1459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 AC004890.2-202ENST00000463462 1494 ntTSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 LGALS8-AS1-201ENST00000487567 1457 ntBASIC18.86■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 HMBS-214ENST00000542729 1469 ntTSL 2 BASIC18.86■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 CENPH-206ENST00000515001 1305 ntTSL 2 BASIC18.86■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 LRRC23-202ENST00000323702 1208 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 EDARADD-201ENST00000334232 858 ntTSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 MDK-201ENST00000359803 985 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.86■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 TSPO2-202ENST00000373161 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 ERICH4-201ENST00000378187 946 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.86■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 SLC25A48-202ENST00000412661 1148 ntTSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 AC004951.3-201ENST00000418645 1148 ntBASIC18.86■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 SLC25A48-204ENST00000433282 1111 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.86■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 TSPO2-203ENST00000470917 699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 AC087498.1-201ENST00000572493 945 ntAPPRIS P1 BASIC18.86■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 NTF6B-201ENST00000591913 560 ntBASIC18.86■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 FFAR4-203ENST00000604414 1142 ntTSL 3 BASIC18.86■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 TPGS2-221ENST00000614939 1268 ntTSL 4 BASIC18.86■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 TDRP-202ENST00000427263 2465 ntTSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 SPHK1-203ENST00000545180 2238 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.86■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 SNAP91-211ENST00000520213 2168 ntTSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 SSH3-202ENST00000308298 2046 ntTSL 2 BASIC18.86■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 NF2-201ENST00000334961 2020 ntTSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 MTFR1L-203ENST00000374303 2004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 BTBD9-205ENST00000419706 2034 ntTSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 KLHL31-202ENST00000407079 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 FAM91A1-201ENST00000334705 5511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 LY6K-201ENST00000292430 2671 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 PDCD2-204ENST00000453163 2657 ntTSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 WWOX-202ENST00000402655 1594 ntTSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 TMEM8A-201ENST00000250930 2346 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 AP001922.1-201ENST00000499390 1504 ntTSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 COL13A1-202ENST00000357811 2991 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
CCDC3Q9BQI4 ACD-203ENST00000602320 1408 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 56.6 ms