Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 CEP85L-205ENST00000419517 2079 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
RPUSD4Q96CM3 ZNF395-211ENST00000523202 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
RPUSD4Q96CM3 RNF121-201ENST00000361756 2625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
RPUSD4Q96CM3 ACBD4-207ENST00000586346 1579 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
RPUSD4Q96CM3 SLC22A17-211ENST00000637426 1563 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
RPUSD4Q96CM3 SENP5-201ENST00000323460 6308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
RPUSD4Q96CM3 MMP23B-201ENST00000356026 1326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
RPUSD4Q96CM3 USP49-202ENST00000373010 2446 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
RPUSD4Q96CM3 CAMKV-205ENST00000467248 1688 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
RPUSD4Q96CM3 ST3GAL3-239ENST00000545417 1667 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
RPUSD4Q96CM3 TACC3-213ENST00000617535 1693 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
RPUSD4Q96CM3 RAB28-208ENST00000630951 1679 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
RPUSD4Q96CM3 TBC1D10A-204ENST00000403477 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
RPUSD4Q96CM3 ATRIP-201ENST00000320211 2590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
RPUSD4Q96CM3 PAGR1-201ENST00000320330 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
RPUSD4Q96CM3 DUSP4-201ENST00000240100 5537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
RPUSD4Q96CM3 BOD1L2-201ENST00000585477 3239 ntAPPRIS P1 BASIC15.34■□□□□ 0.05
RPUSD4Q96CM3 EIF2B1-204ENST00000537073 1768 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
RPUSD4Q96CM3 SEPT9-246ENST00000592951 1793 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
RPUSD4Q96CM3 SMPD3-203ENST00000563226 2093 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
RPUSD4Q96CM3 PJA1-202ENST00000374571 2672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
RPUSD4Q96CM3 FBF1-205ENST00000586717 4825 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
RPUSD4Q96CM3 RUBCNL-203ENST00000378787 2731 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
RPUSD4Q96CM3 T-201ENST00000296946 2436 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
RPUSD4Q96CM3 GSTM3-202ENST00000361066 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
RPUSD4Q96CM3 TPSG1-201ENST00000234798 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
RPUSD4Q96CM3 UCHL1-201ENST00000284440 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
RPUSD4Q96CM3 MIR31HG-201ENST00000304425 745 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
RPUSD4Q96CM3 FAM219A-205ENST00000379084 893 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
RPUSD4Q96CM3 IGHV3-33-201ENST00000390615 431 ntAPPRIS P1 BASIC15.34■□□□□ 0.05
RPUSD4Q96CM3 UCHL1-210ENST00000512788 785 ntTSL 3 BASIC15.34■□□□□ 0.05
RPUSD4Q96CM3 RAP1B-220ENST00000539091 977 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
RPUSD4Q96CM3 IGHV3-30-201ENST00000603660 431 ntAPPRIS P1 BASIC15.34■□□□□ 0.05
RPUSD4Q96CM3 RAB43-208ENST00000615093 783 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
RPUSD4Q96CM3 SLC35A3-213ENST00000638988 1286 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
RPUSD4Q96CM3 ZBTB7C-201ENST00000535628 4818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
RPUSD4Q96CM3 PLEKHB1-203ENST00000398492 2275 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
RPUSD4Q96CM3 NR1H2-201ENST00000253727 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
RPUSD4Q96CM3 SCD5-201ENST00000273908 1995 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
RPUSD4Q96CM3 AC073107.1-201ENST00000633579 1962 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
RPUSD4Q96CM3 TALDO1-201ENST00000319006 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
RPUSD4Q96CM3 PRKCB-202ENST00000321728 2689 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
RPUSD4Q96CM3 OLA1-201ENST00000284719 4417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
RPUSD4Q96CM3 PTDSS1-202ENST00000517309 5177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
RPUSD4Q96CM3 BEND4-202ENST00000504360 8692 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
RPUSD4Q96CM3 GLIS1-201ENST00000312233 2812 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
RPUSD4Q96CM3 GLIS1-202ENST00000628545 2807 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
RPUSD4Q96CM3 CACNA1I-201ENST00000401624 6740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
RPUSD4Q96CM3 MYO1B-202ENST00000339514 5026 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
RPUSD4Q96CM3 MUTYH-203ENST00000372098 1839 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
RPUSD4Q96CM3 MUTYH-204ENST00000372104 1823 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
RPUSD4Q96CM3 MUTYH-205ENST00000372110 1809 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
RPUSD4Q96CM3 VKORC1L1-201ENST00000360768 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
RPUSD4Q96CM3 RASA4B-201ENST00000306682 2589 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
RPUSD4Q96CM3 PDE4A-202ENST00000344979 2579 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
RPUSD4Q96CM3 ZNF446-203ENST00000594369 2238 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
RPUSD4Q96CM3 SOCS7-201ENST00000612932 7857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
RPUSD4Q96CM3 POLDIP2-202ENST00000618887 1524 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.05
RPUSD4Q96CM3 ST8SIA1-204ENST00000404299 1920 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
RPUSD4Q96CM3 HNF1A-202ENST00000400024 2337 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.05
RPUSD4Q96CM3 GLT8D1-213ENST00000491606 1577 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.05
RPUSD4Q96CM3 GOLGA2P11-201ENST00000562660 1621 ntBASIC15.33■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 GPR139-202ENST00000570682 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 TMEM263-204ENST00000548125 3349 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 EFNA2-201ENST00000215368 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 MANBAL-202ENST00000373606 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 AL731577.2-201ENST00000508096 555 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 FEZ1-205ENST00000524435 750 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 RRN3-205ENST00000563559 2128 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 ADAP1-217ENST00000611167 2118 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 DHPS-223ENST00000614126 1124 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 AC093762.3-201ENST00000641918 318 ntAPPRIS P1 BASIC15.33■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 MME-202ENST00000382989 1319 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 KRT7-201ENST00000331817 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 ARHGAP11A-201ENST00000361627 5898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 SPINT2-202ENST00000454580 1367 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 CDCP1-202ENST00000425231 1416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 AC004854.2-201ENST00000608450 1441 ntBASIC15.33■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 ZNF846-205ENST00000588267 1943 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 PARD3-205ENST00000374773 3420 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 FOXD4L1-201ENST00000306507 2491 ntAPPRIS P1 BASIC15.33■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 WISP2-202ENST00000372865 1518 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 PDE6B-202ENST00000429163 2120 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 RIF1-204ENST00000430328 7992 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 UCHL5-206ENST00000367455 5327 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 AC022916.1-201ENST00000590478 2658 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 PGM5-202ENST00000396396 3338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 TRAPPC2L-201ENST00000301021 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 MAP7-209ENST00000618822 4497 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 NOMO1-208ENST00000620755 3921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 CDH23-205ENST00000398809 4533 ntTSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 MEN1-205ENST00000377316 2868 ntTSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 CELF6-202ENST00000395258 1741 ntTSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 RAB22A-201ENST00000244040 8670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 AL355987.1-201ENST00000435202 2420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 FBLIM1-202ENST00000375766 3695 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 ZBTB16-201ENST00000335953 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 COX5B-201ENST00000258424 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 TCTEX1D4-201ENST00000339355 763 ntAPPRIS P1 BASIC15.32■□□□□ 0.04
RPUSD4Q96CM3 RAP1B-202ENST00000341355 714 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.32■□□□□ 0.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 74.2 ms