Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 SLC1A6-202ENST00000430939 1794 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 SAAL1-202ENST00000524803 1582 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 PYURF-201ENST00000273968 1361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 GLI4-202ENST00000344692 1012 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 LIME1-205ENST00000480139 819 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.82■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 LEF1-AS1-203ENST00000507799 459 ntTSL 3 BASIC22.82■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 KRT18P16-201ENST00000510337 1294 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 H1FX-AS1-204ENST00000511998 917 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 SOX15-202ENST00000538513 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 AC011611.3-201ENST00000552367 569 ntTSL 4 BASIC22.82■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 SOX15-203ENST00000570788 1093 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 PAQR4-205ENST00000576565 842 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 KLF2-202ENST00000592003 564 ntTSL 3 BASIC22.82■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 LRRC4B-202ENST00000599957 3019 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.82■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 HTRA3-201ENST00000307358 2541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 OTOP2-201ENST00000331427 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 MRGPRG-AS1-201ENST00000420873 1818 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 ERLIN2-202ENST00000335171 1742 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 CCND3-204ENST00000414200 1724 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 PDP1-208ENST00000520728 2554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 MPV17L2-204ENST00000599612 1408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 RPL7-202ENST00000396465 1308 ntTSL 3 BASIC22.82■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 ASB6-202ENST00000277459 2180 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 TPCN2-201ENST00000294309 2931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM191A-208ENST00000450925 1961 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 NDUFV3-202ENST00000354250 1575 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 TREX2-203ENST00000338525 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 AC120498.9-201ENST00000339021 3867 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 AGER-207ENST00000375076 1492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 KCNQ5-207ENST00000403813 6539 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 PHF2-202ENST00000375376 3045 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 C11orf80-214ENST00000532565 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 P2RY6-203ENST00000393591 1829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 CFC1-201ENST00000259216 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 CFC1B-201ENST00000281882 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 MRPS26-201ENST00000380325 1127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 HAGH-201ENST00000397353 1257 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 RAMP1-202ENST00000403885 650 ntTSL 3 BASIC22.81■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 AC069152.1-201ENST00000438030 544 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 NCBP2-207ENST00000452404 1133 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 AC008667.2-201ENST00000504413 469 ntTSL 3 BASIC22.81■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 PLEKHB1-216ENST00000543085 632 ntTSL 3 BASIC22.81■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 AC113189.1-201ENST00000570444 327 ntTSL 3 BASIC22.81■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 CIRBP-213ENST00000587323 1092 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 AC133041.1-202ENST00000642053 222 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 CDK13-202ENST00000340829 5066 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 SLC27A3-204ENST00000368661 2410 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 FBXL20-202ENST00000394294 2309 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 LAMP1-201ENST00000332556 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 FGF2-201ENST00000264498 6775 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 PHLDB3-201ENST00000292140 2591 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 ADPGK-201ENST00000311669 2557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 GATM-201ENST00000396659 2597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 PPFIA1-201ENST00000253925 5234 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 C19orf84-202ENST00000574814 1318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 AUP1-201ENST00000377526 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 TRIP6-201ENST00000200457 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 FAM87B-201ENST00000326734 1947 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 SCARF2-202ENST00000622235 3232 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM179-201ENST00000341595 2513 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 LARGE2-202ENST00000401752 2516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 SUDS3-204ENST00000543473 4897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM53-205ENST00000372244 1472 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 PDLIM2-207ENST00000409417 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 NTRK1-206ENST00000524377 2432 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 CPNE7-201ENST00000268720 2657 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 KMT5B-203ENST00000401547 2666 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 TFDP2-202ENST00000467072 1853 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 NCF1B-202ENST00000432102 930 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 TXNL4A-203ENST00000585474 1185 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 NDUFA6-AS1-207ENST00000595777 833 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 AC008687.6-201ENST00000596318 630 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 TIMM50-213ENST00000599794 786 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 VIM-AS1-202ENST00000605833 918 ntTSL 3 BASIC22.8■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 AL160396.2-202ENST00000636692 566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 FAM189B-204ENST00000368368 2609 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 DBNL-219ENST00000490734 2004 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 MOXD1-203ENST00000392401 2191 ntTSL 4 BASIC22.8■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 ARHGAP11A-208ENST00000567348 2422 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 AC006333.2-201ENST00000607957 2099 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 VWA8-AS1-201ENST00000611103 2079 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 KATNAL2-208ENST00000592005 1348 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 SIX5-203ENST00000560168 1975 ntTSL 4 BASIC22.8■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 TBC1D9-201ENST00000442267 5306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 MFSD10-201ENST00000329687 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 GTF3C5-201ENST00000342018 1905 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 SAMD14-203ENST00000503131 1938 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 VMO1-201ENST00000328739 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 TREX2-204ENST00000370212 861 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 TREX2-205ENST00000370231 1255 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 TREX2-207ENST00000393862 907 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 TSPAN14-209ENST00000481124 808 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 AC142086.2-201ENST00000569753 217 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 PCBP3-206ENST00000400314 2202 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 EIF4E3-201ENST00000295612 2764 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 UBL4A-202ENST00000369660 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 PPP1R12C-202ENST00000435544 2363 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 RIMBP3C-202ENST00000433039 5784 ntAPPRIS P2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 ATPAF2-206ENST00000474627 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 CDH22-201ENST00000372262 3661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.6 ms