Protein–RNA interactions for Protein: Q9H0E7

USP44, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 44, humanhuman

Predictions only

Length 712 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP44Q9H0E7 HIKESHI-207ENST00000533986 1694 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP44Q9H0E7 KLRG2-201ENST00000340940 2197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP44Q9H0E7 TRMT6-202ENST00000453074 2239 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP44Q9H0E7 PKD1P6-201ENST00000343738 4769 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
USP44Q9H0E7 VSIG2-202ENST00000403470 1191 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP44Q9H0E7 TMEM235-204ENST00000551068 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP44Q9H0E7 ANP32AP1-202ENST00000560832 1074 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP44Q9H0E7 SPHK1-207ENST00000590959 1851 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP44Q9H0E7 PTPRJ-201ENST00000418331 5122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP44Q9H0E7 ALDH7A1-215ENST00000553117 1935 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP44Q9H0E7 ASMTL-202ENST00000381333 2035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP44Q9H0E7 ACBD4-204ENST00000431281 2026 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP44Q9H0E7 TSC22D4-202ENST00000393991 1469 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP44Q9H0E7 NLRP6-201ENST00000312165 2679 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP44Q9H0E7 SLC22A18-202ENST00000347936 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP44Q9H0E7 TINAGL1-201ENST00000271064 2187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP44Q9H0E7 WNT7B-202ENST00000409496 2285 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP44Q9H0E7 TMEM235-203ENST00000550981 1786 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP44Q9H0E7 DMWD-202ENST00000377735 3292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP44Q9H0E7 MAP3K11-210ENST00000532507 1812 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP44Q9H0E7 FAM87B-201ENST00000326734 1947 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP44Q9H0E7 MBD1-216ENST00000587605 1945 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP44Q9H0E7 EEF1A2-201ENST00000217182 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP44Q9H0E7 AC005906.2-203ENST00000640962 2091 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP44Q9H0E7 HCRT-201ENST00000293330 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP44Q9H0E7 TREX2-203ENST00000338525 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP44Q9H0E7 ZFYVE1-202ENST00000394207 1183 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP44Q9H0E7 CDKN1B-202ENST00000396340 897 ntTSL 3 BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP44Q9H0E7 BX088651.1-201ENST00000540551 451 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
USP44Q9H0E7 AC117500.4-201ENST00000542797 617 ntTSL 3 BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP44Q9H0E7 SMIM1-203ENST00000561886 491 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP44Q9H0E7 PAQR4-203ENST00000572687 2251 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP44Q9H0E7 MED25-201ENST00000312865 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP44Q9H0E7 TUBA8-201ENST00000316027 1518 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP44Q9H0E7 SLC25A39-202ENST00000377095 1565 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP44Q9H0E7 KCNIP4-206ENST00000447367 1641 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP44Q9H0E7 ANKRD29-201ENST00000322980 1658 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP44Q9H0E7 ISM2-207ENST00000493585 1739 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP44Q9H0E7 FAM3A-215ENST00000447601 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP44Q9H0E7 CRTC1-204ENST00000601916 1834 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP44Q9H0E7 FAM83E-201ENST00000263266 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
USP44Q9H0E7 CTBP2-205ENST00000411419 2036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
USP44Q9H0E7 GPR3-201ENST00000374024 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
USP44Q9H0E7 ARHGAP11A-205ENST00000563864 2279 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
USP44Q9H0E7 DSCC1-201ENST00000313655 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
USP44Q9H0E7 DGKZ-203ENST00000421244 2862 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
USP44Q9H0E7 KRAS-201ENST00000256078 1119 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
USP44Q9H0E7 OR10H2-201ENST00000305899 1041 ntAPPRIS P1 BASIC24.23■■□□□ 1.47
USP44Q9H0E7 AC004951.3-201ENST00000418645 1148 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
USP44Q9H0E7 GXYLT1P3-201ENST00000453058 1193 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
USP44Q9H0E7 AC087498.1-201ENST00000572493 945 ntAPPRIS P1 BASIC24.23■■□□□ 1.47
USP44Q9H0E7 AC011298.2-201ENST00000617989 482 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
USP44Q9H0E7 RPS6KB2-201ENST00000312629 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
USP44Q9H0E7 PUF60-202ENST00000349157 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
USP44Q9H0E7 WIPF1-202ENST00000359761 2003 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
USP44Q9H0E7 FOXC2-201ENST00000320354 2478 ntAPPRIS P1 BASIC24.22■■□□□ 1.47
USP44Q9H0E7 SLC25A24-204ENST00000569674 2357 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
USP44Q9H0E7 DLK2-201ENST00000357338 2038 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
USP44Q9H0E7 ENTPD8-204ENST00000472938 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
USP44Q9H0E7 PNMA2-204ENST00000522362 4965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
USP44Q9H0E7 IMMP2L-202ENST00000405709 1522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
USP44Q9H0E7 SLC35E2-201ENST00000246421 1430 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
USP44Q9H0E7 NT5C1A-201ENST00000235628 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
USP44Q9H0E7 ELF3-AS1-202ENST00000419190 788 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
USP44Q9H0E7 LTB-210ENST00000429299 897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
USP44Q9H0E7 KCNMA1-220ENST00000481070 896 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
USP44Q9H0E7 ASPHD1-203ENST00000483405 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.22■■□□□ 1.47
USP44Q9H0E7 NEURL1B-202ENST00000520919 1089 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
USP44Q9H0E7 TMEM263-203ENST00000547242 811 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
USP44Q9H0E7 TGIF1-222ENST00000577543 729 ntTSL 3 BASIC24.22■■□□□ 1.47
USP44Q9H0E7 AP000692.2-201ENST00000608391 879 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
USP44Q9H0E7 FAM76B-204ENST00000536839 2546 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
USP44Q9H0E7 DBNL-219ENST00000490734 2004 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
USP44Q9H0E7 SLC25A41-201ENST00000321510 1532 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
USP44Q9H0E7 NRP2-206ENST00000417189 2386 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
USP44Q9H0E7 SLC25A3-211ENST00000548847 1369 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
USP44Q9H0E7 HOXA9-202ENST00000396345 797 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
USP44Q9H0E7 CHCHD10-202ENST00000484558 1171 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
USP44Q9H0E7 ADGRD1-AS1-202ENST00000542980 1277 ntTSL 4 BASIC24.21■■□□□ 1.47
USP44Q9H0E7 AC020913.2-201ENST00000601929 629 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
USP44Q9H0E7 AP000525.1-201ENST00000608286 694 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
USP44Q9H0E7 AC103746.1-201ENST00000617440 1133 ntTSL 3 BASIC24.21■■□□□ 1.47
USP44Q9H0E7 AGAP4-207ENST00000616763 2784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
USP44Q9H0E7 SOX2-201ENST00000325404 2513 ntAPPRIS P1 BASIC24.21■■□□□ 1.47
USP44Q9H0E7 USP21-203ENST00000368002 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
USP44Q9H0E7 STX18-201ENST00000306200 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
USP44Q9H0E7 ACD-201ENST00000219251 2052 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.47
USP44Q9H0E7 C1orf210-202ENST00000523677 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
USP44Q9H0E7 PLD4-204ENST00000540372 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.47
USP44Q9H0E7 KRT1-201ENST00000252244 2451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
USP44Q9H0E7 FBXL18-203ENST00000453700 1932 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
USP44Q9H0E7 HSD11B1L-221ENST00000583928 1319 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
USP44Q9H0E7 PDLIM2-204ENST00000397760 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
USP44Q9H0E7 UNC93B2-201ENST00000285383 730 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
USP44Q9H0E7 DERL1-203ENST00000419562 918 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
USP44Q9H0E7 RARRES1-204ENST00000479756 839 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
USP44Q9H0E7 NUBP2-206ENST00000565134 815 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
USP44Q9H0E7 PDCD5-207ENST00000590247 699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
USP44Q9H0E7 ZNF667-AS1-206ENST00000591797 535 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
USP44Q9H0E7 FFAR3-201ENST00000327809 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.5 ms