Protein–RNA interactions for Protein: Q96PN7

TRERF1, Transcriptional-regulating factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRERF1Q96PN7 HIC1-207ENST00000619757 6711 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 MAP2K2-202ENST00000394867 1471 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 CELF6-205ENST00000567083 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 ASCL5-201ENST00000449188 2026 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.47■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 HOXD11-201ENST00000249504 1533 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.47■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 NCLN-205ENST00000590671 2070 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 CEL-201ENST00000372080 2384 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 HYLS1-203ENST00000526028 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 MOK-225ENST00000522867 1883 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 MGAT3-201ENST00000341184 5062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 ATP5S-204ENST00000426751 1171 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 FBXO32-202ENST00000443022 1227 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 TK2-213ENST00000563369 882 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 SLC39A11-207ENST00000579732 1004 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 AC006942.1-201ENST00000600669 520 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 CCDC28A-203ENST00000617445 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 AC010947.1-201ENST00000623454 693 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 CACNB2-203ENST00000352115 1911 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 ARNTL2-204ENST00000395901 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 CENPH-206ENST00000515001 1305 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 APIP-201ENST00000395787 1366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 CNEP1R1-203ENST00000458059 2965 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 ZNF326-202ENST00000361911 1538 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 EVC-201ENST00000264956 6431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 CCDC91-207ENST00000539107 2440 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 SLC35A3-205ENST00000465289 5696 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 ARHGEF18-202ENST00000359920 5733 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 RASD1-201ENST00000225688 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 KLHDC4-201ENST00000270583 1886 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.19
TRERF1Q96PN7 USP36-203ENST00000542802 6063 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 STRBP-201ENST00000348403 3337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 SHKBP1-225ENST00000600733 2284 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 CHCHD6-204ENST00000508789 1159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 CYB561-214ENST00000582034 1193 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 CIRBP-217ENST00000588230 1013 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 AC027682.4-201ENST00000605277 798 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 HLA-A-209ENST00000638375 975 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 GSTM4-201ENST00000326729 1321 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 BTBD1-202ENST00000379403 1467 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 USP48-201ENST00000308271 4595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 NPIPA8-201ENST00000525596 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 FBXO41-204ENST00000520530 3293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 PITX2-201ENST00000306732 2320 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 ADORA2A-214ENST00000611543 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 TRIM74-201ENST00000285805 1350 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 KRT16-201ENST00000301653 1644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 MTX1-201ENST00000316721 1441 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 ACBD4-201ENST00000321854 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 TRIM73-201ENST00000323819 1358 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 ING1-202ENST00000338450 1189 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 NAT6-201ENST00000354862 1330 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 MLLT10-205ENST00000377100 1136 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 AMN1-211ENST00000541931 880 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 AC018521.5-202ENST00000577279 374 ntTSL 3 BASIC22.44■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 AC018521.5-201ENST00000582787 496 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 MAP3K14-AS1-202ENST00000585351 893 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 AC008649.1-201ENST00000589557 516 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 GRAMD4P8-201ENST00000605465 1115 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 RPS27A-211ENST00000639844 606 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 CNTNAP3B-202ENST00000341990 2666 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 PGAP1-204ENST00000409475 2443 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 CYP1B1-207ENST00000614273 2174 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 LINC00482-201ENST00000332012 2023 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 AL512408.1-201ENST00000569378 2000 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 CASKIN1-201ENST00000343516 5759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 AC026362.1-201ENST00000540866 5618 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 CCDC71-201ENST00000321895 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 SNN-201ENST00000329565 3312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 AP001271.2-201ENST00000624018 1556 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 ZDHHC14-203ENST00000359775 7380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 GPBAR1-202ENST00000519574 1382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 AC073343.2-203ENST00000366167 564 ntTSL 4 BASIC22.43■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 RXFP4-201ENST00000368318 1240 ntAPPRIS P1 BASIC22.43■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 BEX3-204ENST00000372645 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 TMPOP1-202ENST00000424642 1267 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 ZNF534-203ENST00000432303 956 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 CCDC124-201ENST00000445755 938 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 RN7SL850P-201ENST00000579959 291 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 CCDC124-203ENST00000597436 1055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 AC005363.2-201ENST00000618631 242 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 PRKAR1B-212ENST00000544935 2494 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 IGFBP3-210ENST00000613132 2412 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 GRK4-203ENST00000398052 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 STAU2-229ENST00000524300 3065 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 ANKRD16-203ENST00000380094 2738 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 MARK2-211ENST00000513765 2671 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 RNF224-201ENST00000445101 1798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.43■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 LZTS3-201ENST00000329152 5257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 NR2F2-201ENST00000394166 5275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 FUT4-201ENST00000358752 6059 ntAPPRIS P1 BASIC22.43■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 KRT87P-201ENST00000529785 1700 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 CBWD3-201ENST00000360171 2165 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 IL17RC-205ENST00000413608 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 PAIP1-201ENST00000306846 2782 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 PRSS50-202ENST00000315170 1372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 SLC25A3-211ENST00000548847 1369 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 AP005212.1-201ENST00000581547 1997 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 RHOC-204ENST00000369633 1295 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.42■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 MAP1LC3A-203ENST00000397709 698 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.42■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 NME6-209ENST00000442597 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.8 ms