Protein–RNA interactions for Protein: Q68DE3

USF3, Basic helix-loop-helix domain-containing protein USF3, humanhuman

Predictions only

Length 2,245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF3Q68DE3 AL731557.1-201ENST00000425264 744 ntTSL 3 BASIC16.66■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 AL137013.1-201ENST00000432946 1228 ntBASIC16.66■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 NME6-209ENST00000442597 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 ELOVL2-AS1-202ENST00000456616 903 ntTSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 GNB5-211ENST00000560116 918 ntTSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 TFP1-202ENST00000475455 1573 ntBASIC16.66■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 PCSK6-214ENST00000611716 4409 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 KLHL31-202ENST00000407079 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 DPP3P2-201ENST00000416030 1696 ntBASIC16.65■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 HOXD11-201ENST00000249504 1533 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.65■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 PLCG1-AS1-201ENST00000454626 1462 ntTSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 KLC2-204ENST00000394067 2898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 ZNF584-202ENST00000322834 1042 ntTSL 2 BASIC16.65■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 ERICH4-201ENST00000378187 946 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.65■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 CALM3-202ENST00000391918 702 ntTSL 2 BASIC16.65■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 SLC39A2-203ENST00000554422 1259 ntTSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 ARHGDIA-207ENST00000580685 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 NCLN-205ENST00000590671 2070 ntTSL 2 BASIC16.65■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 LHX8-202ENST00000356261 1764 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 PBX1-222ENST00000627490 1769 ntTSL 2 BASIC16.65■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 ACAA1-209ENST00000450296 1570 ntTSL 5 BASIC16.65■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 USP21-203ENST00000368002 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 RBM6-204ENST00000422955 2324 ntTSL 2 BASIC16.65■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 TRMU-202ENST00000381019 1381 ntTSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 CHCHD6-201ENST00000290913 1006 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 HRAS-201ENST00000311189 894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 ID1-202ENST00000376112 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 YBX1P10-201ENST00000444752 975 ntBASIC16.65■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 FDX2-206ENST00000492239 773 ntTSL 2 BASIC16.65■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 STAC3-202ENST00000546246 1014 ntTSL 2 BASIC16.65■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 FFAR4-203ENST00000604414 1142 ntTSL 3 BASIC16.65■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 AC097662.2-201ENST00000641359 267 ntAPPRIS P1 BASIC16.65■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 AC104581.1-201ENST00000324348 2852 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.65■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 NRM-203ENST00000376421 1734 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 PNKP-207ENST00000596014 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 SAAL1-202ENST00000524803 1582 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 FAM46B-201ENST00000289166 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 EPHX4-201ENST00000370383 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 CRACR2B-207ENST00000528542 1792 ntTSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 COL13A1-205ENST00000398978 3093 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.64■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 GNA12-201ENST00000275364 4378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 MAGI2-202ENST00000419488 6800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 FAM212A-201ENST00000333323 1040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 PHYHD1-207ENST00000421063 1182 ntTSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 CHST8-203ENST00000438847 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 ROPN1L-202ENST00000503804 1291 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.64■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 SLC25A39-202ENST00000377095 1565 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 AC116351.2-201ENST00000606540 1585 ntBASIC16.64■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 EZH2-201ENST00000320356 2639 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 SLC12A2-201ENST00000262461 6885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 CXXC4-201ENST00000394767 5565 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.64■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 CDH5-202ENST00000539168 1672 ntTSL 2 BASIC16.64■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 NAT6-201ENST00000354862 1330 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 LETM1-201ENST00000302787 5462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 PEX11G-201ENST00000221480 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 TBC1D7-201ENST00000343141 1027 ntTSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 UBE2C-204ENST00000356455 850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 AC104076.2-201ENST00000448912 469 ntBASIC16.64■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 HRASLS5-205ENST00000539221 1167 ntTSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 ZNF599-203ENST00000588760 948 ntTSL 2 BASIC16.64■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 FBRS-202ENST00000356166 5200 ntTSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 OTUB1-210ENST00000541478 1803 ntTSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 BID-204ENST00000399767 2129 ntTSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 CNR1-203ENST00000369501 6031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 RBM45-207ENST00000616198 1788 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 AL691432.2-201ENST00000607222 2038 ntBASIC16.63■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 EOMES-202ENST00000449599 2829 ntTSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 UBXN6-201ENST00000301281 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 RTBDN-207ENST00000589272 2076 ntTSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 GRIN1-208ENST00000371561 5149 ntTSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 EXOC3L2-201ENST00000252482 1230 ntTSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 NDUFS6-201ENST00000274137 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 DUSP23-203ENST00000368109 729 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 LY6E-211ENST00000521699 1256 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 ATP9A-202ENST00000338821 8106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 HDHD5-201ENST00000155674 1735 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 ZNF12-201ENST00000342651 2921 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 ZMAT3-203ENST00000432729 2944 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 USP25-202ENST00000285681 5216 ntTSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 MLLT1-201ENST00000252674 4507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 FOXP4-205ENST00000409208 3341 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 ZNF398-202ENST00000475153 2860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 PNCK-201ENST00000340888 1508 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 RASD1-201ENST00000225688 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 EMC6-201ENST00000248378 653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 FAM86B2-202ENST00000309608 806 ntTSL 3 BASIC16.62■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 EDARADD-201ENST00000334232 858 ntTSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 ZNF32-201ENST00000374433 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 FAM182B-202ENST00000376404 456 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 CRYGFP-201ENST00000418459 633 ntBASIC16.62■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 AP005242.2-201ENST00000580065 1175 ntBASIC16.62■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 CALM3-208ENST00000596362 1203 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 AMDHD2-201ENST00000293971 1459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 OGFOD2-222ENST00000545317 1481 ntTSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 PCDHB12-202ENST00000622978 2093 ntTSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 FAM129C-205ENST00000595684 2265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 C3orf18-203ENST00000426034 2486 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 TP53RK-201ENST00000372102 2012 ntTSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 TBX6-201ENST00000279386 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
USF3Q68DE3 TBX6-205ENST00000627355 1796 ntTSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.3 ms