Protein–RNA interactions for Protein: O75379

VAMP4, Vesicle-associated membrane protein 4, humanhuman

Predictions only

Length 141 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VAMP4O75379 UBALD1-209ENST00000591897 1275 ntTSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
VAMP4O75379 AC130371.2-201ENST00000619443 611 ntBASIC24.84■■□□□ 1.57
VAMP4O75379 NETO1-207ENST00000583169 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
VAMP4O75379 FAM228A-201ENST00000295150 1774 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
VAMP4O75379 DBNL-219ENST00000490734 2004 ntTSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
VAMP4O75379 PTGER3-209ENST00000460330 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
VAMP4O75379 MELTF-202ENST00000296351 1650 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
VAMP4O75379 TM9SF1-203ENST00000524835 1938 ntTSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
VAMP4O75379 HOXD12-202ENST00000406506 1318 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.84■■□□□ 1.57
VAMP4O75379 EIF2B1-201ENST00000424014 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
VAMP4O75379 FOXD4-201ENST00000382500 1974 ntAPPRIS P1 BASIC24.84■■□□□ 1.57
VAMP4O75379 ENOPH1-203ENST00000509635 1874 ntTSL 3 BASIC24.83■■□□□ 1.57
VAMP4O75379 PAXIP1-202ENST00000404141 3827 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.57
VAMP4O75379 ZNF12-201ENST00000342651 2921 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
VAMP4O75379 CDC42EP1-201ENST00000249014 2181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
VAMP4O75379 LGI3-202ENST00000424267 3114 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
VAMP4O75379 KRTCAP3-201ENST00000288873 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
VAMP4O75379 LINC01122-201ENST00000422723 675 ntTSL 3 BASIC24.83■■□□□ 1.57
VAMP4O75379 AC137630.1-201ENST00000452042 782 ntTSL 4 BASIC24.83■■□□□ 1.57
VAMP4O75379 RPL29-204ENST00000479017 670 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.83■■□□□ 1.57
VAMP4O75379 GLRB-205ENST00000512619 728 ntTSL 3 BASIC24.83■■□□□ 1.57
VAMP4O75379 AL031600.3-201ENST00000566287 1124 ntTSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.57
VAMP4O75379 AC026271.3-201ENST00000571884 352 ntBASIC24.83■■□□□ 1.57
VAMP4O75379 REXO1L10P-201ENST00000615707 1290 ntBASIC24.83■■□□□ 1.57
VAMP4O75379 REXO1L12P-201ENST00000622156 912 ntBASIC24.83■■□□□ 1.57
VAMP4O75379 RCC2P6-201ENST00000526625 1557 ntBASIC24.83■■□□□ 1.57
VAMP4O75379 LRPPRC-202ENST00000409659 1610 ntTSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 DMRT2-205ENST00000382255 2367 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 GAL3ST4-204ENST00000423751 1695 ntTSL 3 BASIC24.82■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 MSGN1-201ENST00000281047 606 ntAPPRIS P1 BASIC24.82■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 NME6-209ENST00000442597 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 B3GAT3P1-201ENST00000471720 806 ntBASIC24.82■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 AC004803.1-203ENST00000539259 501 ntTSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 GCHFR-205ENST00000559932 695 ntTSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 AP003071.4-201ENST00000562276 1284 ntBASIC24.82■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 BX005266.2-202ENST00000446626 2245 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 SMIM4-203ENST00000477703 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 TSC22D4-202ENST00000393991 1469 ntTSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 MYEOV-202ENST00000441339 1996 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 PCGF3-208ENST00000470161 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 LRRC23-207ENST00000433346 1387 ntTSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 WIPF1-202ENST00000359761 2003 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 SOS2-201ENST00000216373 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 ZNF324B-202ENST00000545523 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 RPS6KB2-201ENST00000312629 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 USF2-203ENST00000379134 648 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 AC091390.4-202ENST00000476426 537 ntBASIC24.81■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 ZNF331-214ENST00000511154 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 AP003501.2-201ENST00000524433 477 ntTSL 4 BASIC24.81■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 KDM2B-217ENST00000543852 1188 ntTSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 ZNF599-203ENST00000588760 948 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 C1orf210-202ENST00000523677 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 MUTYH-203ENST00000372098 1839 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 MUTYH-204ENST00000372104 1823 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 MUTYH-205ENST00000372110 1809 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 PDLIM2-204ENST00000397760 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 AKIRIN2-201ENST00000257787 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 UBC-201ENST00000339647 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 ZNF579-201ENST00000325421 2899 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 KCNC3-201ENST00000376959 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 TSG101-201ENST00000251968 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 AC008105.1-201ENST00000587534 2003 ntTSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 CENPA-201ENST00000233505 1299 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 RAC3-201ENST00000306897 1090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 FUOM-203ENST00000368552 762 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 HDAC11-203ENST00000402271 1018 ntTSL 3 BASIC24.8■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 AMN1-211ENST00000541931 880 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 AC122129.2-201ENST00000583598 466 ntTSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 KANK3-205ENST00000610351 1191 ntTSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 MIR6786-201ENST00000616843 113 ntBASIC24.8■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 ANKRD29-201ENST00000322980 1658 ntTSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 AC009133.6-201ENST00000609618 2252 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 AC116562.4-201ENST00000641316 2276 ntBASIC24.8■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 DOK1-201ENST00000233668 2555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 FBXL19-207ENST00000565690 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 TMEM235-203ENST00000550981 1786 ntTSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 FN3KRP-201ENST00000269373 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 RELB-207ENST00000625761 2279 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 ITGA4-202ENST00000339307 1403 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 RASSF1-202ENST00000357043 1864 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 CMTM4-201ENST00000330687 3414 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 PCMT1-203ENST00000367384 1938 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 ILF3-217ENST00000589998 2622 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 IGFBP3-210ENST00000613132 2412 ntTSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 MDK-205ENST00000405308 1166 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 AL355355.2-201ENST00000442321 338 ntBASIC24.79■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 KCNMA1-220ENST00000481070 896 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 AC093752.1-201ENST00000511950 605 ntTSL 4 BASIC24.79■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 SLC39A13-212ENST00000531974 856 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 KLHL26-205ENST00000599006 989 ntTSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 UHRF1-203ENST00000615884 2651 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 AUTS2-203ENST00000406775 5950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 RPL7-202ENST00000396465 1308 ntTSL 3 BASIC24.79■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 PELI3-202ENST00000349459 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 PRKAG2-203ENST00000418337 2318 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 GATA5-201ENST00000252997 2595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 PCID2-202ENST00000337344 1898 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 MFSD1-219ENST00000622669 2361 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 SLC34A3-202ENST00000538474 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
VAMP4O75379 ADAP1-216ENST00000539900 2178 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.7 ms