Protein–RNA interactions for Protein: A6NC98

CCDC88B, Coiled-coil domain-containing protein 88B, humanhuman

Predictions only

Length 1,476 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC88BA6NC98 STXBP2-203ENST00000441779 1914 ntTSL 2 BASIC33.72■■■□□ 2.99
CCDC88BA6NC98 AC148477.3-202ENST00000376617 1766 ntTSL 2 BASIC33.72■■■□□ 2.99
CCDC88BA6NC98 NAA50-209ENST00000497525 1385 ntTSL 2 BASIC33.72■■■□□ 2.99
CCDC88BA6NC98 KCNH1-214ENST00000640566 1365 ntTSL 1 (best) BASIC33.72■■■□□ 2.99
CCDC88BA6NC98 CIRBP-201ENST00000320936 1328 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.72■■■□□ 2.99
CCDC88BA6NC98 CIRBP-207ENST00000586472 1303 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC33.72■■■□□ 2.99
CCDC88BA6NC98 BCL2L10-201ENST00000260442 1249 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.72■■■□□ 2.99
CCDC88BA6NC98 HSD11B1L-205ENST00000422535 730 ntTSL 1 (best) BASIC33.72■■■□□ 2.99
CCDC88BA6NC98 DNAJC27-AS1-204ENST00000428614 780 ntTSL 3 BASIC33.72■■■□□ 2.99
CCDC88BA6NC98 TPM4P1-201ENST00000436100 807 ntBASIC33.72■■■□□ 2.99
CCDC88BA6NC98 DGUOK-AS1-203ENST00000453103 601 ntTSL 3 BASIC33.72■■■□□ 2.99
CCDC88BA6NC98 HOXB-AS3-203ENST00000465846 434 ntTSL 3 BASIC33.72■■■□□ 2.99
CCDC88BA6NC98 CNTD2-203ENST00000513948 787 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.72■■■□□ 2.99
CCDC88BA6NC98 CXXC5-AS1-201ENST00000514287 577 ntTSL 4 BASIC33.72■■■□□ 2.99
CCDC88BA6NC98 ZNF668-207ENST00000535577 2396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.72■■■□□ 2.99
CCDC88BA6NC98 SNAP91-211ENST00000520213 2168 ntTSL 1 (best) BASIC33.72■■■□□ 2.99
CCDC88BA6NC98 PRMT2-206ENST00000397638 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.72■■■□□ 2.99
CCDC88BA6NC98 CYP2D7-203ENST00000433992 1740 ntTSL 1 (best) BASIC33.72■■■□□ 2.99
CCDC88BA6NC98 CYP2D7-207ENST00000612115 1734 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.72■■■□□ 2.99
CCDC88BA6NC98 ACSF3-202ENST00000378345 1541 ntTSL 1 (best) BASIC33.71■■■□□ 2.99
CCDC88BA6NC98 STARD4-203ENST00000502322 1467 ntTSL 1 (best) BASIC33.71■■■□□ 2.99
CCDC88BA6NC98 CCM2-202ENST00000381112 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.71■■■□□ 2.99
CCDC88BA6NC98 GPR50-AS1-201ENST00000454196 1620 ntTSL 2 BASIC33.71■■■□□ 2.99
CCDC88BA6NC98 SPAG16-202ENST00000331683 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.71■■■□□ 2.99
CCDC88BA6NC98 KCNQ1-202ENST00000335475 2159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.71■■■□□ 2.99
CCDC88BA6NC98 DBN1-210ENST00000512501 1878 ntTSL 3 BASIC33.7■■■□□ 2.99
CCDC88BA6NC98 ATP5G2P1-201ENST00000433580 426 ntBASIC33.7■■■□□ 2.99
CCDC88BA6NC98 EHMT1-211ENST00000482340 691 ntTSL 5 BASIC33.7■■■□□ 2.99
CCDC88BA6NC98 TMEM135-209ENST00000532959 1149 ntTSL 2 BASIC33.7■■■□□ 2.99
CCDC88BA6NC98 AC073188.6-202ENST00000616616 2281 ntTSL 1 (best) BASIC33.7■■■□□ 2.99
CCDC88BA6NC98 UBE2Q1-201ENST00000292211 3210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.7■■■□□ 2.99
CCDC88BA6NC98 SLC46A3-202ENST00000380814 2121 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC33.7■■■□□ 2.99
CCDC88BA6NC98 FBXL18-203ENST00000453700 1932 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.7■■■□□ 2.99
CCDC88BA6NC98 AC073314.1-201ENST00000568729 2216 ntBASIC33.7■■■□□ 2.98
CCDC88BA6NC98 DTNB-201ENST00000288642 2464 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.7■■■□□ 2.98
CCDC88BA6NC98 DTNB-208ENST00000406818 2474 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC33.7■■■□□ 2.98
CCDC88BA6NC98 UBAP1-204ENST00000625521 2029 ntTSL 2 BASIC33.69■■■□□ 2.98
CCDC88BA6NC98 RAPH1-210ENST00000453034 2394 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.69■■■□□ 2.98
CCDC88BA6NC98 SOCS2-206ENST00000549122 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.69■■■□□ 2.98
CCDC88BA6NC98 UPK3B-201ENST00000257632 1296 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC33.69■■■□□ 2.98
CCDC88BA6NC98 UBE2E1-AS1-201ENST00000426702 778 ntTSL 3 BASIC33.69■■■□□ 2.98
CCDC88BA6NC98 SH2B1-204ENST00000395532 2529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.69■■■□□ 2.98
CCDC88BA6NC98 DUSP15-201ENST00000278979 1732 ntTSL 2 BASIC33.69■■■□□ 2.98
CCDC88BA6NC98 BTBD9-205ENST00000419706 2034 ntTSL 1 (best) BASIC33.69■■■□□ 2.98
CCDC88BA6NC98 NAPRT-202ENST00000426292 1654 ntTSL 1 (best) BASIC33.69■■■□□ 2.98
CCDC88BA6NC98 STAU2-229ENST00000524300 3065 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC33.69■■■□□ 2.98
CCDC88BA6NC98 ZNF668-209ENST00000539836 2469 ntTSL 5 BASIC33.69■■■□□ 2.98
CCDC88BA6NC98 ARHGAP8-202ENST00000356099 1584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.69■■■□□ 2.98
CCDC88BA6NC98 TSPY21P-201ENST00000433481 731 ntBASIC33.69■■■□□ 2.98
CCDC88BA6NC98 AC005056.1-201ENST00000435932 532 ntTSL 4 BASIC33.69■■■□□ 2.98
CCDC88BA6NC98 TSPY23P-201ENST00000440136 739 ntBASIC33.69■■■□□ 2.98
CCDC88BA6NC98 AP006621.4-201ENST00000527021 532 ntTSL 5 BASIC33.69■■■□□ 2.98
CCDC88BA6NC98 PQLC2-202ENST00000375155 1805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.69■■■□□ 2.98
CCDC88BA6NC98 DNAJC11-201ENST00000294401 2210 ntTSL 1 (best) BASIC33.68■■■□□ 2.98
CCDC88BA6NC98 IER5L-201ENST00000372491 2711 ntAPPRIS P1 BASIC33.68■■■□□ 2.98
CCDC88BA6NC98 DOK2-201ENST00000276420 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.68■■■□□ 2.98
CCDC88BA6NC98 MEDAG-201ENST00000380482 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.68■■■□□ 2.98
CCDC88BA6NC98 WIPF2-202ENST00000394103 2378 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.68■■■□□ 2.98
CCDC88BA6NC98 EFCAB11-202ENST00000538485 1870 ntTSL 2 BASIC33.68■■■□□ 2.98
CCDC88BA6NC98 NDUFA10-202ENST00000307300 1313 ntTSL 1 (best) BASIC33.68■■■□□ 2.98
CCDC88BA6NC98 DNASE1L2-201ENST00000320700 1326 ntTSL 1 (best) BASIC33.68■■■□□ 2.98
CCDC88BA6NC98 ASCL5-201ENST00000449188 2026 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC33.68■■■□□ 2.98
CCDC88BA6NC98 AL512408.1-201ENST00000569378 2000 ntBASIC33.68■■■□□ 2.98
CCDC88BA6NC98 ACAA1-201ENST00000301810 1540 ntTSL 1 (best) BASIC33.68■■■□□ 2.98
CCDC88BA6NC98 SPSB1-203ENST00000377399 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.68■■■□□ 2.98
CCDC88BA6NC98 HDAC11-204ENST00000404040 967 ntTSL 3 BASIC33.68■■■□□ 2.98
CCDC88BA6NC98 AC079385.1-202ENST00000549203 569 ntTSL 4 BASIC33.68■■■□□ 2.98
CCDC88BA6NC98 CLN6-214ENST00000636314 442 ntTSL 3 BASIC33.68■■■□□ 2.98
CCDC88BA6NC98 LINC01311-201ENST00000565162 1445 ntBASIC33.67■■■□□ 2.98
CCDC88BA6NC98 NFIX-203ENST00000397661 3143 ntTSL 5 BASIC33.67■■■□□ 2.98
CCDC88BA6NC98 PDIA5-201ENST00000316218 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.67■■■□□ 2.98
CCDC88BA6NC98 CKMT1A-202ENST00000413453 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.67■■■□□ 2.98
CCDC88BA6NC98 CD70-201ENST00000245903 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.67■■■□□ 2.98
CCDC88BA6NC98 BOLA2B-201ENST00000305321 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.67■■■□□ 2.98
CCDC88BA6NC98 BOLA2-201ENST00000330978 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.67■■■□□ 2.98
CCDC88BA6NC98 AC022424.1-201ENST00000512155 889 ntTSL 3 BASIC33.67■■■□□ 2.98
CCDC88BA6NC98 CR769767.2-201ENST00000622735 460 ntBASIC33.67■■■□□ 2.98
CCDC88BA6NC98 PRKCD-202ENST00000394729 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.67■■■□□ 2.98
CCDC88BA6NC98 CRYBB2P1-202ENST00000382734 1364 ntTSL 1 (best) BASIC33.66■■■□□ 2.98
CCDC88BA6NC98 PML-204ENST00000359928 1726 ntTSL 1 (best) BASIC33.66■■■□□ 2.98
CCDC88BA6NC98 PHB2-203ENST00000535923 1515 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC33.66■■■□□ 2.98
CCDC88BA6NC98 P2RX2-208ENST00000542301 1881 ntTSL 1 (best) BASIC33.66■■■□□ 2.98
CCDC88BA6NC98 AP006284.1-201ENST00000527620 2210 ntTSL 2 BASIC33.66■■■□□ 2.98
CCDC88BA6NC98 ALDH3B1-206ENST00000615463 1300 ntTSL 1 (best) BASIC33.66■■■□□ 2.98
CCDC88BA6NC98 FBXO17-201ENST00000292852 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.66■■■□□ 2.98
CCDC88BA6NC98 NME1-202ENST00000336097 986 ntTSL 1 (best) BASIC33.66■■■□□ 2.98
CCDC88BA6NC98 NME1-203ENST00000393196 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.66■■■□□ 2.98
CCDC88BA6NC98 KLK7-206ENST00000597707 1054 ntTSL 1 (best) BASIC33.66■■■□□ 2.98
CCDC88BA6NC98 CHMP2A-208ENST00000601220 885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.66■■■□□ 2.98
CCDC88BA6NC98 SARDH-203ENST00000371868 2266 ntTSL 2 BASIC33.66■■■□□ 2.98
CCDC88BA6NC98 PLEKHB1-204ENST00000398494 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC33.66■■■□□ 2.98
CCDC88BA6NC98 PAOX-201ENST00000278060 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.66■■■□□ 2.98
CCDC88BA6NC98 TMEM163-201ENST00000281924 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.66■■■□□ 2.98
CCDC88BA6NC98 SLC38A11-203ENST00000409149 1621 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC33.65■■■□□ 2.98
CCDC88BA6NC98 MOB3C-202ENST00000319928 2822 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.65■■■□□ 2.98
CCDC88BA6NC98 MPG-201ENST00000219431 1193 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC33.65■■■□□ 2.98
CCDC88BA6NC98 HBZP1-201ENST00000354915 429 ntBASIC33.65■■■□□ 2.98
CCDC88BA6NC98 FBXL19-205ENST00000562319 2462 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.65■■■□□ 2.98
CCDC88BA6NC98 ACBD4-201ENST00000321854 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.65■■■□□ 2.98
CCDC88BA6NC98 AC124066.1-201ENST00000581122 1660 ntTSL 5 BASIC33.65■■■□□ 2.98
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.7 ms