Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3T6

R3HCC1, R3H and coiled-coil domain-containing protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 440 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
R3HCC1Q9Y3T6 CCDC91-220ENST00000545336 2738 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 NSUN5-204ENST00000438747 1663 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 WNT8B-201ENST00000343737 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 AL645608.1-202ENST00000417705 1389 ntTSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 TRA2A-211ENST00000538367 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 ZDHHC2-201ENST00000262096 6377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 SAR1B-208ENST00000507419 2287 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 XKR8-201ENST00000373884 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 NFS1-201ENST00000306750 738 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 NAA20-202ENST00000334982 1260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 SNHG6-203ENST00000520944 638 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 CAMTA1-216ENST00000557126 486 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 AC007114.1-201ENST00000576871 713 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 RPS15-206ENST00000589656 473 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 AC104771.1-201ENST00000603335 964 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 AL355987.1-201ENST00000435202 2420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 CDH24-201ENST00000267383 2873 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 RPP25-201ENST00000322177 3049 ntAPPRIS P1 BASIC22.13■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 AKIRIN2-201ENST00000257787 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 CHRDL2-203ENST00000376332 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 CLIP2-201ENST00000223398 5563 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 PPP2R2B-203ENST00000394411 2071 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 BEGAIN-202ENST00000443071 2744 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 TTLL10-203ENST00000379290 2283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 PCDHA2-203ENST00000526136 5254 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 TRIP4-201ENST00000261884 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 TMEM176B-203ENST00000434545 1303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 TH-206ENST00000381178 1910 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 GGTLC1-201ENST00000278765 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 GRTP1-201ENST00000326039 1294 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 LSM12P1-201ENST00000411836 588 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 TPT1-AS1-210ENST00000520590 873 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 CCDC157-201ENST00000338306 3001 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 TWF1-201ENST00000395510 3045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 T-201ENST00000296946 2436 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 PCDHA1-202ENST00000394633 2204 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 MEF2B-203ENST00000410050 1429 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 AC011416.4-201ENST00000639283 2195 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 FOXP1-214ENST00000493089 2703 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 KIF1BP-204ENST00000626493 2337 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 BZW1-202ENST00000409226 2455 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 GAS2L1P2-202ENST00000442849 2262 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 PRMT2-210ENST00000458387 1874 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 RAB7A-201ENST00000265062 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 TTC34-201ENST00000401095 8814 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 CBX2-202ENST00000310942 4644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 SNAP91-211ENST00000520213 2168 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 ST3GAL4-204ENST00000444328 1812 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 CAPZB-205ENST00000433834 1462 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 AC008687.4-201ENST00000637680 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 CACNA1B-203ENST00000371355 9647 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 CORO6-210ENST00000580212 2345 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 POMT2-201ENST00000261534 4876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 MPV17L-202ENST00000396385 1037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 AL355802.2-201ENST00000402069 882 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 BX276092.2-201ENST00000417668 665 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 HTT-AS-201ENST00000503893 515 ntTSL 4 BASIC22.11■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 CIRBP-214ENST00000587896 1081 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 CPNE9-202ENST00000383831 1751 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 SLC25A10-201ENST00000331531 1946 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 APH1A-202ENST00000360244 2353 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 SHISA5-220ENST00000619810 2385 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 AL390961.4-201ENST00000623958 2535 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 PRKCB-202ENST00000321728 2689 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 ITPK1-202ENST00000354313 2803 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 TES-201ENST00000358204 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 PCDHB12-203ENST00000624949 1963 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 SLC29A2-201ENST00000311161 2262 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 TMPRSS5-208ENST00000544476 1320 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 PNKP-214ENST00000600573 1602 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 ACHE-205ENST00000419336 1906 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 ALDH1A3-201ENST00000329841 3924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 SHANK1-202ENST00000359082 6459 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 NT5C-201ENST00000245552 954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 CLDND1-201ENST00000341181 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 WDR88-201ENST00000355868 1718 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 ART5-202ENST00000397067 1154 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 FAM229A-204ENST00000432622 699 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 MTAP-204ENST00000460874 1434 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 PACRGL-206ENST00000502374 1034 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 AP000785.1-201ENST00000527314 613 ntTSL 4 BASIC22.1■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 TP53I11-215ENST00000531928 1078 ntTSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 PTGER2-202ENST00000557436 643 ntTSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 MIR4758-201ENST00000577688 71 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 JOSD2-205ENST00000601423 802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 AC107464.1-203ENST00000468356 2120 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 CPEB2-207ENST00000507071 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 RIOX2-201ENST00000333396 5347 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 PTX4-203ENST00000447419 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 NUP160-203ENST00000526870 1537 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 KCNA2-206ENST00000638477 1524 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 APP-202ENST00000348990 3355 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 TRIM4-202ENST00000354241 1942 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 PCDHAC2-201ENST00000289269 5963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 PDLIM5-205ENST00000380180 2020 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 SLC16A5-206ENST00000580123 2019 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 MMP28-204ENST00000615136 2033 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 SLC16A13-201ENST00000308027 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 CHRND-201ENST00000258385 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
R3HCC1Q9Y3T6 HDAC1-201ENST00000373548 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.7 ms