Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 AC120498.8-201ENST00000614275 531 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 AL109923.1-201ENST00000618799 583 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 AL121906.2-201ENST00000621597 723 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 UBL4A-202ENST00000369660 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 ARHGAP11A-208ENST00000567348 2422 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 TWF1-201ENST00000395510 3045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 SIGLEC14-201ENST00000360844 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 C15orf56-202ENST00000623360 2129 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 ART5-203ENST00000397068 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 GALNT8-202ENST00000433855 5977 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 C21orf91-203ENST00000400559 1593 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 LRWD1-201ENST00000292616 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 FOLH1-203ENST00000343844 2258 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 GRK6-201ENST00000355472 2939 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 CCNL2-201ENST00000400809 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 GMPPA-203ENST00000358215 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 PYCR1-204ENST00000403172 1811 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 POLR1D-203ENST00000399697 2036 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 KLHL23-201ENST00000272797 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 CAVIN3-201ENST00000303927 1174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 OTOP2-201ENST00000331427 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 HAGLROS-201ENST00000426615 1121 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 YBX1P10-201ENST00000444752 975 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 LMCD1-AS1-204ENST00000446281 932 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 AC004889.1-203ENST00000464929 819 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 OR2A1-AS1-207ENST00000486094 819 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 MAX-217ENST00000557277 728 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 GNB5-211ENST00000560116 918 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 COX4I1-202ENST00000561569 716 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 TULP1-201ENST00000229771 2162 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 TRABD-203ENST00000395827 2172 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 PYURF-201ENST00000273968 1361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 CCNO-201ENST00000282572 1433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 PCDHB14-202ENST00000624896 2367 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 RBAK-202ENST00000396912 6551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 GATM-201ENST00000396659 2597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 CORO1A-216ENST00000570045 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 TNKS2-201ENST00000371627 6157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 FKRP-202ENST00000391909 2801 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 MRM3-201ENST00000304478 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 PAOX-201ENST00000278060 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 CROCCP3-202ENST00000420820 1947 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 SLC47A1-202ENST00000395585 1998 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 HGFAC-204ENST00000511533 2016 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 FBXL17-205ENST00000542267 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 FAM72C-202ENST00000584486 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 ABCB9-202ENST00000344275 2394 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 EPOR-201ENST00000222139 2411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 UVSSA-207ENST00000511216 2927 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 SRRM3-204ENST00000611745 3612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 CABP2-202ENST00000353903 789 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 GDAP1L1-202ENST00000372952 722 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 ABHD17AP6-201ENST00000458502 1044 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 SOX15-202ENST00000538513 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 SOX15-203ENST00000570788 1093 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 HSPB2-C11orf52-202ENST00000534100 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 AC126773.2-201ENST00000562172 1682 ntTSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 ABI3-202ENST00000419580 1718 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 ANKRD18DP-204ENST00000455355 1975 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 FBLN1-201ENST00000262722 2251 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 MEN1-201ENST00000312049 2761 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 FOXL2-201ENST00000330315 2917 ntAPPRIS P1 BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 TINAGL1-202ENST00000457433 2140 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 ISOC1-201ENST00000173527 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 AC012414.5-201ENST00000564214 1602 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 ZNRF1-202ENST00000335325 4620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 MAP2K2-202ENST00000394867 1471 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 KRT8P8-201ENST00000434750 1448 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 CUEDC2-201ENST00000369937 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 LRRC26-201ENST00000371542 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 AC069152.1-201ENST00000438030 544 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 AC099522.1-201ENST00000505955 881 ntTSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 LEF1-AS1-203ENST00000507799 459 ntTSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 LIMD2-206ENST00000578993 602 ntTSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 AC003102.1-201ENST00000588279 569 ntTSL 4 BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 FFAR3-202ENST00000594310 1182 ntAPPRIS P1 BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 AC104771.1-201ENST00000603335 964 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 AC092666.2-201ENST00000613287 246 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 TLK2-202ENST00000343388 3227 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 DLGAP4-201ENST00000339266 5016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 CLDND1-203ENST00000394181 2170 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 REEP2-201ENST00000254901 2099 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 VWA8-AS1-201ENST00000611103 2079 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 PSPC1-206ENST00000619300 2013 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 LDHD-202ENST00000450168 1966 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 CDC42BPB-201ENST00000361246 6758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 TEPSIN-213ENST00000637944 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 CCND3-204ENST00000414200 1724 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 TMEM250-201ENST00000418388 2823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 AUP1-201ENST00000377526 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 CTDP1-208ENST00000613122 5866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 ACTL6B-201ENST00000160382 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 AGER-207ENST00000375076 1492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 ST3GAL3-206ENST00000351035 2377 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 MPV17L2-204ENST00000599612 1408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 FLVCR1-201ENST00000366971 5939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 KRT6C-201ENST00000252250 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 KRT6B-201ENST00000252252 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 NCBP2-207ENST00000452404 1133 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP28Q96RU2 AC008443.1-203ENST00000505151 886 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.6 ms