Protein–RNA interactions for Protein: Q68DE3

USF3, Basic helix-loop-helix domain-containing protein USF3, humanhuman

Predictions only

Length 2,245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF3Q68DE3 AC004890.2-202ENST00000463462 1494 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 RTN4RL2-201ENST00000335099 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 FAM19A4-201ENST00000295569 2292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 ETV7-206ENST00000615781 1776 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 TPPP3-202ENST00000393957 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 MESTP1-201ENST00000404287 994 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 PPP1R14BP5-201ENST00000440334 435 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 RNF146-204ENST00000476956 884 ntTSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 AMN1-211ENST00000541931 880 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 SLC6A6-208ENST00000621751 1252 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 PYCR3-207ENST00000495276 2332 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 TDRP-203ENST00000523656 2622 ntTSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 SYT7-208ENST00000542670 1887 ntTSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 IQCJ-SCHIP1-204ENST00000485419 2445 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 ACHE-207ENST00000428317 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 SOX15-201ENST00000250055 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 OLFM1-205ENST00000371796 2492 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 MGAT1-204ENST00000427865 1919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 LRP8-204ENST00000371454 3322 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 PCGF3-208ENST00000470161 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 PATZ1-201ENST00000215919 2516 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 GTF3C5-203ENST00000372099 1999 ntTSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 ARSE-205ENST00000540563 1990 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 SEMA6B-202ENST00000586965 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 TSNAXIP1-202ENST00000415766 2338 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 PTPN11-202ENST00000392597 1876 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 RTL8A-201ENST00000370775 1244 ntAPPRIS P1 BASIC16.68■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 PRR31-201ENST00000371629 978 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 AL513320.1-201ENST00000435049 622 ntTSL 3 BASIC16.68■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 RPS27A-211ENST00000639844 606 ntTSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 AC012414.5-201ENST00000564214 1602 ntTSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 AUTS2-203ENST00000406775 5950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 GOLGA6L3-201ENST00000507199 1679 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 PDE4DIP-214ENST00000479408 2746 ntTSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 PRSS50-202ENST00000315170 1372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 YIPF2-201ENST00000253031 2087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 CPNE9-202ENST00000383831 1751 ntTSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 WIPF1-203ENST00000392546 2180 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 NDRG2-215ENST00000553503 2162 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 TRPV6-209ENST00000638686 2298 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 AP001922.1-201ENST00000499390 1504 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 HSPB2-C11orf52-202ENST00000534100 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 POMZP3-201ENST00000275569 1259 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 GLRX2-201ENST00000367439 701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 PBXIP1-201ENST00000368460 1175 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.68■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 ABHD11-207ENST00000458339 890 ntTSL 3 BASIC16.68■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 LRRC75A-AS1-205ENST00000475953 1201 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 NAPSB-206ENST00000562112 1266 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 AC008649.1-201ENST00000589557 516 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 SMAD7-207ENST00000589634 1278 ntAPPRIS ALT1 TSL 4 BASIC16.68■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 RNF165-206ENST00000590330 1049 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 IKZF1-209ENST00000438033 1748 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 HLX-201ENST00000366903 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 FICD-201ENST00000361549 1816 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 STOML1-209ENST00000564777 1849 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 SUMF2-201ENST00000275607 1894 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 TREX2-206ENST00000370232 1864 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 ISLR2-204ENST00000453268 2812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 AL445686.2-201ENST00000577528 1445 ntTSL 3 BASIC16.67■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 AC020907.5-201ENST00000624372 1936 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 FSCN1P1-201ENST00000568912 1481 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 C5orf17-202ENST00000512559 1984 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 CDCA4-201ENST00000336219 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 SAE1-201ENST00000270225 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 C7orf43-206ENST00000456769 2046 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 CHRM4-201ENST00000433765 1511 ntAPPRIS P1 BASIC16.67■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 C17orf58-204ENST00000580729 2065 ntTSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 SLC27A4-202ENST00000372870 1557 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 ISLR2-202ENST00000419208 2306 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 AC073343.2-203ENST00000366167 564 ntTSL 4 BASIC16.67■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 ECEL1P2-202ENST00000465689 757 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 B3GAT3P1-201ENST00000471720 806 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 PTP4A3-206ENST00000524028 963 ntTSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 UBAP1-204ENST00000625521 2029 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 EPOR-201ENST00000222139 2411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 HSPD1-202ENST00000388968 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 CLN8-208ENST00000635751 1807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 TOR1B-201ENST00000259339 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 PACSIN3-211ENST00000539589 2009 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 EEF1D-246ENST00000532741 2387 ntTSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 UBE2B-201ENST00000265339 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 PAX3-201ENST00000258387 958 ntTSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 TMIGD2-201ENST00000301272 1262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 MRPL52-201ENST00000311892 1042 ntTSL 3 BASIC16.66■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 C6orf48-206ENST00000375641 602 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.66■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 AK4P3-201ENST00000418260 669 ntBASIC16.66■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 AC004803.1-203ENST00000539259 501 ntTSL 2 BASIC16.66■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 MIXL1-202ENST00000542034 839 ntTSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 RMI2-205ENST00000576027 818 ntTSL 2 BASIC16.66■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 CENPX-206ENST00000580435 710 ntTSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 AL158152.2-201ENST00000602703 235 ntTSL 3 BASIC16.66■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 EYA2-210ENST00000611592 2612 ntTSL 5 BASIC16.66■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 ETV7-203ENST00000373737 1488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 WASH6P-203ENST00000460206 1826 ntTSL 5 BASIC16.66■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 KRT83-201ENST00000293670 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 TCF7-201ENST00000342854 3045 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 RASGRP2-205ENST00000377489 583 ntTSL 3 BASIC16.66■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 TMEM88B-201ENST00000378821 492 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.66■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 IRF7-205ENST00000397574 1968 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 IMMP2L-202ENST00000405709 1522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.8 ms